בזמן שהמשרד להגנת הסביבה מתנגד בתוקף לעסקה של קצא"א עם חברה באיחוד האמירויות, במשרד החוץ טוענים כי מדובר בעסקה חשובה ליחסים בין שתי המדינות. זאת, למרות עמדת שגרירות האמירויות בישראל, שנחשפה ב-ynet וב"ידיעות אחרונות", לפיה ביטול העסקה לא יפגע ביחסים המתחממים בין שתי המדינות. מאוחר יותר הודיע משרד החוץ כי הוא עדיין שוקל את עמדתו והנושא הסביבתי נמצא בראש סדר העדיפויות.
בעמדת משרד החוץ נכתב כי במשרד רואים חשיבות במימוש ההסכם ויש להימנע ככל הניתן מהפרתו. "היחסים המדיניים עם איחוד האמירויות בעלי חשיבות רבה", אומרים במשרד החוץ, בדיונים שנערכו בראשות מנכ"ל ראש הממשלה לגבי ההסכם להעברת נפט מהאמירויות דרך אילת לאשקלון. "מרכיב משמעותי ביחסים אלה הוא כלכלי. העסקה המסחרית שעליה חתמה קצא"א היא אחת המרכזיות שנחתמו לאחר כינון היחסים. אמנם מבחינת הממשל באמירויות חברת קצא"א היא 'זרוע ארוכה' של ממשלת ישראל וחשש מהתערבות בהסכם עולה מדי פעם בשיחות עימם. על כן משרד החוץ רואה חשיבות במימוש ההסכם ויש להימנע ככל הניתן מהפרתו".
במשרד החוץ אמרו כי מדובר בעמדה לא מעודכנת: "הפרסום אינו מבטא את עמדתו העדכנית של משרד החוץ כפי שהובאה בפני שר החוץ וגם לידיעת שרות האנרגיה ואיכות הסביבה בישיבה משותפת. עמדת המשרד נבחנת ולוקחת בעדיפות עליונה את ההיבטים הסביבתיים ואת הסיכונים לנגב ולסביבה הימית הכרוכים בהסכם זה. מרגע שיתבהרו הנתונים בסקר הסיכונים נבחן את ההשלכות המדיניות הכרוכות בכך, אבל לא ניתן יד לפגיעה בסביבה מסיבות כלכליות".
הסכם קצא"א - רד-מד - סיקור נרחב ב-ynet:
המשרד להגנת הסביבה חסם את ההסכם בין קצא"א לאמירויות
משרד האוצר לצד קצא"א: "ביטול ההסכם יפגע במוניטין ובהכנסות"
קצא"א נגד זנדברג: "התנהלות בלתי סבירה עד חוסר חוקיות"
במשרד האנרגיה מתחו ביקורת על קצא"א בתגובה שהועלתה בדיון במשרד ראש הממשלה: "בהיבטי ביטחון אנרגטי, הרכיבים החשובים הם כשירות נמל קצא"א באילת והיכולת לקלוט בו תזקיקים בשעת חירום ולהוליך אותם ליתר הארץ. העסקה כשלעצמה לא חשובה לביטחון האנרגטי של מדינת ישראל ולא צפויה להשפיע עליו. בנוסף, חברות ממשלתיות שנמצאות באחריות משרד האנרגיה מתייעצות עם המשרד לפני חתימה על הסכמים במדינות זרות, אשר כרוכים בשינוי משמעותי של היקף הפעילות שלהן. גם במקרה זה היה ראוי כי קצא"א תגביר את התיאום על הגורמים הממשלתיים והרלוונטיים".
במשרד האוצר הגיבו גם הם לגבי העסקה. "קצא"א התקשרה בהסכם כדין, כחלק ממהלך העסקים הרגיל שלה של שינוע דלקים ולשם כך לא נדרש לה אישור מהממשלה", נכתב בתגובת משרד האוצר. "עם זאת, ביצוע העסקה נדרש להיעשות בהתאם לדרישות הגנת הסביבה. בנסיבות האלו, יש להציב את הדרישות בפני החברה ולהימנע מהתערבות בהסכם מסחרי שבפועל עוצרת את יישומו. בנוסף, נשאלת שאלה בנוגע למקור סמכות המשרד להגנת הסביבה לבחון תועלת למדינה מהסכמים מסחריים".
במסמך של משרד ראש הממשלה נקבע כי יתקיים דיון אצל שר החוץ יאיר לפיד עם השרה להגנת הסביבה תמר זנדברג ושרת האנרגיה קארין אלהרר, בנוגע להיבטים המדיניים של ההסכם. עוד נקבע בסיכום כי נדרש שהמשרד להגנת הסביבה ימשיך את עבודתו מול קצא"א על בסיס סקרי הסיכונים המתאימים. זאת, לטובת גיבוש הדרישות הרגולטוריות מהחברה, הגדרת המענה ההולם לסיכונים הסביבתיים כתוצאה מיישום ההסכם ובהתאם להתנגדות המדינה לבקשת העותרות לבג"ץ.
