בורובסקי מסיים את תפקידו במשרד המבקר
יועצו הבכיר של מבקר המדינה לנושא מלחמה בשחיתות הודיע כי בכוונתו לסיים את תפקידו בעוד כשלושה חודשים, עם תום התקופה הקצובה. במהלך תפקידו הורה לו לינדנשטראוס להימנע ממעורבות בביקורות הנוגעות לראש הממשלה, אהוד אולמרט, ולאנשי לשכתו
בורובסקי, שהחל את תפקידו במשרד המבקר לפני כשנתיים, אמר כי עבודתו הוגדרה מראש לתקופה קצובה, וכי כעת הוא מרגיש שהזמן הקצוב חלף. "ראיתי בתפקידי סוג של שליחות, ולא עוד מקום עבודה למטרות פרנסה", אמר בורובסקי.
במכתב ששלח בורובסקי ללינדנשטראוס, הוא מסביר כי "תם המועד הקצוב" לתפקיד. בורובסקי ציין כי "משרד מבקר המדינה עמד בתקופה זו ביעד המרכזי אותו חרת המבקר על דגלו - מלחמה בשחיתות". על המשך תפקידו המקצועי כתב בורובסקי: "פניי בעתיד לאתגרים אחרים וחדשים, אעשה כל שביכולתי להיות שגריר נאמן למשרד מבקר המדינה".
בתגובה להודעה כתב לינדנשטראוס כי הוא מקבל בצער את החלטתו של בורובסקי לסיים את התפקיד. "בורובסקי תרם תרומה חשובה מאוד למאבק למען טוהר המידות במדינה וגילה בפעילותו יושר אישי, מסירות, התמדה ומקצועיות רבה", כתב המבקר.
אולמרט דרש: לפטר את בורובסקי
במהלך תפקידו עסק בורובסקי בבדיקת תיקים שונים הקשורים לראש הממשלה, אהוד אולמרט. בסוף 2006 יצא בורובסקי לחופשה לאחר שפורסמו חשדות נגדו, על כך שהבטיח לסגור את תיק החקירה בנושא האי היווני בעניינו של ראש הממשלה לשעבר, אריאל שרון, בתמורה למינויו למפכ"ל המשטרה.
עם חזרתו מהחופשה, בינואר השנה, הורה לינדנשטראוס לבורובסקי להימנע ממעורבות בביקורות הנוגעות לראש הממשלה ולאנשי לשכתו כדי למנוע ניגוד עניינים, "למען הסר ספק ועל מנת למנוע חשש כלשהו".
בפברואר השנה החליט משרד המשפטים על סגירת תיק החקירה, מחוסר אשמה בהתייחס לעבירת השוחד,
ומחוסר ראיות בהתייחס לעבירה של הפרת אמונים. למרות זאת, כתב פרקליט המדינה באותה עת, ערן שנדר, כי בורובסקי "ניהל מסע שתדלנות" וכי "התרועע עם גורמים פוליטיים לקידום עניינו האישי".
בעקבות הביקורת שמתח עליו שנדר וכחלק מהמאבק בין ראש הממשלה למבקר המדינה, דרשו פרקליטיו של אולמרט לפטר את בורובסקי. דרישתם לא נענתה.
כמה חודשים לאחר מכן דחה היועץ המשפטי לממשלה, מני מזוז, את בקשתו של בורובסקי לזיכוי מלא בפרשה. בורובסקי עצמו הגיש ערעור על סגירת תיק החקירה, בניסיון לטהר את שמו באופן מוחלט.