ח"כ ברכה: "מברך את רה"מ על ניצחון הפיראטים"
יו"ר חד"ש תקף בחריפות את ראש הממשלה ושר הביטחון, בעקבות ההשתלטות על הספינות שהיו בדרכן לעזה: "פשעיה של ממשלת הפיראטים, מציבים את הממשלה מחוץ לקו האנושי". ח"כ טיבי: "פשע נתעב והרג המוני של צבא הכיבוש"
לא רק ברצועת עזה ובטורקיה תקפו בחריפות את ישראל, בעקבות ההשתלטות על המשט לעזה - אלא גם בכנסת: יו"ר חד"ש, ח"כ מוחמד ברכה, "בירך" את ראש הממשלה בנימין נתניהו ואת שר הביטחון אהוד ברק, על מה שהגדיר "הניצחון המזהיר של צבא הפיראטים שלהם על משט החופש האזרחי". במקביל, ועדת המעקב של ערביי ישראל תתכנס הבוקר (יום ב') לדיון חירום בנצרת.
ח"כ ברכה הוסיף: "פשעיה של ממשלת הפיראטים בהרג כמה משתתפים במשט, מציבים את הממשלה מחוץ לקו הבינלאומי והאנושי. רודנים כמו ביבי וברק יימצאו את עצמם במקום הראוי להם במזבלת ההיסטוריה".
יו"ר בל"ד, ח"כ ג'מאל זחאלקה, כינה את ההשתלטות "טבח". הוא אמר כי הערבים בארץ זועמים בעקבות האירועים: "מדובר במבצע שתוכנן במשך שבועות. הם נתנו הוראה למנוע את כניסת הספינות בכל מחיר. הבוקר התברר מהו המחיר. גם באוקטובר 2000 הורו לפתוח את כביש ואדי ערה בכל מחיר - אז נהרגו 13 מבנינו".
זחאלקה הוסיף, כי פנה לגורמים רשמיים בממשלה ובכנסת, בכדי לברר מה מצבם של חברי משלחת ועדת המעקב שהצטרפו למשט - אך לדבריו הוא לא קיבל פרטים.
גם ח"כ אחמד טיבי (רע"מ-תע"ל) התבטא בחריפות: "מדובר בפשע נתעב והרג המוני של צבא הכיבוש הישראלי נגד שיט לא חמוש. על העולם להגיב בחומרה על ההשתוללות הרצחנית הזאת". חברו למפלגה, ח"כ טאלב אלסאנע כינה את לוחמי חיל הים "שודדי ים". הוא הגדיר את ההשתלטות כמעשה טרור של מדינה נגד משלחת הומנטארית, ואת ההרג כ"טבח". הוא גם קרא להעמיד את ראשי המדינה לדין על פשעי מלחמה.
במבצע ההשתלטות נהרגו, על-פי דיווחים טורקים, שני בני-אדם ונפצעו עשרות. במקביל, נפצע חייל צה"ל באורח בינוני מדקירות
חפץ חד בעת ההשתלטות. שלושה פצועים פונו במסוק צה"ל לבית החולים שיבא בתל השומר.
לפי כתב אל-ג'זירה שנמצא על אחת הספינות, מאות חיילים פשטו במקביל על כל כלי השיט מהים ומהאוויר והודיע לכל יושבי הספינות שהם עצורים. הספינות הישראליות, כך נאמר בדיווח, תקפו במים הבינלאומיים עם תגבור אווירי, תוך שימוש בגז. בתמונות ניתן היה לזהות אנשי קומנדו בפנים מכוסות; לוחם במדים, חבוש מסכת גז, ניסה לחסום בידו את המצלמה, כשעוד ועוד חיילים פושטים על הספינה בחבל ממסוק. גם כמה מהפעילים במשט חבשו מסכת גז ונראו מטפלים בפצועים.