בסיכום נכתב כי "על בסיס שלושת ההיבטים – סביבתיים, כלכליים ומדיניים – יהיה ניתן לגבש עמדה מקצועית". במקביל, חברת קצא"א תעביר לגורמים בודדים במשרד להגנת הסביבה את ההסכם שעליו חתמה באמירויות, בהתאם לחוק ובכפוף לסיווג הביטחוני הנדרש. בנוסף, התבקשה קצא"א לשתף את הציבור במידע ככל הניתן, במסגרת החוק ובהתאם לחזון שפורסם על ידי החברה.
במקביל, במשרד להגנת הסביבה דורשים לבטל את ההסכם. במכתב ששלחה היועצת המשפטית של המשרד, דלית דרור, ליועץ המשפטי לממשלה אביחי מנדלבליט וליועץ המשפטי של קצא"א, נכתב בין היתר כי "מפרץ אילת הוא סביבה ימית רגישה ביותר, ייחודית וערכית ביותר מבחינת משאב טבע ברמה בין לאומית, וכי העיר אילת מתבססת במידה רבה ביותר על תיירות הנשענת על מפרץ אילת ומשאבי הטבע שלו. דברים אלה נמצאים בסתירה מוחלטת למהות הסכם מד-רד ולהודעת החברה בדבר הגדלת הפעילות בנמל קצא"א באילת. כל אירוע של דליפת נפט במפרץ אילת, גם בהיקפים קטנים, יגרום לנזקים אדירים, חלקם בלתי הפיכים מבחינה סביבתית, חברתית וכלכלית".
היועצת המשפטית של המשרד להגנת הסביבה, שצירפה גם כמה נספחים למכתב, התייחסה גם לדרישות של המשרד מקצא"א: "הדרישה מקצא"א לביצוע סקר סיכונים, כתנאי לאישור תוכנית חירום מפעלית חדשה, ניתנה כחלק מהנחיות היחידה הימית, מתוך הבנה שתוכנית החירום המפעלית הנוכחית, המותאמת להיקף פעילות של מכליות בודדות בשנה, אינה יכולה לתת מענה להיקף פעילות גדול יותר, של עשרות מכליות, שיפקדו את מפרץ אילת כל שנה".
לדבריה, "טענת קצא"א לפיה, אין כל שינוי בסוג הפעילות, דרך הפעילות או בשינוי מבני או תכנוני במסוף, בעקבות ההסכם - אינה מדויקת בלשון המעטה. הגדלה משמעותית של פקידת מכליות במפרץ אילת, משמעותה שבניגוד למצב כיום, לאורך מרבית ימות השנה תתבצע פריקה וטעינה של נפט במפרץ אילת. כמו כן, כמויות הנפט הצפויות לזרום בתשתיות קצא"א יעלו בהדרגה ממאות אלפי טונות לעשרות מיליוני טונות. שינויים אלה מצריכים היערכות שונה מצד קצא"א , בין היתר, זמינות של ציוד, כוח אדם ושל כלי שיט הן לפיקוח בעת ביצוע פעולות הפריקה והטעינה והן לטיפול בהתרחש אירוע זיהום ים בשמן".
בסיום המכתב המפורט של היועצת המשפטית של המשרד להגנת הסביבה, נכתב כי "בדיונים שהתקיימו בראשות מנכ"ל משרד ראש הממשלה התברר כי מימוש ההסכם עם חברת מד-רד אינו חיוני לביטחון האנרגטי של מדינת ישראל ואינו צפוי לפגוע בהסכמי אברהם. כמו כן, למעט ציון העובדה כי ההסכם אינו חורג מליבת פעילותה של חברת קצא"א ועל כן אינו מחייב אישור הממשלה, לא הוצגו שיקולים או תועלות כלשהם למשק או בכלל כתוצאה מיישום ההסכם, המצדיקים את הסיכון למפרץ אילת כתוצאה מהרחבת הפעילות לשינוע ולאחסון נפט, שיש בהם כדי לגבור על השיקולים הסביבתיים שהציג משרדנו".
במשרד הוסיפו כי ככל הנראה, בקשה של קצא"א תידחה. "המשמעות הינה שאם קצא"א תגיש בקשה להיתר רעלים חדש לצורך התרת העיסוק בחומרים מסוכנים בכמות העולה על שני מיליון טונות לשנה, הבקשה תיבחן על פי מדיניות המשרד, קרי - 'אפס תוספת סיכון', במטרה להגן על הסביבה ועל בריאות הציבור. על פני הדברים, נראה כי הבקשה תידחה, כפי שנדחתה בקשתה של קצא"א לאישור תוכנית חירום מפעלית חדשה".