אחת המסקנות מסקר מקיף, שנערך בשנים האחרונות באגן הכינרת ובחן יותר מ-200 מעיינות, היא להרחיק את הבקר הרועה באזור המעיינות וגורם לעתים לזיהום. מחברי הדו"ח אמרו כי קביעת ערכיות המעיינות תסייע בקבלת החלטות בעתיד בנוגע לממשק ניהולם, ובראש ובראשונה בצורך להרחיק את שקתות הבקר מסביבתם.
אגן ההיקוות של הכינרת הוא העשיר ביותר במעיינות בישראל: 302 מעיינות נובעים בשטח המשתרע על שטחי הירדן העליון, עמק החולה, הגליל העליון המזרחי והגליל התחתון המזרחי. בסקר נסקרו 251 מעיינות במרחב אגן ההיקוות בפרמטרים הבאים: הידרולוגיה, הידרו-ביולוגיה, בוטניקה, סביבה ונוף. המעיינות באגן ההיקוות של הכינרת מקיימים בתי גידול ייחודיים ומגוונים. הם יוצרים רצף אקולוגי בסביבה המורכבת ממערכות טבעיות, חקלאיות וכפריות, וגם מהווים מוקדי משיכה לפעילות פנאי ונופש לציבור.
מממצאי הסקר עולה כי מרבית בתי הגידול הלחים הם מערכות אקולוגיות ייחודיות, אך הן הופרו. המערכות האקולוגיות שבהם נפגעו ושטחם הצטמצם, בעטיים של צורכי חקלאות ותיירות. עקב הרס המעיינות והתייבשותם מבצעת רשות הטבע והגנים פעולות נרחבות לשיקום המעיינות ובתי הגידול הלחים ולשחרור מי המעיינות האחוזים חזרה לזרימה טבעית. בין היתר הומלץ לטפל במינים פולשים ולהרחיקם מבית הגידול הלח, לשמר מינים נדירים ומינים בסכנת הכחדה, לווסת את השתלטות המינים פטל קדוש וקנה מצוי, ולהשיב מינים לבית הגידול לשימור והפצה.
הרעייה בסמוך לבתי גידול לחים היא נושא שנדון בסקר באופן מיוחד. נוכחות בקר במעיינות היא תופעה שכיחה, בייחוד באזור הסקר, שבו מרוכזת חלק גדול של פעילות הבקר בישראל. אזור המעיין שופע צמחייה בדרך כלל, המספקת לבקר מזון וצל, והמעיין עצמו הוא גם מקור שתייה ואתר רביצה. אלא שבקר בסביבת המעיינות גורם לרמיסה, להרחפת המצע במים ולזיהומם בהפרשות. הוא פוגע הן בצומח והן במאכלסי המים ומשפיע על המעיין עצמו ועל מורד זרימת המים. על כן עורכי הסקר ממליצים להגביל את הרעייה באזור המעיינות ומדגישים את הצורך בתוכנית מוסדרת להרחקת מרעי הבקר משהייה בשטחי המעיינות. עוד הם ממליצים לשמר את מפגש המים עם התשתית הטבעית של המעיין ולפתוח ערוצי זרימה, בעיקר במעיינות שנעשה בהם פיתוח ומימיהם נאגרים בבריכות בטון.
בתחום הידרולוגיה התברר כי ב-185 מעיינות נמצאו מים ואילו 117 מעיינות היו יבשים בזמן הסקר, או שלא נדגמו. רוב המעיינות נמצאים בשטחים פתוחים טבעיים או חקלאיים. המזהמים הנפוצים במעיינות הם רעיית בקר, תשתיות שפכים, פעילות חקלאית ונוכחות מבקרים. כדי לצמצם את נזקי הרעייה רשות הטבע והגנים מפזרת שקתות להרחקת הבקר ממקורות המים הטבעיים.
בתחום ההידרו-ביולוגיה, בבדיקה של חברת חסרי החוליות האקווטיים, נמצא עושר גבוה במיוחד בהשוואה לסקרי מעיינות דומים באזורים אחרים בארץ. אף על פי כן מעיינות רבים סובלים מהפרעות המשפיעות על איכות בית הגידול כגון פעילות חקלאית, פיתוח עירוני, שימושי נופש ופנאי ומעיינות שהמבנה הפיזי שלהם השתנה ללא הכר עקב תפיסת המים לצורכי שתייה.
בתחום בוטניקה: בין המינים הרב-שנתיים עולה כי הפטל הקדוש הוא הצמח השליט - נוכחותו נמצאה ב-46% מהמעיינות. המינים הנפוצים אחרי הפטל הם פיקוס התאנה וגרגר הנחלים. עושר המינים במעיינות נע בין מין אחד ל-38 מינים. ב-46 מעיינות לא נצפו מינים שלהם זיקה לבית גידול לח.
בסקר נצפו 12 מינים המדורגים בסכנת הכחדה, 10 מינים על סף איום ו-13 מינים נדירים ונדירים למדיי. 24 מהמינים מוגנים בחוק. מן המינים לא זוהו מינים אנדמיים לישראל. המין השכיח ביותר מן המינים בסכנת הכחדה הוא לוענית גדולת עלים. עוד תועדו בסקר 38 מינים זרים ופולשים שמאיימים להשתלט על בית הגידול של המעיין. ב-76 מ-126 מעיינות שנסקרו מבחינה בוטנית זוהה מין פולש אחד לפחות.
