מכתבים סודיים ומוצפנים, שנכתבו על ידי מרי מלכת הסקוטים, בזמן שנכלאה באנגליה על ידי בת דודתה המלכה אליזבת הראשונה, נחשפו ופוענחו על ידי צוות רב תחומי של מפצחי קוד בינלאומיים, בתגלית ששופכת אור על שאירע לפני יותר מ-430 שנה.
במשך מאות שנים, תוכן מכתביה של מרי, שהייתה מלכת סקוטלנד מה-15 בדצמבר 1542, שבוע לאחר היוולדה, ועד הדחתה מהכס ב-24 ביולי 1567, נחשבו כאבודים. המצב השתנה מהרגע שבו מדען המחשבים והקריפטוגרף ג'ורג' לסרי, הפסנתרן ופרופ' למוזיקה נורברט בירמן והפיזיקאי ומומחה הפטנטים סאטושי טומוקיו, נתקלו בהם בזמן שהם חיפשו בספרייה הלאומית של צרפת ארכיונים מקוונים למסמכים מוצפנים.
שלושת החוקרים גילו שמרי היא המחברת של המכתבים רק לאחר שהצליחו לפתור את מערכת הצפנים המתוחכמת שלה. עבודת הפענוח שלהם שכללה 57 מכתבים, פורסמה בכתב העת Cryptologia, וחושפת כ-50 כתבי יד חדשים שלא היו ידועים בעבר להיסטוריונים. אותם כתבים מתוארכים לשנים 1584-1578, שנים ספורות לפני עריפת ראשה בטירת פותרינגהיי לפני 436 שנים - בתאריך ה-8 בפברואר 1587 - לאחר שנמצאה אשמה שנה קודם לכן בארגון מחתרת קתולית ובמזימה להתנקש בחייה של מלכת אנגליה, אליזבת הראשונה.
התכתבויותיה של מרי חושפות תובנות מרתקות על התקופה שבה הייתה כלואה. רובם ממוענים למישל דה קסטלנו דה מאוויסייר, שגריר צרפת באנגליה, שתמך במרי הקתולית, שהוחזקה תחת פיקוחו של הרוזן משרוסברי. "עם פענוח האותיות, הייתי מבולבל מאוד וזה הרגיש קצת סוריאליסטי", אמר לסרי, שהוא גם חלק מפרויקט DECRYPT הרב-תחומי שכולל כמה אוניברסיטאות באירופה, במטרה למפות, לבצע דיגיטציה, תמלול ופענוח צפנים היסטוריים. "פיצחנו קודים סודיים ומעניינים של מלכים ומלכות בעבר, אבל אלה של מרי מלכת הסקוטים היוו תגלית מרגשת מכיוון שפענחנו כל כך הרבה מכתבים שטרם פורסמו וכן נוכח העובדה שמרי הייתה מפורסמת מאוד. כלל מכתביה שתוכנם נותח במחקר מהווים מאגר עצום של חומר ראשוני חדש על מרי - כ-50 אלף מילים בסך הכול - ששופך אור חדש על כמה מאותן שנים בהן ישבה בשבי באנגליה. על כן סביר להניח כי המכתבים שפענחנו הם ככל הנראה חלק מהתכתבות סודית שנחשבה עד כה כאבודה", הוסיף לסרי.
מרי סטיוארט הייתה אחת הדמויות ההיסטוריות המפורסמות ביותר של המאה ה-16, והראשונה בתור הירושה לכס המלכות האנגלי אחרי בת דודתה אליזבת, מפני שהייתה נכדתה של מרגרט טיודור, אחותו הבכורה של הנרי השמיני, מלך אנגליה. עם מות אביה, מרי הפכה למלכת סקוטלנד בזמן שהייתה בת שישה ימים בלבד, כאשר אמה שימשה כעוצרת עד הגיעה לבגרות. בסוף שנות ה-60 ותחילת שנות ה-70 של המאה ה-16 הייתה מעורבת מרי בקשירת קשר רידולפי שמטרתו הייתה להפיל את אליזבת הראשונה מכס המלוכה ולרשת את מקומה. הקתולים החשיבו את מרי כריבונית הלגיטימית, אך מזימה זו הביאה לכינון מרד מצד מתנגדיה הפרוטסטנטים של מרי.
