מהפכת התשתיות והפיתוח הרכבתי לא פוסחת על עיר הבירה. תחנת הרכבת החדשה בירושלים ע"ש יצחק נבון שנחנכה לפני כשש שנים, והפכה מיד לאחת מהתחנות המבוקשות והמרכזיות ביותר בארץ, הייתה רק ההתחלה.
כעת רכבת ישראל שועטת קדימה, נערכת לגידול משמעותי נוסף במספר הנוסעים, וחושפת תוכנית לשדרוג הקו לעיר הבירה באמצעות מסילות תת קרקעיות, הקמה של שתי תחנות רכבת חדשות, וכן פיתוח וקידום של פרויקט ראשון מסוגו במדינת ישראל: מרכזים תחבורתיים משולבים עם מקומות מסחר ובילוי תוססים, שיוקמו בקרבת תחנות הרכבת וישפרו באופן משמעותי את מרקם החיים בעיר ואת השירות המגיע לנוסעים.
לאחרונה אישר דירקטוריון רכבת ישראל, בראשותו של יו"ר הדירקטוריון עו"ד משה שמעוני ובשיתוף עם משרד התחבורה ורשות מקרקעי ישראל, תוכנית פורצת דרך הכוללת האצה וקידום של בניית מתחמי מסחר בתחנות הרכבת ברחבי הארץ. המתחמים החדשים יעניקו לנוסעים תחבורה מהירה ונוחה, יחד עם מעטפת של שירותים, תעסוקה, מגורים ומקומות בילוי בצמוד למרכזים הרכבתיים. שניים מהמתחמים הללו עתידים לקום באזורים אסטרטגיים בירושלים - מתחם מלחה ומתחם התחנה הישנה - תחנת חאן, שמהווים אבן דרך מרכזית בהיסטוריה של רכבת ישראל.
במתחם מלחה, לצד תחנת הרכבת ואמצעי תחבורה נוספים כמו הרכבת הקלה, יוקמו מגדלים בני 40 קומות עבור 400 יחידות דיור חדשות, אזורי מסחר, מלונאות ותעסוקה. במקביל, מקדמים בחברה תוכנית להעברת מוזיאון הרכבת לאזור, ובכך למקם את ההיסטוריה העשירה של רכבת ישראל בדיוק על הציר שבו עברה בתחילת דרכה. בעתיד יחובר המתחם לפרויקט הארכת הקו לירושלים המגיע כיום עד לתחנת יצחק נבון, באמצעות מסילות תת קרקעיות, ויעברו בתחנות הרכבת החדשות שיוקמו במרכזה של העיר: "ירושלים מרכז" (הדוידקה) ו"ירושלים חאן", שיאפשרו לנוסעים רבים להגיע בקלות באמצעות הרכבת היישר למוקדים מרכזיים בעיר הבירה כמו רחוב יפו, שדרות ממילא, העיר העתיקה והכותל המערבי.
רכבת ישראל גאה להוביל את שדרוג התשתיות והשירות הרכבתי בעיר הבירה, שישפרו באופן משמעותי את מרקם החיים לתושבי ירושלים באמצעות יצירת מקומות תעסוקה ופנאי במרכזים המסחריים החדשים. מעבר לכך, משדרגת הרכבת את תחנת יצחק נבון באופן שישפר את זרימת הנוסעים בכניסה לעיר: הוספת כניסות ויציאות לתחנה, והארכת רציפים שתאפשר כניסתן של רכבות ארוכות יותר וכתוצאה מכך הגדלת תדירותן.
פרויקט המרכזים התחבורתיים וכן הארכת פרויקט "מסילות דוד המלך", הינם חלק ממימוש תוכנית החומש של רכבת ישראל יחד עם משרד התחבורה, בהיקף של 48 מיליארד שקל. מטרתה חיבור כל רחבי הארץ באמצעות עורקי תחבורה רכבתיים מהירים ומתקדמים, וכן שיפור התחבורה העירונית ביצירת מעברים קלים ונוחים בין אמצעי תחבורה שונים ושיפור הקישוריות. במסגרת תוכנית החומש ניתן למצוא פרויקטים נוספים שמבוצעים ממש בימים אלה: פרויקט המסילה המזרחית שתהווה ציר נוסף לחיבור צפון הארץ לדרומה, מסילת 431 שתחבר את יישובי השפלה לירושלים ומודיעין באמצעות רכבות ישירות וכן המסילה הרביעית באיילון שתאפשר הגדלה משמעותית של תדירות הרכבות ותקל על העומסים.
יו"ר דירקטוריון רכבת ישראל, עו"ד משה שמעוני: "לפני קרוב ל־60 שנים שוחררה בירתנו ירושלים ואין דרך ראויה יותר לציין את היום הזה מאשר המשך בניינה ופיתוחה של העיר עם מגוון מיזמים ותוכניות חדשניות ועתידניות. פרויקט המרכזים התחבורתיים מציג מהפכה של ממש בשימוש ובניצול מיטבי של מיזמי תשתית, שחלקם ממוקם בלב אזורי הביקוש במדינה. המודל הותווה על בסיס למידה ממדינות רבות בעולם שבהן תחנות הרכבת משמשות כמרכזי תעסוקה, בילוי ומסחר מניבים ושוקקי חיים, המשמשים לא רק כתחנת מעבר עבור הנוסעים, אלא כמרכזים פעילים בלב המרקם העירוני, הנגישים לתחבורה ציבורית יעילה לאורך כל שעות היממה. לצד אלה אנו ממשיכים לפתח את קווי הרכבת בבירה, ובמקביל מקדמים את התוכנית להעברת מוזיאון הרכבת למתחם מלחה, באופן שימקם את ההיסטוריה של הרכבת בארץ ישראל בדיוק במקום שבו היא החלה".
מנכ"ל רכבת ישראל, שיקו זנה: "אני גאה לעמוד בראש חברה שמיישרת קו עם חברות הרכבות המתקדמות ביותר בעולם. רכבת ישראל מובילה תוכנית אסטרטגית הכרחית לשינוי משמעותי של תפיסת תחנות הרכבת למרכזים תחבורתיים מתקדמים ומקושרים בשלל אמצעי תחבורה בדגש על רכבת, הכוללים בתוכם חוויית נסיעה משודרגת לצד שירותים שיספקו את צרכי הנוסעים והעוברים ושבים בתחנה: מסחר, תעסוקה ונדל"ן. מרכזים אלה אף יעודדו תושבים רבים יותר לעבור לנסיעה ברכבת על חשבון רכבים פרטים, וישדרגו את מרקם החיים בירושלים עיר בירתנו".