במכתב חריף ששלח לממלא מקום מפקד גלי צה"ל, דני זקן, העיתונאי ספי עובדיה טוען כי הוא "התערב בעבודתו העיתונאית" מתוך "שיקולים זרים, אישיים ופסולים", כיוון שזה העז למתוח ביקורת על יעקב ברדוגו - איש עסקים ומגיש לשעבר בתחנה, הנחשב למקורבו של זקן.
על פי עורכי דינו, עובדיה זומן על ידי זקן לשיחה לאחר שבמהלך שידור תוכניתו בגל"צ, "ספי ויניר" (אותה הוא מגיש לצד העיתונאי יניר קוזין), ביקר את האופן שבו ברדוגו - המקורב לראש הממשלה בנימין נתניהו - גינה את ראשי האופוזיציה הגורמים לדעתו ל"כאוס" במדינה, כשבעברו המליץ בעצמו לבכירי מפלגת הליכוד ליצור "כאוס" כשהיו בעמדת האופוזיציה, זאת על מנת להפיל את הממשלה הקודמת.
"לא יכולה להיות מחלוקת אמיתית כי מדובר בביקורת עיתונאית לגיטימית ובסוגיה ראויה לדיון, במיוחד בשים לב להיותו של ברדוגו דמות תקשורתית ופוליטית מרכזית", טענו במכתב והוסיפו כי בשל דבריו בשידור - עוד באותו יום זומן עובדיה לשיחה, שם לטענתו אמר זקן ש"הפרסום השלילי אודות ברדוגו פוגע במאמצי התחנה להתקיים תחת אקלים פוליטי מסוכן - ואף הסברת למרשנו כיצד יוכל הדרג הפוליטי להסב לתחנה נזקים כבדים… הלכה למעשה, הבהרת למרשנו כי אם גלי צה"ל תימנע מנקיטת עמדה שלילית כלפי ברדוגו, המקורב לראש הממשלה, סיכויי הסגירה שלה יפחתו".
כמו כן, במכתב נאמר כי במסגרת אותה שיחה, "סיפרת כי ראש הממשלה הביע לפי הטענה את מורת רוחו על דברי הביקורת שהושמעו על ידי מרשנו בשידור. בהמשך לכך הסברת, כי ברדוגו נתפס כ'מישהו משלהם' כלשונך - ולכן ביקורת עליו נראית לכאורה כ'מתקפה על הליכוד כולו'".
לדברי עורכי דינו של עובדיה, "מדובר בדברים חמורים במיוחד. מפקד תחנה ציבורית, האמון על שמירת חופש הביטוי ועל קיום תקשורת חופשית במדינה דמוקרטית, פועל במחשכים כדי להניא מגיש של תוכנית מרכזית מלמתוח ביקורת על מקורבם המשותף של ראש הממשלה ושלו-עצמו - הכול בכסות של חשש כביכול לעצם קיומה של גלי צה"ל בשל התנכלות מטעמים פוליטיים".
עוד הם גורסים כי על מנת להצדיק את התערבותו בנושא, זקן טען כי עובדיה "סגר חשבון אישי" עם ברדוגו, ומוסיפים כי אף דווח שבכוונת זקן להוריד את התוכנית מלוח השידורים לאחר החגים, וכי בהמשך בחר להאריך את חוזה ההתקשרות עם עובדיה לשלושה חודשים נוספים בלבד.
במעשים אלה, הם טוענים, התנהלותו של זקן מהווה הפרת דין, הפרה של כללי האתיקה העיתונאית, של הוראת הפיקוד העליון, של הקוד האתי ושל חובותיו כמפקד גלי צה"ל, ו"בכלל זה את חובת הנאמנות שלו כלפי התחנה וכלפי הציבור". "הוראות אלו ואחרות נרמסו על ידך ברגל גסה, עת פעלת בניגוד עניינים, משיקולים פוליטיים ואישיים, בניסיון להגן על מקורבו של ראש הממשלה, שהוא גם חברך האישי, מפני פרשנות עיתונאית לגיטימית; והכול, תוך פגיעה בחופש הביטוי ובזכות הציבור למידע עיתונאי, מקצועי ואמין", כתבו.
מגלי צה"ל נמסר בתגובה: "מכתבו של מר עובדיה הגיע לידי מפקד גלי צה"ל היום ולא במפתיע הודלף מידית מתוך מטרה שקופה לפגוע להשמיץ ולהטיל מורא. עובדיה זומן בחודש שעבר לבירור עם מנהל מחלקת אקטואליה ועם מ"מ מפקד גל"צ לאחר שעשה שימוש לא ראוי במיקרופון הציבורי שעליו הוא מופקד למטרות של התנצחות אישית מכוערת עם איש תקשורת אחר מחוץ לתחנה. בשידור המדובר עקף עובדיה את העורך ושידר קטע שלם מאחורי גבו, מתוך ידיעה כי העורך לא היה מאפשר זאת. מכתבו מגמתי, רצוף סילופים שקל יהיה להפריכם, ובו גם למרבה התדהמה איום בתביעה וניסיון לסחוט הבטחות להשארתו בתחנה - שעד כה איש כלל לא ערער עליה.
"גלי צה"ל היא תחנת שידור ציבורי הנאבקת על חייה בעת משבר חברתי ודמוקרטי שבו קיומה ושידורן של חדשות ממלכתיות הוא קריטי עבור הדמוקרטיה הישראלית והחברה המקוטבת. בתנאים אלה היה מצופה מכתב פוליטי בכיר, המבין את צוק העיתים, יודע מהו סוביודיצה ומודע לכך שהחודשים הקרובים הם קריטיים להמשך קיומה גל"צ, להתנהל בדרך מקצועית, ולא כך קרה. קשה לעמוד בפרץ מול הקולות הקוראים לסגור שידור ציבורי בעת משבר דמוקרטי. קשה שבעתיים כשכתב בכיר נותן יד ולמעשה מקרב את קיצה של התחנה.
"בנוסף, ישנה תביעה ובירור משפטי בין מר יעקב ברדוגו ובין גל"צ בהאשמת פיטורין שלא כדין על ידי שר הביטחון הקודם ומ"מ המפקדת הקודמת של גל"צ. מפאת ההתנהלות המשפטית הזו יש מניעה מהתייחסות ישירה לנושא, ואין כוונה לענות להדלפות החלקיות והמסולפות שהכתב בחר בהן. מפקד גלי צה"ל לא יאפשר להפוך את גלי צה"ל לזירת הקרבות של הטוויטר ולא יינתן למגיש בכיר או זוטר להפוך את המיקרופון הציבורי לרכושו וכלי לסגירת חשבונות אישיים ופוליטיים".