המלחמה בדרום ובצפון הציבה אתגרים לא פשוטים בפני הטבע ואלו השומרים עליו. הלחימה האינטנסיבית, ששילבה בין היתר ירי רקטות של ארגוני הטרור ופעילות קרקעית כוחותינו, פגעה בשטחים הפתוחים ובערכי הטבע. שמורות הטבע, הגנים הלאומיים וכן השטחים הפתוחים שנמצאים בטווח האש נסגרו למבקרים, ובחלק מהמקומות פעלו כוחות צבא וכלים הנדסיים. אבל למרות הפגיעה הקשה בטבע, התקציב לשיקום הסביבה קוצץ דווקא.
המדען הראשי ברשות הטבע והגנים, ד"ר יהושע שקדי, התייחס לפגיעה בטבע: "המלחמה האחרונה יצרה מציאות מאתגרת עבור רשות הטבע והגנים. נאלצנו להתמודד עם נזקים ישירים כתוצאה מפגיעות ישירות של רקטות ופצצות וכן עם פעילות צה"ל בשטחים הפתוחים. כמו כן, חלק גדול מפקחי רשות הטבע והגנים גויסו למילואים, כך שיכולת הפעולה בשטח הצטמצמה מאוד. ההצלחות בשמירה על השטחים הפתוחים וערכי הטבע היו בעקבות שיתוף פעולה הדוק עם מערכת הביטחון לפני המלחמה, שיצרה הקשבה תוך כדי המערכה ומנעה פגיעות מיותרות בשטח".
כאמור, המלחמה מציבה אתגרים משמעותיים בפני שמירת הטבע, ואחד המשמעותיים שבהם הוא הרס וקיטוע בתי גידול טבעיים. פעילות צבאית אינטנסיבית, הכוללת תנועת כלי רכב כבדים, עלולה לגרום נזק בלתי הפיך לשטחים פתוחים ושמורות הטבע.
כתוצאה מכך נוצר איום על אוכלוסיות בעלי חיים וצמחים. מינים רבים, ובמיוחד אלו שכבר נמצאים בסכנת הכחדה, עשויים למצוא את עצמם ללא בית ומשאבים הכרחיים להישרדותם. רשות הטבע והגנים נדרשת למאמצים מוגברים בזמן הלחימה ולאחריה כדי להעריך את הנזקים, לייצב את המערכות האקולוגיות הפגועות ולסייע בהתאוששות של מינים בסיכון, במטרה למנוע הכחדה ולשמר את המגוון הביולוגי הייחודי של ישראל. ברשות הטבע והגנים אמרו כי הם נערכים לפגיעה נוספת בטבע הישראלי, כתוצאה מהלחימה.
איום נוסף על הטבע הוא שריפות. הסכנה מחמירה בזמן מלחמה בשל השימוש באמצעים היכולים להביא להתלקחות ובגלל קשיים במאמצי כיבוי באזורים שהם תחת אש. אולם, למרבה המזל, לא פרצו שריפות ענק בזמן המלחמה. "אנחנו נערכים יחד עם כוחות הכיבוי וההצלה לצמצם את סכנת השרפות בקיץ הקרוב, במיוחד משום שכמות הצומח היבש בשטח תהיה גבוהה לאחר חורף גשום בצפון", אמר ד"ר שקדי.
בנוסף מתמודדים באזור העוטף עם תופעה חדשה - כלבים משוטטים שנכנסו מרצועת עזה - שפוגעים בבעלי חיים ביישובים. עם הרס הגדרות הגבול במהלך הלחימה, כלבים רבים נכנסו לשטח ישראל. ברשות הטבע והגנים אמרו כי כלבים אלו מהווים איום משמעותי על חיות הבר המקומיות, שכן הם צדים חיות בר, עלולים להעביר מחלות ולהתחרות עם מיני הבר הישראליים.
ברשות הטבע והגנים הוסיפו כי הכלבים שהגיעו מעזה טורפים צבאים, ארנבות, מכרסמים ועופות המקננים על הקרקע וזה בנוסף לטריפה של חיות בר בפינות חי, ברפתות ובעדרי צאן בשטחים הפתוחים.
אם לא די באתגרים הסביבתיים של המלחמה, מתמודדות רשויות החוק גם היא תופעת הרעלות בעלי החיים. חומרי הדברה חקלאיים, פיתיונות רעילים נגד מכרסמים, וחומרים מסוכנים אחרים עלולים לגרום נזק בלתי הפיך למערכות אקולוגיות שלמות כאשר הם מגיעים לשטחים פתוחים.
ברשות הטבע והגנים אמרו כי בעלי חיים רבים, כולל מינים מוגנים ובסכנת הכחדה, מתים כתוצאה מהרעלה ישירה או מאכילת בעלי חיים שהורעלו.