שפכים מקלקיליה, שעברו מתחת לגדר ההפרדה, זורמים לירקון ומשם הם עושים את דרכם לכיוון תל אביב והים.
מרשות נחל הירקון נמסר כי ברגע שהתגלתה הזרמת השפכים, הרשות פעלה על מנת למנוע את ההגעה של הביוב לירקון, והחלה בעבודות לחסימת זרימת השפכים והתארגנות לשאיבת השפכים חזרה לתוך קו השפכים, ולטיפול במתקן השפכים.
הביוב זרם וקצף הנובע מזיהום הביוב נצפה באתר עשר טחנות, הנמצא בגבול בין רמת גן לבני ברק.
יונתן רז, אקולוג רשות נחל הירקון, אמר: "לפני כמה ימים החל לזרום ביוב כתוצאה מתקלה במערכת השפכים בקלקיליה. רק כשהשפכים הגיעו לירקון, הבחנו בזיהום. רשות נחל הירקון לקחה על עצמה לטפל בנושא, והציבה מערכת שכוללת הפסקת שפכים לכיוון הירקון ומערכת שאיבת השפכים חזרה לתוך קו השפכים".
רז הוסיף כי "הזיהום פוגע במערכת האקולוגית וגורם לתמותה של בעלי חיים, אנחנו מאוד מקווים שהדגה לא תמות בסוף השבוע הקרוב, זה תלוי בכמה גורמים כמו אובדן החמצן מהמים והזרמה של רעלים שגורמת לתמונה של בעלי חיים בירקון. אנחנו נדע זאת בימים הקרובים. אנחנו מעריכים שזרמו עד כה 50-40 אלך קו"ב, במהלך ארבעה חמישה ימים האחרונים, מאז שזה התחיל ועד היום שזה הגיע לתל אביב. כרגע עצרנו את הזרימה ומבצעים שאיבה של השפכים לתוך קו השפכים".
בשנים האחרונות אירעו לא מעט מקרים שבהם שפכים שהוזרמו מהרשות הפלסטינית גרמו לזיהום נחלים בישראל. בחודש יוני שפכים שזרמו דרך נחל אלכסנדר, זיהמו את חוף בית ינאי. בשל הזיהום נאסרה הרחצה במקום. גם בחודש נובמבר 2019 נרשם מראה דומה באותו חוף.
ביוני 2019 שפכים שהוזרמו מאזור קלקיליה ומקו השפכים של אלפי מנשה זיהמו את נחל ציר ונחל קנה, מיובלי הירקון.