היא נכלאה, נמלטה אך הובסה במאבקיה ונמלטה לאנגליה לבקש מקלט מקרובתה אליזבת, שכלאה אותה למשך 19 שנים כי ראתה בה איום. בסופו של דבר, מרי הוצאה להורג בגיל 44 על חלקה לכאורה במזימה להתנקש בחייה של אליזבת הראשונה. במהלך תקופת השבי, מרי תקשרה עם מקורביה ובעלי בריתה באמצעות מאמצים נרחבים לגייס שליחים ולשמור על סודיות. כעת, לסרי ועמיתיו למחקר הצליחו לספק ראיות חדשות לכך שההתכתבות הזו התרחשה ממאי 1578 ועד אמצע 1584.
באמצעות טכניקות ממוחשבות וידניות, עורכי המחקר פענחו את האותיות, שחושפות את האתגרים בפניהם ניצבה מרי בניסיונותיה לשמור על קשרים עם העולם החיצון, כיצד הועברו ממקום מושבה בשבי אל המכותבים ומי היה האדם שהעביר את המכתבים אליהם. נושאים מרכזיים שבולטים בהתכתבויותיה של מרי כוללים תלונות על מצב בריאותה הירוד ותנאי השבי, וכן המשא ומתן שלה עם המלכה אליזבת הראשונה לשחרורה, שלדעתה אינו מתנהל בתום לב. חוסר האמון של מרי במזכירה הראשי של אליזבת ורב המרגלים שהקים את השירות החשאי הבריטי וסיכל מספר ניסיונות התנקשות בה, סר פרנסיס וולסינגהם, ניכר גם הוא, כמו גם האיבה שלה כלפי רוברט דאדלי, רוזן לסטר הראשון, שהיה חברה הקרוב של אליזבת והאדם המועדף בחצר המלוכה שלה.
הדרך לפענוח המכתבים הייתה לא פשוטה כלל ומרובת אתגרים. חלק מהמכתבים נכללו בקבוצה גדולה של מסמכים לא מסומנים בצופן וללא סמלים גרפיים זהים, קטלוג הספרייה הלאומית של צרפת קטלג את הכתבים מהמחצית הראשונה של המאה ה-16 כאיטלקיים (למרות שהחוקרים הבינו כי נכתבו בצרפתית ולא באיטלקית מיד לאחר שהחלו לפצח את הקוד). עבודת הבילוש שלהם חשפה פעלים ותארים לעיתים קרובות בלשון נקבה, מספר אזכורים לשבי, ואת השם "וולסינגהם", מה שהוביל להבנה כי נכתבו על ידי מרי, מלכת הסקוטים.
ג'ון גאי, שכתב את הביוגרפיה "מלכת הסקוטים" ב-2004, ספר שהוביל לסרט בנושא שהוקרן ב-2019, שיבח את החוקרים וממצאי מחקרם. "התגלית הזו היא סנסציה ספרותית והיסטורית נפלאה. זהו הממצא החדש והחשוב ביותר על מרי, מלכת הסקוטים מזה 100 שנים", אמר גאי. "סיפקנו רק פרשנות ראשונית וסיכומים של המכתבים. ניתוח מעמיק יותר של היסטוריונים יכול להביא להבנה טובה יותר של השנים בהן הייתה נתונה מרי סטיוארט בשבי", סיכם לסרי והוסיף כי יהיה זה לעונג לעבוד עם היסטוריונים כדי להפיק ספר ערוך, שיכלול את מכתביה של מרי כשהם מפוענחים, מבוארים ומתורגמים.