אבו מאזן גינה את הפיגוע; זביידי דווקא בירך
ברשות הפלסטינית גינו ואבו מאזן עצמו קרא שלא לשחק לידי ישראל, אבל בקרב הארגונים החמושים דווקא מרוצים. זכריה זביידי: "הג'יהאד הגן היום על זכותו הלגיטימית של עמנו להתנגד לכיבוש ולפשעי הטרור של הישראלים". בפתח אומרים: "לא תהיה הסלמה ישראלית ולא יישפך דם פלסטיני כמו זה של הדייג ברפיח מבלי שהארגון וההתנגדות הפלסטינית בכלל יהיו זכאים להגיב לכל הכוח"
הלם ברשות הפלסטינית הרשמית בעקבות הפיגוע הקטלני בנתניה . לפיגוע נטלו בצהריים (יום ב') אחריות שני ארגונים: גדודי חללי אל-אקצה של הפתח, וכן פלוגות אל קודס, הזרוע הצבאית של הג'יהאד האיסלאמי. הסיבה: "פשעיה הנמשכים של ישראל נגד הפלסטינים, למרות הרגיעה". מאוחר יותר הובהר כי הג'יהאד הוא שעומד מאחורי הפיגוע, לאחר שהארגון פרסם את שמו של המחבל, איש הארגון שנהרג: לוטפי אמין אבו-סעדה, תושב הכפר עלאר באזור טול כרם.
הרשות הפלסטינית גינתה בתקיפות את הפיגוע ואמרה כי היא מגנה כל פגיעה באזרחים. יו"ר הרשות אבו מאזן עצמו גינה בקולו את האירוע, ואמר כי הסב נזקים לאינטרסים הפלסטינים. דוברים בכירים ברשות, בהם מחזיק תיק המו"מ באש"ף, סאיב עריקאת, ודובר משרד הפנים והביטחון הלאומי הפלסטיני קראו לפלגים "שלא לשחק לידי ישראל ולהיגרר לפרובוקציות שלה".
אבל לא כולם ברשות מסכימים. זכריה זביידי, מפקד חללי גדודי אל-אקצה בג'נין, אמר כי ארגונו מברך את פלוגות אל-קודס של הג'יהאד האסלאמי על פעולת הגבורה שביצעו אנשיה. זביידי הזהיר את הרשות הפלסטינית מרדיפת פעילי הג'יהאד האסלאמי: "כל מי שמגנה את הפיגוע הזה, שיבוא להגן על העם הפלסטיני שעה שכוחות הכיבוש פושטים על כפריו ועריו. הג'יהאד הגן היום על זכותו הלגיטימית של עמנו להתנגד לכיבוש ולפשעי הטרור של הישראלים".
גם גורמים צבאיים בפתח הביעו סיפוק מהפיגוע. אבו- מחמוד, פעיל בכיר בגדודי חללי אל-אקצה, אומר כי אם בסופו של דבר יתברר כי אכן ארגונו עומד מאחורי הפיגוע, או שמדובר בארגון פלסטיני אחר, זוהי "פעולה חשובה שכן היא מבהירה לישראלים שהארגונים, למרות מחויבותם לרגיעה, מחויבים גם למאזן מסוים של תגובות. לא תהיה הסלמה ישראלית ולא יישפך דם פלסטיני כמו זה של הדייג ברפיח מבלי שהארגון וההתנגדות הפלסטינית בכלל יהיו זכאים להגיב לכל הכוח בכל מקום ובכל זמן".
הוא הבהיר: "עם ההודעה על מחויבותנו לרגיעה, הודענו במקביל שרגיעה זו מותנית בגישת ישראל וכי על כל הפרה ישראלית הארגון יגיב בתגובה משלו".
מה תעשה הרשות, וליתר דיוק - מנגנוני הביטחון שלה? מפקד בכיר באחד ממנגנוני הביטחון הפלסטיני אמר ל-ynet כי אנשי הביטחון הפלסטינים החלו
בחקירת האירוע וכי ההנחיה מצמרת הרשות היא לפעול במהירות ובנחישות כדי לאתר את האחראים ולמצות עימם את הדין על הפיגוע , שלדבריו, מסב נזק עצום לרשות בתקופה הזו, שבה היא מבקשת מהקהילה הבין לאומית ללחוץ על ישראל.
הגורם הביטחוני הוסיף כי הרשות מתייחסת בזהירות לנטילת האחריות של גדודי חללי אל-אקצה ואמר כי ייתכן שארגון פלסטיני נוסף עומד מאחורי הפיגוע, כמו הג'יהאד האיסלאמי. לטענתו, בתקופה האחרונה הרשות אינה מפגינה יד רכה כלפי האחראים לפיגועים וההוכחה היא שבכלא הרשות ביריחו כלואים כ-30 פעילים של גדודי חללי אל-אקצה ושל הג'יהאד האיסלאמי, בחשד שהם אינם מחויבים להוראות ההנהגה הפלסטינית לשמור על רגיעה.