לאחר שהרב יצחק יוסף קרא לבחורי ישיבות חרדים לקרוע צווי גיוס אם יישלחו אליהם, ואמר כי גם "בטלנים" שאינם שקועים בלימוד תורה פטורים מללכת לצבא, יש מי שקורא לחקור את הרב הראשי לשעבר בגין המרדה ושידול לעבירה על חוק שירות ביטחון. עמותת "חדו"ש – לחופש דת ושוויון" ניסחה מכתב תלונה על ביצוע עבירות פליליות נגד הרב יוסף, ושלחה אותו לשר הביטחון יואב גלנט, לניצב יגאל בן שלום, ראש אגף החקירות והמודיעין במשטרת ישראל, וליועצת המשפטית לממשלה, עו"ד גלי בהרב-מיארה.
במכתב התלונה שכתב הרב הרפורמי ועורך הדין אורי רגב, מנכ"ל חדו"ש, צוטטו דבריו של הרב יוסף שאמר כי "מי שמקבל צו גיוס, יקרע את צו הגיוס, לא ילך. הוא חייל בצבא השם. לא יפחד מהם. בוודאי שהוא לא ישמע להם. אם ייקחו אותו לבית סוהר – יבוא איתו ראש הישיבה". עוד אמר כי "כל בן תורה פטור מללכת לצבא, גם מי שהוא בטלן ולא לומד. הולכים לצבא – מתקלקלים. יש שם חיילות, קצינים וניבול פה. יש שם דברים נוראיים, לא הולכים לשם, נקודה".
רגב טען בתלונתו כי הכרזותיו של הרב יוסף מהוות עבירות של המרדה על פי חוק העונשין ושידול לעבירה על חוק שירות ביטחון: "הדברים מדברים בעד עצמם ואינם צריכים לא דרש ולא פירוש. משמעותם הפלילית החמורה חד-משמעית, והשלכותיה מרחיקות לכת בשיבוש גיוס חיילים מן המגזר החרדי בכלל ובעת החירום הזאת בפרט. בנסיבות אלה ברור כי מדיניות ההתעלמות מדבריו ומהתנהלותו הפלילית של הרב יוסף בתחומים שונים בעבר אינה יכולה להימשך עוד".
במכתבו דורש רגב כי יינקטו צעדים חקירתיים ופליליים נגד הרב יוסף, ומבהיר כי אם רשויות אכיפת החוק לא יעשו זאת, תשקול חדו"ש פנייה לבתי המשפט.
"אין דרך ליישב את זה מבחינה ערכית"
חבר הכנסת חילי טרופר (המחנה הממלכתי) הגיב על דברי הרב יצחק יוסף, הראשון לציון וחתן פרס ישראל לספרות תורנית, שנחשפו ב-ynet: "די מדהים שמי שהיה עד החודש שעבר הרב הראשי למדינת ישראל, קורא למי שיקבלו צווי גיוס לקרוע אותם ולא לבוא להגן על המדינה. מבחינת הרב, ליהנות מתמיכת המדינה וממנעמיה – כן. להגן עליה בגופם – לא. אין דרך ליישב את זה מבחינה ערכית".
טרופר הוסיף: "הגדיל הרב יצחק יוסף והדגיש שהאיסור על הגיוס חל גם על מי ש'בטלן ולא לומד', משום ש'הולכים לצבא – מתקלקלים. יש שם חיילות, קצינים וניבולי פה. יש שם דברים נוראיים. לא הולכים לשם. נקודה'. יש בדברים משום ביזויים של החיילות, הקצינים והלוחמים הגיבורים, רבים מהם אגב בני תורה וממש לא בטלנים, שמקיזים את דמם ברצועת עזה וביתר חבלי הארץ".
לדברי טרופר, "אכן יש 'דברים נוראיים' בצבא. אלפי משפחות שכולות ברחבי הארץ, דתיות וחילוניות, ידעו לספר בלב שבור על המחיר הנורא. לא בניבולי פה מדובר, אלא בבנים ובבנות שנפלו. כדי להגן על הארץ שלנו צריך עוד שותפים שרואים בצה"ל לא מקום של קלקול, אלא של תיקון, הצלת חיים וערבות הדדית".