מקורות המים הטבעיים של ישראל ובעיקר מי התהום נתונים בסכנת זיהום והמלחה הולכת וגדלה, כתוצאה מפעילות תעשייתית, דלק, פעילות חקלאית ושאיבת יתר של האקוויפרים השונים, המביאה לירידת מפלסיהם וחדירת מים מלוחים לתוכם. כך עולה מדו"ח מבקר המדינה, המתפרסם אחר הצהריים (יום ג'), בפרק העוסק במניעת זיהומם והמלחתם של מקורות המים, ניטורם ושיקומם.
בדו"ח כתב מבקר המדינה, מתניהו אנגלמן, כי מי התהום הם המקור העיקרי של מים טבעיים שפירים במשק המים בישראל. בישראל שני אקוויפרים מרכזיים של מי תהום - אקוויפר החוף ואקוויפר ירקון תנינים (המכונה גם אקוויפר ההר). בשנת 2019 עמד סך כל צריכת המים בישראל על 2.24 מיליארד מ"ק, נוסף על כך 140 מלמ"ק סופקו לירדן ולרשות הפלסטינית. כ-1.16 מיליארד מ"ק סופקו ממקורות טבעיים, 545 מיליון מ"ק סופקו ממי קולחין, ומתקני ההתפלה סיפקו כ-609 מיליון מ"ק. כלומר, על פי דו"ח המבקר, מקורות המים הטבעיים של ישראל, מהווים כיום למעלה ממחצית מקורות המים לשימושים השונים.
בבדיקה שערכו אנשי משרד המבקר המדינה, לגבי ניטור הזיהום מדלקים, נמצא כי ב-69% מהאתרים המנוטרים, 203 במספר, התגלה זיהום במקור המים, וב-36% מהאתרים המנוטרים נמצאו זיהומים חמורים וחמורים מאוד. עוד עולה כי ביצוע פעולות הניטור ב-295 אתרים בשנים 1999 עד 2020 מהווה כיסוי של 13.5% מכלל האתרים הידועים וכי על אף שחוות הדלק אחראיות לחלק העיקרי מהזיהום ממתקני דלק, טרם נוטרו 17 חוות מכלים מתוך 35 חוות. המשמעות היא שפוטנציאל הזיהום החמור (עדשות דלק) מדלקים עשוי להיות גבוה במידה רבה מההיקף הידוע.
בנוסף נמצא כי חלפו 12 שנים ממועד דוח תה"ל (חברת תכנון המים לישראל בע"מ), אשר הצביע על 23 אזורי תעשייה כבעלי פוטנציאל גבוה לזיהום. המבקר אנגלמן מצא כי עד מועד הביקורת לא נוטרו שני אזורי תעשייה מתוכם. עוד עולה כי מתוך כ-157 אזורי תעשייה מעל אקוויפר החוף ובסך הכול כ-253 אזורי תעשייה בישראל, מנוטרים כ-21 אזורי תעשייה (כ-8.3% מסך כל אזורי התעשייה) שהינם בעלי סיכון גבוה. עוד נמצא כי באקוויפר ירקון תנינים אין פעולות ניטור תעשייתי משמעותיות. בתחום הזיהום שמקורו בתעשייה לא הוקמו אתרי ניטור באקוויפר ירת"ן בשנים האחרונות, וכל 21 אזורי התעשייה המנוטרים ממוקמים מעל אקוויפר החוף.
עוד נמצא לגבי ניטור ומיפוי הזיהומים במקורות המים הטבעיים, כי ב-98 (כ-24%) מתוך 408 מאתרי הניטור בוצעו או מתבצעות פעולות שיקום ורק ב-12 אתרים (כ-3%) הסתיימו פעולות השיקום. ב-48 (כ-12%) מהאתרים נוכחה רשות המים לדעת כי לא נמצא זיהום המצריך פעולות נוספות. יתר 262 אתרי הניטור - 64% מכלל האתרים המנוטרים - יש בהם כדי להעיד על זיהום קיים או על חשד לזיהום.
לגבי הטיפול באתרים שבהם זיהום מי התהום נובע מפעילות תעש ומערכת הביטחון התברר כי ב-12 מתוך 14 אתרים אלו טרם בוצעו פעולות שיקום וזאת על אף היקפי הזיהום הגדולים, המגיעים לכ-1.4 מיליארד מ"ק וסוגי המזהמים המסוכנים, ואף שחלף זמן רב מאז תחילת החקירה לאיתור היקף הזיהום ולניטור וגילוי הזיהומים, כאשר במוקדי הזיהום העיקריים, בהם נתגלה נפח מים מזוהמים של למעלה מ-1.2 מיליארד מ"ק - תעש רמת השרון, תעש גבעון, תעש מגן ותעש ערבי נחל - התגלה הזיהום לפני עשר שנים ויותר, ובתעש נוף ים, תעש טירת הכרמל, ומש"א תל-השומר נתגלה הזיהום לפני חמש שנים ויותר. עוד עולה כי בארבעה מ-14 האתרים לא נעשתה פעולת חקירה ראשונית ואין מקור מימון לביצועה.
