האיים של אינדונזיה היו פעם ביתם של שלושה תתי-מיני טיגריס שונים, כל אחד מהם מסמל את המגוון הביולוגי העשיר של המדינה. הראשון מתוכם היה טיגריס ג'אווה (Panthera tigris sondaica), כשלצידו חיו טיגריס באלינזי (Panthera tigris balica) וטיגריס טרינילי (Panthera tigris trinilensis), שנכחדו אף הם - כך לפי חוקרים. הטיגריס הסומטרי (Panthera tigris sumatrae) נותר כתת-מין בודד של טיגריס באינדונזיה, אם כי גם הוא מוגדר כמין בסכנת הכחדה חמורה, עם פחות מ-400 פרטים בטבע.
בתחילת המאה ה-20 אוכלוסיית האי ג'אווה - האי המאוכלס ביותר בעולם, ומהאזורים הצפופים ביותר על פני כדור הארץ - מנתה כ-28 מיליון בני אדם, מה שהוביל לחוסר הלימה בין קצב הגידול המהיר של האוכלוסייה לבין הביקוש לאורז. בשל כך, הוחלט על בירוא יערות בקצב מזורז, מה שפגע בבית הגידול של טיגריס ג'אווה (כמו גם של בעלי חיים נוספים).
אם בשנת 1938 יערות כיסו 23% משטח האי, הרי שבשנת 1975 רק 8% מהאי היה מיוער. בנוסף, אוכלוסיית אייל טימור (שמוכר גם בשם אייל ג'אווני), שהיה טרפו העיקרי של הטיגריס הג'אווני, סבלה ממספר מחלות ותמותה כתוצאה מכך, מה שפגע במקור תזונתו העיקרי של טיגריס ג'אווה.
אם לא די בכך, חקלאים מקומיים החלו לירות בטיגריסים הג'אוונים (שהוגדרו כמטרד) עד שהם נעלמו לחלוטין, כשבשנת 2008 הוכרז המין כנכחד על ידי האיגוד הבין-לאומי לשימור הטבע ומשאבי הטבע (IUCN). במחקר החדש, שהתפרסם בכתב העת Oryx, מצאו החוקרים ראיות לכך כי ייתכן שההכרזה הזו הייתה מוקדמת מדי.
במהלך העשורים האחרונים, היו מספר דיווחים של מקומיים לפיהם הטיגריס הג'אווני עדיין חי באי, כחלקם אף טענו שבעלי חיים מקומיים נטרפו על ידו. יחד עם זאת, לא נמצא אישוש לטענות הללו, עד שלפני כחמש שנים, תושב מקומי ואיש שימור בשם ריפי יאנור פג'אר, דיווח על כך שגילה סימנים לקיומו של הטיגרים הג'אווני במטע שנמצא בסמוך לסוקאבומי (Sukabumi) שבמחוז מערב ג'אווה.
במיקום זה התגלו עקבות, סימני טפרים ושערה בודדת. שיחה שנערכה עם פג'אר הובילה למסקנה שייתכן כי שערה זו היא אכן של טיגריס ג'אווה. לאחר בדיקה גנטית שערך צוות המחקר אשר הורכב מאנשי סביבה וזואולוגים המזוהים עם כמה מוסדות באינדונזיה, בנוסף להשוואת התוצאות עם תוצאות דגימה ממוזיאון הזואולוגיה בבוגור שבאינדונזיה (Zoologicum Bogoriense) של טיגריס ג'אווה מ-1930, התגלתה התאמה חזקה - ההוכחה הגנטית הראשונה מזה עשרות שנים לכך שקיימת סבירות כי הטיגריס האייקוני והאנדמי עדיין חי, קיים ומשוטט במעמקי יערות האי ג'אווה.
אמנם יידרש מחקר נוסף כדי לאשר סופית האם טיגריס ג'אווה אכן חי בטבע, גם אם במספרים נמוכים, אבל כבר עתה ברור כי תגלית זו מדגישה לא רק את הסבירות להישרדות הפוטנציאלית של הטיגריס הג'אווני, אלא גם את ההשלכות הרחבות יותר של שימור המגוון הביולוגי באינדונזיה ובעולם כולו. יתרה מכך, מחקר זה מדגיש שוב את הצורך באסטרטגיות שימור דחופות ומקיפות, כולל הגנה על בתי גידול ומאמצים למניעת ציד, כדי להבטיח את הישרדותו של הטיגריס הג'אווני אם יוכח קיומו באופן סופי, או של כל בעל חיים שנמצא על סף הכחדה.