ההחלטה להקפיא את הקמת מעון ומשרד רה"מ החדשים (פרויקט אלמוג), לאחר 25 שנות עבודה ותקציב של 1.358 מיליארד שקל, לא התקבלה על ידי ממשלת ישראל, למרות שהפרויקט אושר על ידי הממשלה וקודם על ידי הקבינט המדיני ביטחוני. כך עולה מתשובה שהעביר משרד רה"מ לתנועה לאיכות השלטון, שביקשה לקבל את החלטת הממשלה בנושא.
מי שחשף את ההחלטה להקפיא את הפרויקט השאפתני היה דו"ח מבקר המדינה מאוגוסט אשתקד, שגילה את ההתנהלות החלמאית של המדינה בפרשה הזו. הפרויקט הוקפא לאחר שנודע לשב"כ כי בסמיכות למבנה נבנית רכבת קלה ו-12 מגדלים רבי קומות, שיוצרים בעיות ביטחוניות.
באוקטובר 2018 הוחלט להקפיא את הפרויקט ומאז נשקלת הקמתו במקום חלופי, שדורש תכנון אדריכלי המותאם למקום החדש. על פי דו"ח מבקר המדינה, תקציב הפרויקט התנפח במשך השנים מ-650 מיליון שקל ל-1.358 מיליארד שקל, לא כולל ההשקעה בתכנון הפרויקט במיקום החדש. בעקבות ההקפאה, נאלצה המדינה להשקיע עוד 75 מיליון שקל במיגון מעון ומשרד רה"מ הישנים. ככל הנראה, נמצא מיקום חדש לפרויקט אלמוג ואף בוצע תכנון אדריכלי שלו, אך טרם התקבלה החלטה רשמית בנושא.
התנועה לאיכות השלטון פנתה למשרד רה"מ ודרשה לקבל מידע, לפי חוק חופש המידע, בנוגע לליקויים שצויינו בדו"ח, וכן את הפרוטוקולים של הדיונים הנוגעים לטיפול בהם. התנועה ניסתה להבין מי קיבל את ההוראה להקפיא את הפרויקט. בקשת חופש המידע לא נענתה גם לאחר שליחת שלוש תזכורות שונות, והתנועה הגישה עתירה לבית המשפט המחוזי בירושלים, בה ביקשה להורות למשרד רה"מ ולממונה על יישום חוק חופש המידע במשרד למסור לידיה את פרטי המידע המבוקשים.
משרד רה"מ השיב ב-17 באוגוסט כי "מבדיקה שנערכה במשרד לא נמצאה החלטת ממשלה כמבוקש ועל כן אין באפשרותנו להיענות לבקשתכם בעניין זה". עוד עולה מהתשובה כי יותר משנה לאחר פרסום דו"ח המבקר בעניין הפרויקט, הצוות המשרדי לתיקון הליקויים בדו"ח המבקר טרם דן בנושא. לגבי הדרישה לקבל פרוטוקולים של הדיונים, נטען כי "לא ניתן להיענות לבקשתכם, שכן מדובר בדיונים אשר בגילוי מידע בעניינם קיים חשש לפגיעה בביטחון מדינת ישראל ומשכך מדובר במידע שלא ניתן למסור".
ראש האגף המשפטי בתנועה לאיכות השלטון, עו"ד תומר נאור: "מדובר בהתנהלות שערורייתית גם בסטנדרטים הלא גבוהים שאליהם לצערי התרגלנו. חור שחור שאליו מוזרמים במשך שנים מיליוני שקלים מהקופה הציבורית, בלי שום פיקוח, בקרה או ניהול - ובחוסר שקיפות ואף הסתרה מכוונת מהעין הציבורית. והחמור ביותר? גם כאשר עורך מבקר המדינה ביקורת, הגורמים הרלוונטיים פשוט מתעלמים מהדו״ח ומהערות המבקר, וממשיכים בשלהם. אנחנו נפנה בהקדם אל בית המשפט ונדרוש את תיקון הליקויים ואת חשיפת הפרוטוקולים מאחורי המחדל".
ממשרד ראש הממשלה נמסר בתגובה: "פרויקט אלמוג, לבניית מעון ראש הממשלה לצד ליבת משרד ראש הממשלה, הוקפא בזמנו לצורך בחינה בשל תוכניות הפיתוח בכניסה לעיר בסמיכות למתחם, אך כעת נמצא בשלב בחינת חלופות אחרות למגרש להקמת המבנה".