המבקר אנגלמן גם מצא כי רשות המים ממעטת לעשות שימוש במנגנון של מתן הצו לתיקון המעוות המאפשר לה לצוות על מי שגרם לאותו זיהום לעשות את כל הדרוש להפסקת זיהום המים, לרבות שיקום הזיהום באמצעות החזרת המצב לקדמותו, לפני שנגרם הזיהום ולמניעת הישנותו של זיהום המים והיא אינה מקצה בתקציבה סכומים מתאימים לטיפול בזיהום – אף שהיא אמורה לגבות סכומים אלה מהאחראים לזיהום. במתחמים תעשייתיים קודמו במהלך העשור האחרון שני צווים לתיקון המעוות, זאת אף שיש עשרות מוקדי זיהומים בהיקף נרחב ובדרגת חומרה גבוהה, אשר אינם מטופלים וחלקם התגלה כבר לפני למעלה מ-15 שנים.
לגבי סכנת המלחת המים, כתב מבקר המדינה כי שאיבת יתר מהאקוויפרים גורמת להסעת גופי מים מלוחים לתוך האקוויפר ובכך מגבירה את המלחתם. המבקר הוסיף כי ההמלחה נגרמת גם מתשטיפים שונים המגיעים מפני הקרקע אל מי התהום. המבקר העיר למועצת רשות המים בשנת 2018 על כך שלא קבעה את הקווים האדומים לכל האקוויפרים (פרט לכינרת) המציינים את מגבלת ההפקה מכל אקוויפר ולא הביאה אותם לאישור הממשלה. בשנת 2017 גרמה שאיבת היתר לירידת מפלס המים אל מתחת לקווים האדומים במרבית האקוויפרים .
עוד ציין משרד המבקר ב-2018 כי "לשם שמירה על מקורות המים הטבעיים כבני קַיָימה מן ההכרח שבמאזן הרב-שנתי, ולאחר שיקום מפלסיהם, כמות המים הנשאבת מהמאגרים תתאזן עם כמות המים הנוספת אליהם, וזאת כדי שמפלסי המאגרים לא ירדו מתחת לקוויהם האדומים ולא יושחתו" וכי הוא "רואה בחומרה את פעולותיה של רשות המים שאפשרה לנצל את מאגרי המים הטבעיים שלא בהתאם לעמדת השירות ההידרולוגי, הגורם המקצועי בנושא. הדבר הביא להתדלדלות כמות המים בהם ולירידת מפלסיהם אל הקווים האדומים ואף מתחת להם, ועלול לגרום נזק בלתי הפיך למאגרים אלה" .
מבקר המדינה המליץ לרשות המים להימנע משאיבת מים מהאקוויפרים אל מתחת לקווים האדומים ולבחון המשך צמצום השאיבה מהאקוויפרים כדי למנוע את הסעת גופי המים המליחים לתוכם ולהמשיך את מגמת הצמצום באקוויפר החוף, כדי למנוע את המשך המלחתם, זאת במקביל לקידום חלופות להגדלת היצע המים השפירים.
המבקר, שהצביע כאמור על שורה ארוכה של כשלים, כתב בסיכום הפרק כי פעילות העבר של התעשיות הביטחוניות ושל מחנות צה"ל היא המקור העיקרי לזיהומו של אקוויפר החוף, שהוא מקור חיוני לאספקת מים שפירים למשק המים בישראל. רשות המים, משרד האוצר ומשרד הביטחון, שהם הגורמים האחראיים לטיפול בזיהום, בעיקר זה הנובע מפעילות התעשיות הביטחוניות ומחנות צה"ל, טרם השלימו את ביצוע פעולות השיקום לשם הטיפול בזיהום.
הוא הוסיף כי על הגופים הנוגעים בדבר - רשות המים, משרד הביטחון, משרד האוצר, המשרד להגנת הסביבה ומשרד החקלאות ופיתוח הכפר - לפעול לתיקון הליקויים המפורטים בדוח זה ולבחון את יישום המלצותיו ובכללן, גיבוש תוכנית רב-שנתית לטיפול בזיהומים, הקצאת מקורות למימונה בהתאם לסדרי העדיפויות שנקבעו ולפעול לסילוק החומרים המזהמים מן האקוויפרים השונים.
מרשות המים נמסר בתגובה: "רשות המים פועלת באופן שוטף לאיתור מזהמים במי תהום ולשיקום מקורות המים. מדובר בהליך מורכב הדורש מיפוי של מאות אתרים והכנה של תוכניות לשיקום מי התהום באתרים המזוהמים. לרשות המים תוכנית רב שנתית לניטור איכות המים הפועלת בצורה סדורה מזה שנים. נכון להיום רשות המים מבצעת מעקב אחר למעלה מ-400 אתרים אשר ברובם התגלה זיהום מי תהום. האחריות על ביצוע חקירת היקף הזיהום והטיפול בו מוטלת על המזהם בהתאם להנחיות רשות המים, גם כשמקורו בתעשיות הביטחוניות. לצערנו גופי מדינה, בפרט משרד הביטחון, מעכבים הקצאת המימון הנדרש לשיקום. מזה שנים רבות רשות המים היא הגורם המניע את ההליכים שיבטיחו את הטיפול בכתמי הזיהומים הללו, שהם מהחמורים והמורכבים בארץ וחלקם ייחודיים גם בעולם. באשר להוצאת צווים כנגד מזהמים - רשות המים פועלת להוצאתם במקרים בהם הדבר נדרש".