עד עתה ריחף סימן שאלה באשר להמשך פעילותו של מטה הדיור. עיון בהסכמים הקואליציוניים מלמד כי לא רק שהוא לא בוטל, אלא שהוא שוכפל. על פי ההסכם שנחתם עם יהדות התורה, מטה הדיור במשרד האוצר ו-12 התקנים שבו יועברו לאחריותו של שר הבינוי החדש יעקב ליצמן. אבל שר הפנים אריה דרעי לא קופח, ועל פי ההסכם גם הוא ייהנה ממטה מיוחד שיכונה "מטה התכנון".
על פי ההסכם, המטה יורכב "מתקנם הזהים במספרם, ברמתם ובדרגתם לתקני מטה הדיור". עוד מובהר בהסכם כי מימון התקנים האלה לא יגיע מתוך תקציב משרד הפנים, אלא כתקציב תוספתי ממשרד האוצר.
מטה הדיור שהוקם ב-2015 במשרד האוצר נולד במטרה לנהל את תחום הנדל"ן באמצעות ריכוז הסמכויות שבידי הממשלה בתחום זה תחת קורת גג אחת. כעת בעקבות ההסכמים האלה המטה מתפרק, ולמעשה הכוח שהיה בידי שר אחד מפוצל בין שני שרים, עובדה שקרוב לוודאי תוביל ליריבות ומאבקי כוח בין המשרדים.
למטה הדיור שיעבור לשר הבינוי יהיו הסמכויות בנושא ייזום, תכנון, שיווק ופיתוח קרקעות מדינה. כלומר, ליצמן יהיה זה שיחליט איפה בונים שכונה חדשה ומי מתכנן אותה. מצד שני, על פי ההסכם הקואליציוני, עולם התכנון יוכפף לדרעי. יו"ר מטה התכנון החדש של דרעי יהיה גם יו"ר המועצה הארצית לתכנון ובנייה. מנהל התכנון יעבור למשרד הפנים, יושבי ראש הוועדות המחוזיות ימונו על ידי דרעי ויהיו כפופים ישירות לו ולא למנכ"לית מנהל התכנון.
מההסכם הקואליציוני עולה כי פעילות הותמ"ל תוארך, למורת רוחם של מתנגדים רבים שראו בוועדה מכשיר דורסני. גם יו"ר הותמ"ל ימונה ישירות על ידי דרעי.
עד עתה הסמכות להעברת מתחם לתכנון הותמ"ל הייתה נתונה לקבינט הדיור שבראשות שר האוצר, על פי ההסכם הקואליציוני עם כינון הממשלה סמכות זו תועבר לוועדת השרים לענייני פנים שבראשות דרעי.
וועדה זו תקבל גם את הסמכות לקבוע מדיניות באשר להסכמי גג והסכמי פיתוח עם רשויות מקומיות. גם המתכונת הזו מהווה פתח למאבקי כוח רבים, משום שהצד השני להסכמי הגג הוא משרד הבינוי ורשות מקרקעי ישראל הכפופים לליצמן. הסכמות להתוות את מדיניות הסכמי הגג תחזק את מעמדו של דרעי בקרב השלטון המקומי.
למען האיזון גם ליצמן קיבל וועדת שרים ייחודית: "ועדת שרים לענייני מקרקעין ודיור" שבסמכותה: קידום רפורמות בתחום הדיור; קידום פרויקטים של התחדשות עירונית, השכרה ארוכת טווח, פינוי בינוי ודיור ציבורי; החלטות הנוגעות למקרקעי ישראל; פתרונות לחסמים.
כך יוצא כי כל תוכנית מקרקעין שליצמן יבקש לקדם תהיה תלויה בשיתוף הפעולה של דרעי, ולהפך. ליצמן ודרעי קיבלו סמכויות ותקציבים לקידום פרויקטים, אך נראה כי אף אחד מהם לא שש להתמודד עם עבירות הבנייה. כל סמכויות משרד האוצר בתחום התכנון והבנייה הועברו לשרים, למעט היחידה הארצית לאכיפת דיני התכנון והבנייה שתישאר במשרד האוצר.