אריאל כהן, מנהל תחום סקרים ומחקרים סביבתיים ברשות הטבע והגנים, אמר: "מבצעי הסקר ממליצים להגביל את הרעייה באזור המעיינות ומדגישים את הצורך בתוכנית מוסדרת להרחקת מרעי הבקר משהייה בשטחי המעיינות, באמצעות הצבת שקתות. עוד הם ממליצים לשמר את מפגש המים עם התשתית הטבעית של המעיין ופתיחת ערוצי זרימה, בעיקר במעיינות שנעשה בהם פיתוח ומימיהם נאגרים בבריכות בטון".
לגבי השבת מים לבתי גידול לחים, אמר כהן כי "מרבית בתי הגידול הלחים באזור הסקר הם מערכות אקולוגיות ייחודיות, אשר הופרו ושטחם הצטמצם בעיקר בשל צרכים חקלאיים. בשל הפגיעה במעיינות והתייבשותם של חלק מהם מבצעת רשות הטבע והגנים פעולות נרחבות לשיקום המעיינות ובתי הגידול הלחים ולשחרור מי המעיינות האחוזים חזרה לזרימה טבעית". על המינים הפולשים, הוא אמר: "שימור המגוון הביולוגי הייחודי של הצומח במעיינות מחייב טיפול במינים פולשים והרחקתם מבתי הגידול הלחים, שימור מינים נדירים ומינים בסכנת הכחדה, וויסות השתלטות המינים פטל קדוש וקנה מצוי, והשבת מינים לבית הגידול לשימור והפצה".
פנחס גרין, סמנכ"ל רשות ניקוז ונחלים כינרת, אמר: "אגן היקוות הכינרת עשיר במעיינות איכותיים, אך פערי הידע על תפקודם האקולוגי וההידרולוגי של המעיינות היו גדולים. סקר המעיינות המפורט שנעשה בשנים האחרונות באגן הכינרת, ביוזמת רשות ניקוז ונחלים כינרת, הקרן לשטחים פתוחים, רשות הטבע והגנים, המשרד להגנת הסביבה, רשות המים והחברה להגנת הטבע, הינו פרויקט ייחודי בהיקפו, הן במספר המעיינות שנסקרו והן בעבודת העומק היסודית והמקיפה שהושקעה בו. רשות ניקוז ונחלים כינרת עומדת להעלות בקרוב את כל מאגר המידע החשוב הזה לאתר של רשות ניקוז ונחלים כינרת על גבי מפה אינטראקטיבית ולהנגישו לציבור הרחב. כמו כן בכוונתנו לפרסם את ממצאי הסקר יחד עם סקר מעיינות נוסף שנעשה ברמת הגולן על ידי החברה הממשלתית לתיירות (החמ"ת) והקרן לשטחים פתוחים, בשני ספרים המאוגדים באוגדן משותף".
דרור פבזנר, אגף מים ונחלים במשרד להגנת הסביבה, אמר: "זו הפעם הראשונה שנעשה סקר מקיף אודות איכות מי המעיינות הסובבים את הכנרת. המעיינות הנמצאים באגן ההיקוות של הכנרת מקיימים בתי גידול ייחודיים ומגוונים ומייצרים רצף אקולוגי בסביבה המורכבת ממערכות טבעיות חקלאיות וכפריות. בנוסף, המעיינות מהווים מוקדי פנאי ונופש לציבור המטיילים. מרבית המעיינות מנקזים אקוויפרים שעונים, בעלי נפח מים מוגבל. המשרד להגנת הסביבה רואה חשיבות רבה בשימור ושיקום בתי הגידול הלחים ובכלל זה גם מעיינות ונרתם להוציא אל הפועל סקר מעיינות חשוב זה".
ד"ר עידן ברנע, אקו-הידרולוג ביחידת הנחלים של החברה להגנת הטבע, אמר: "בעשורים האחרונים אנו חווים פחיתה מתמשכת במשקעים, עלייה בצריכת המים בגליל העליון ובגולן ובנוסף עליה משמעותית בצריכת המים בלבנון. כל זאת ולאור תחזיות האקלים הצופות דווקא פגיעה בכמות המים הזמינים באגן הכינרת, מדגיש את הצורך בשמירה על השפיעה הטבעית במעיינות. על כן, קידום חיבור אזור מעלה כינרת למערכת המים הארצית נדרש ובלתי נמנע על מנת לשחרר, לשמר ולשקם את שפיעת המעיינות וב'ארץ פלגי מים' בפרט ובאגן הכינרת בכלל. מעבר לכך, יש חשיבות לשמירה על מרחב השפיעה בכל אחד מהמעיינות, הן מבחינת פיתוח תיירותי והן מבחינת זיהום. עקב הצורך הגדל ל'בילוי מעיינות' חשוב לבחון את ההיתכנות לפיתוח תיירותי ולכוון למספר מעיינות מוגדר על מנת לשמר את מגוון ושפע המעיינות ללא שימושי אדם. בנוסף, חשוב להמשיך ולהרחיב את תוכנית הרחקת הבקר מהמעיינות על מנת למנוע את הזיהום וההפרעה המתמשכת ולאפשר את שיקומם".