אחת הסיבות העיקריות לדרישה הרוסית להשהות או להפסיק את פעילות הסוכנות היהודית ברוסיה היא פעילות צה"ל בסוריה במסגרת המב"ם - המערכה שבין המלחמות.
הפצצות חיל האוויר בסוריה, שגובות מחיר גם מהצבא הסורי, מעוררות כעס הולך וגובר אצל נשיא סוריה בשאר אסד. הן פוגעות בתדמיתו וביכולתו לשלוט באותו חלק בסוריה שבין דמשק לחלב, שבהן הוא שולט, והוא בא בטענות לרוסים הפועלים בארצו על כך שהם אינם מיירטים את המטוסים או את הטילים שמשגר חיל האוויר הישראלי, למרות שיש להם את האמצעים לכך.
בסוריה יש סוללות טילי S-300 שיכולות, להערכת הסורים, ליירט לפחות חלק מהמטוסים או החימושים של חיל האוויר הישראלי, אולם הקצינים הרוסים המפקחים על אנשי הצבא הסורי שמפעילים את הסוללות אינם מאפשרים להם לפעול.
אסד, לפי פרסומים זרים, לוחץ על פוטין לשנות את מדיניות ה"חיה ותן לחיות" שמאפיינת את ההבנות בין רוסיה לישראל בהקשר הסורי. לפי אותם פרסומים, אסד דורש מפוטין לשנות את המדיניות, והוא אף החריף את הלחץ בעקבות המלחמה באוקראינה, שפגעה בתדמיתם של הכוחות המזוינים של רוסיה ובמעמדו הבינלאומי של פוטין.
לדברי בכיר ישראלי, נשיא רוסיה חושש לאבד את המאחז האסטרטגי שיש לארצו בחוף המזרחי של הים התיכון, כלומר בסוריה, בדיוק בשעה שהוא נמצא בשיאו של עימות עם המערב. לכן, הקרמלין קשוב עכשיו לדרישותיו של אסד יותר מאי פעם בעבר, והוא לוחץ על ישראל להימנע מהפצצות בתוך סוריה שנועדו למנוע העברת אמצעי לחימה מדויקים וסוללות הגנה אווירית מאיראן לסוריה וללבנון.
להערכת אותו גורם ישראלי, סיבה נוספת היא האינטרס של רוסיה להיעזר באיראן ולשתף עמה פעולה בנושא עקיפת הסנקציות שהטיל המערב על רוסיה בעקבות הפלישה לאוקראינה. הרוסים והאיראנים מתחרים כעת ביניהם על מכירות נפט לסין, להודו ולמדינות נוספות שאינן מוכנות לציית לסנקציות שהטילו ארה"ב ומדינות אירופה. התחרות הזאת גורמת להנחות ניכרות שגם רוסיה וגם איראן נאלצות לעשות לסינים ולהודים במחירי הנפט, דבר שמזיק לשתי המדינות, ולכן הן מתאמות מהלכים. כמו כן, רוסיה רוצה לייצא דברים דרך איראן כדי לעקוף את הסנקציות.
בהקשר זה, יש להזכיר את המל"טים לצורכי מודיעין ותקיפה שרוסיה מעוניינת לרכוש מאיראן. העסקה עדיין רחוקה מלצאת לפועל, ויש קשיים רבים לאיראנים לספק לרוסים את מה שהם צריכים בתוך פרק זמן קצר יחסית, שישפיע על המלחמה באוקראינה. מדובר בנדבך נוסף ברצון של הרוסים להראות לאיראנים, על חשבונה של ישראל, שהם עומדים לצדם - כולל בעניין הסכם הגרעין עם המעצמות, שכרגע המשא ומתן ביחס אליו תקוע.
מוקד חיכוך נוסף בין הקרמלין והכנסייה הפרבוסלאבית הרוסית לבין ישראל הוא בעניין "חצר סרגיי", הנמצאת במגרש הרוסים בירושלים. ראש הממשלה לשעבר נתניהו הבטיח לפוטין להיענות לדרישותיו בעניין נדל"ני זה, אך המצב המשפטי הסבוך מנע עד כה את מימוש ההבטחה. אולם ספק אם פוטין, בעיתוי הנוכחי שבו רוסיה זקוקה לכל גרם של אהדה ותמיכה בזירה הבינלאומית, היה מייצר סכסוך עם ישראל בעקבות הפרשה העתיקה, שההליכים סביבה נמשכים כבר כמה עשרות שנים.
מבחינה פוליטית, בקרב גורמי מקצוע בממסד הביטחוני הישראלי הולכת ומתחזקת ההערכה שלמהלך הרוסי בעניין הסוכנות יש גם מניע שאינו מדיני או ביטחוני. העובדה שהקרמלין בחר לפתוח בעימות המשפטי-דיפלומטי בעניין דווקא בעיתוי הנוכחי, והעובדה שמוסקבה אינה נותנת ויזות למשלחת שרה"מ לפיד מנסה לשגר לרוסיה כדי לפתור את הבעיה - מעידה כנראה על רצון לפגוע בתדמיתו של לפיד כמדינאי וכמי שמסוגל לנהל בהצלחה את ענייניה הבינלאומיים של ישראל, בניגוד לראשי ממשלה קודמים כמו שרון, נתניהו ובנט. פגיעה בתדמית זו עלולה להזיק ללפיד ולמפלגתו יש עתיד בקלפי בבחירות שייערכו בסתיו, וייתכן שזה נעשה על ידי הקרמלין במכוון.
