כנסייה מהתקופה הביזנטית, המתוארכת לשנת 400 לספירה, התגלתה בשמורת הטבע מעיינות הבניאס של רשות הטבע והגנים, למרגלות הר החרמון. הכנסייה התגלתה במסגרת חפירות ארכיאולוגיות שערכו במקום פרופ׳ עדי ארליך ורון לביא מהמכון לארכיאולוגיה באוניברסיטת חיפה.
עם מציאת רצפת הפסיפס באתר, כשהיא מעוטרת בצלבים וסימנים נוצריים נוספים, העריכו החוקרים שמדובר בכנסייה. במקום נחשפה גם אבן מסותתת גדולה ועליה נחקקו סימני צלב, ככל הנראה על ידי צליינים שהפכו את המקום לאתר עלייה לרגל. ככל שחקרו הארכיאולוגים את המקום, התגלו גם ממצאים שמעידים כי המתחם שימש בתקופה הרומית כמקדש פתוח לשמיים, שנועד לפולחן האל פאן. במקום היו גומחות, מזבחות ופריטים אדריכליים מעוטרים. במרכז המתחם נמצאה גם בריכה קטנה.
על פי הערכת החוקרים, לבניית הכנסייה השתמשו בארכיטקטורה הפגאנית, שנוסדה כאשר הנצרות הפכה לדת הרשמית בארץ ישראל במאה הרביעית לספירה. על פי שיפועים ושקעים חריגים ברצפת הפסיפס ובקירות המתחם, מעריכים החוקרים כי הכנסייה נפגעה ברעידת אדמה שפקדה את האזור ומחציתה שקעה. הכנסייה שופצה לאחר מכן במאה השביעית על ידי הנוצרים והפכה לאתר צליינות. זאת, כאמור, על סמך האבן הגדולה עם סימוני הצלב שנמצאה בחפירות.
פרופ׳ ארליך אמר: "המקדש לאל פאן והכנסייה שהתגלתה נמצאים בסביבה טופוגרפית המשלבת מצוק, מערה, מעיינות וטרסה שנוצרה בזמן הקדום מהתמוטטות חלק מהמצוק ועליה נבנו המקדשים. בתקופה ההלניסטית, במאה השלישית לפני הספירה, התחיל פולחן לאל פאן ליד המערה והמעיין. מכאן גם מקור שמה של העיר הקדומה 'פניאס' שלימים השתנה לבניאס.
הורדוס המלך בנה באזור מקדש לקיסר אוגוסטוס בסוף המאה הראשונה לפני הספירה. בנו פיליפוס ייסד במקום עיר שנקראה 'קיסריה של פיליפוס' בראשית המאה הראשונה לספירה. לאורך התקופה הרומית הייתה העיר מרכז פולחן חשוב לאלים פאן וזאוס. לפי הברית החדשה, כאן בבניאס הכיר פטרוס בישו כמשיח, וישו נתן לו את מפתחות השמיים. בראשית התקופה הביזנטית, בערך בשנות ה-20 לספירה, הפכה העיר בניאס למרכז נוצרי חשוב עם בישוף, והפולחן התחלף לאט לאט לנוצרי. העיר דעכה לאחר המאה השביעית לספירה, אך המשיכה להתקיים לאורך ההיסטוריה. היא הייתה מיושבת בצפיפות בתקופה הממלוכית במאה ה-13".
ד"ר יוסי בורדוביץ', ראש תחום מורשת ברשות הטבע והגנים, אמר כי "החפירות הארכיאולוגיות בשמורה נערכו במתחם שרידי מקדש קדום לאל פאן, שבנייתו נעשתה כנראה בשנות ה-20 לפני הספירה וחלקו נחשף בחפירות ארכיאולוגיות קודמות באתר. החפירות עתה נועדו להשלים את חשיפתו של מקדש זה מול חזית המערה שבשמורה לצורכי שימור ארכיאולוגי והמשך פיתוח תיירותי עבור המבקרים".