עימות חזיתי בין רזי ברקאי לממלא מקום מפקד גלי צה"ל דני זקן: שדר הרדיו הוותיק התבטא הערב (ד') בתוכנית "אזור בחירה" נגד התוכניות הצפויות של זקן, הודיע כי לא ישתף עימן פעולה ואף כינה את זקן "שלוחו של ברדוגו". בגלי צה"ל השיבו בחריפות לברקאי.
"בימים הקרובים ינוסח מסמך וכותרתו הקוד האתי החדש של גלי צה"ל, שיאסור עליי ועל חברים וחברות שלי להביע את דעותיהם תוך כדי השידור. אני לא אתחייב למסמך הזה - וזה אומר שבעוד ארבעה שבועות אני עוזב את גלי צה"ל", אמר ברקאי בתוכנית.
"נשאלת השאלה מי ייאלץ להתחייב. אז יש קטגוריה של מגישי תוכניות אקטואליה, וכיוון שיש כוונה להחזיר את ברדוגו לתחנה, הוא יאופיין לא כתוכניות אקטואליה, אלא כתוכנית של "דעה אישית". אז ברקאי, שהוא אקטואליסט, יאסרו עליו להגיד את דעותיו - וברדוגו חופשי. זה הכול נולד ממפקד התחנה הנוכחי, שהוא שלוחו של ברדוגו", הוסיף ברקאי.
בגלי צה"ל השיבו בחריפות ותקפו את השדרן שלהם: "כפי שכבר הודענו, צוות אתיקה של גלי צה"ל, ובו שני המומחים הטובים בישראל בתחום, שוקד על עדכון הקוד האתי של גלי צה"ל. בין השאר וכפי שהודיע מ"מ מפקד גלי צה"ל מראש למר ברקאי - אכן תהיה הפרדה של דעות המגישים בתוכניות אקטואליה וחדשות, כפי שהיה לאורך שנים ארוכות, וכדי להימנע מהטיה כלפי ציבור המאזינים.
"מר ברקאי רשאי להביע את דעתו בשיחות סלון או בערוצים אחרים. הוא ושאר מגישי תוכניות האקטואליה והחדשות, להבדיל מתוכניות דעות, לא יוכלו יותר להביא את דעתם האישית והפוליטית. לא בתחנת רדיו ציבורית, ממלכתית וצה"לית המשדרת לכלל העם. מפאת כבודו של מר ברקאי ועברו המפואר, נימנע מתגובה מעבר לכך".
מטעם התחנה ביקשו להבהיר כי "למען הסר ספק והבהרת הנושא, בשום שלב, לא נדרש איש מאנשי גלי צה"ל לחתום על אמנה או על כל מסמך כזה או אחר, כפי שהוצג באופן שקרי באחד הפרסומים... כמו כן, לוח השידורים של התחנה נבחן מחדש כל העת, במסגרת בחינה זו ובהינתן שהתחנה אחראית לכל אשר מועבר במסגרת שידוריה, הוחלט להפסיק את שידור המהדורות המרכזיות בשעה 20:00, המועברות מערוצי הטלוויזיה וליצר במקומן רצועה עצמאית ומקורית של התחנה ולטובת קידום תכניה שלה. כל טענה אחרת חסרת שחר.
"במסגרת שינויים אפשריים בלוח המשדרים, מתנהלים מגעים עם כמה מהעיתונאים ואנשי התקשורת מהמובילים והמוכרים בישראל להגשת תוכניות חדשות בז'אנרים שונים. הקו המנחה הוא עמידה בחובת גלי צה"ל להיות תחנה של כל עם ישראל, פריפריה כמרכז ובראש ובראשונה של חיילי צה"ל כולם".