מי שעוקב אחרי האופן שבו נשיא רוסיה פוטין מנהל את מדיניותו הבינלאומית הגלויה והפחות גלויה, לא יתקשה להבחין שהוא מעדיף "ללכת על הראש". במקום לנהל עימותים וסכסוכים פרטניים, הוא ניסה בעבר לא אחת לשנות את המשטר או להחליף את מנהיג המדינה או המעצמה שעמה הוא נמצא בעימות, כדי שיהיו יותר ידידותיים כלפי רוסיה ונוחים יותר להיענות לדרישותיה בתחומי הביטחון או הכלכלה.
הדוגמה הבולטת ביותר הייתה כשרוסיה ניסתה, באמצעות מערך "קמפיין סייבר" מתוחכם, להתערב לטובת דונלד טראמפ בבחירות לנשיאות ארה"ב ב-2016. טראמפ, שהתחרה בהילרי קלינטון, קיבל מנה גדושה של תמיכה מוסווית ברשתות החברתיות שתוזמרה ומומנה ממוסקבה. מדובר ב"מערכת ההשפעה" בהיקף ובעוצמה שלא נראו עד אז מעולם. טראמפ אכן לא נשאר חייב, ובהזדמנויות שונות כנשיא הפגין את אהדתו וחיבתו לנשיא רוסיה.
דוגמה נוספת היא כשבזמן מערכת הבחירות בצרפת שבה נבחר עמנואל מקרון לנשיא בפעם הראשונה ב-2017, טענו שירותי הביטחון הפנים הצרפתיים שזיהו "מערכת השפעה" רוסית דומה שנועדה להשפיע על תוצאות הבחירות לטובת מועמדת הימין מרין לה פן, שפוטין העדיף על פני מקרון.
יש מקרים שבהם פוטין פועל כדי להחליף את המשטר או המנהיג הניצבים מולו בדרכים פחות אלגנטיות, כפי שעשה בצ'צ'ניה בשנת 2000, ניסה לעשות בגאורגיה ב-2008 ולאחרונה כשניסה להפיל את ממשלת אוקראינה בראשות הנשיא זלנסקי במהלך צבאי מהיר, לאחר שהצנחנים והכוחות המיוחדים שלו ניסו להסתער על קייב ב-24 בפברואר. בסוריה הצליח פוטין להחזיק בשלטון את בשאר אסד באמצעות כוחות האוויר ששלח אליה במהלך מלחמת האזרחים.
כל אלו מעלים חשד סביר שהעימות עם ישראל והעם היהודי בתפוצות, שהקרמלין יזם בעיתוי הנוכחי, נוגע לבחירות שיתקיימו בקרוב בישראל. אגב, זו לא פעם ראשונה שפוטין מנסה להשפיע על תוצאות הבחירות בישראל. לפחות פעמיים במערכות הבחירות האחרונות נשיא רוסיה עשה מחוות שבאופן ברור סייעו לנתניהו להיראות כמנהיג שזוכה להוקרה ולהכרה בינלאומית ויכול לקיים יחסים טובים עם המערב ועם רוסיה בעת ובעונה אחת.
פעם אחת כזו הייתה כשנתניהו טס למוסקבה וקיבל לידיו את האסירה נעמה יששכר, כמעט ישירות מידי פוטין, ופעם נוספת ב-2019, ערב הבחירות, כשפוטין החזיר לישראל את גופתו של החייל הנעדר ממלחמת לבנון הראשון זכריה באומל. גם אז נתניהו טס למוסקבה, נפגש עם פוטין וקיבל בטקס מרשים את ארונו של החייל הנעדר. המחוות הללו של פוטין כלפי נתניהו לא הצליחו לפרוץ את המבוי הסתום הפוליטי בישראל, אבל הם ללא שום ספק עזרו פוליטית לראש הממשלה לשעבר.
לעומת זאת, ללפיד אין קשר חם עם פוטין כמו שהיה לשרון, לנתניהו ולנפתלי בנט. לפיד הצהיר בפומבי שהוא מגנה בחריפות את פלישת רוסיה לאוקראינה, ולאחרונה, כשנשיא ארה"ב ביידן ביקר בארץ, לפיד ושר הביטחון גנץ אמרו שהם ירחיבו את הסיוע לאוקראינה. לפיד ניצב לצדו של ביידן וגינה את הפלישה הרוסית לאוקראינה.
פוטין לא סולח כנראה, וזו לדעת גורמים יודעי דבר בישראל עשויה להיות הסיבה לכך שהוא מנסה לפגוע בתדמיתו של לפיד כמדינאי בינלאומי וכמי שמסוגל להלך על חבל דק בין המעצמות הבינלאומיות היריבות. מי שכמובן ייהנה מזה הוא נתניהו, כשפוטין אינו מסתיר את היחסים החמים השוררים בינו לבין יו"ר האופוזיציה. לפיכך, סביר מאוד להניח שהמשבר בעניין הסוכנות היהודית בין מוסקבה לירושלים לא ייפתר במהירות לפני שייערכו בחירות בישראל בנובמבר הקרוב.