שוב התבטאות מעוררת מחלוקת של הרב הראשי לישראל, הרב יצחק יוסף. הרב הראשי הספרדי התייחס במוצאי שבת, במהלך שיעורו השבועי, לירי הטילים לעבר ישראל במלחמה. הוא אמר כי ישראל לא נפגעה קשות בזכות לימוד התורה של בני הישיבות.
הרב יוסף – שצפוי לקבל ביום העצמאות את פרס ישראל לספרות תורנית – אמר, בדברים שפורסמו באתרים חרדיים, כי "13 אלף טילים נזרקו על המדינה שלנו, ברוך ה' איזה ניסים ונפלאות, בזכות מי זה? בזכות הרמטכ"ל? בזכות מי? בזכות בני התורה, בזכות בני הישיבות, שבני הישיבות יושבים ועוסקים בתורה. אברכים עוסקים בתורה". בשלב זה הנוכחים מחאו כפיים לרב. הוא הוסיף: "זו ההשקפה הנכונה".
הוא גם תקף כמה רבנים בציונות הדתית, שמתחו ביקורת על דברים שאמר בעבר בנושא חוק הגיוס: "כשאני אמרתי את זה לפני כמה שבועות, היו כמה ראשי ישיבות הסדר, כיפות סרוגות, שתקפו אותנו בתקשורת בלי בושה, בתקשורת החילונית, דיברו נגדנו. לדבר נגד רב בישראל? איזו חוצפה. איזה דברים".
הרב יוסף הוסיף: "ראשי הישיבות ההסדר שלחו לי מכתבים שאני אחזור בי. אמרתי, בשום פנים אני לא חוזר בי. אני חוזר ואני אומר שכל מה שיש לנו שניצלנו בכל המלחמה, שקמו עלינו בצפון ובדרום עם כל הערבים החמאסניקים האכזריים – וניצלנו מהם, הוא רק בזכות בני הישיבות והאברכים, הם מגינים על כל החיילים, הם מגינים על כל עם ישראל. מי שלא מאמין בדבר הזה הוא אפיקורוס". הוא סיים את דבריו בציטוט מספר דברי הימים ב': "צריך לחזור על הדברים האלה – וַיִּגְבַּהּ לִבּוֹ בְּדַרְכֵי ה'".
בחודש שעבר עורר הרב יוסף סערה ציבורית, לאחר שאיים על רקע סערת חוק הגיוס בעזיבה המונית של הארץ. בדרשתו השבועית בבית הכנסת "היזדים" בירושלים, אמר בנו של מייסד ש"ס: "שבט לוי פטור מהצבא. לא לוקחים אותם, בשום פנים ואופן. יהיה מה שיהיה. אם יכריחו אותנו ללכת לצבא – ניסע כולנו לחוץ לארץ". לאחר כמה ימים הוא הבהיר כי ההתנגדות שלו לגיוס תלמידי ישיבות חרדים היא רק לאלה שבאמת לומדים תורה.
הרב יוסף כתב אז, בין השאר: "צריכים לדעת שהישיבות והכוללים הם אלה שמעמידים את העולם, על שלושה דברים העולם עומד, ובראש וראשונה על התורה. מה היינו עושים אם לא היה עולם הישיבות והכוללים. אני לא אומר את זה רק כאן שאני רואה תלמידי חכמים ואברכים, גם כשהלכתי לחיל האוויר, חיל הים, ויש שם קצינים לא דתיים, אלופים וסגני אלופים, לא היססתי ואמרתי בצורה ברורה: בלי התורה של האברכים ובני הישיבות הצבא לא יצליח! אם יש הצלחה זה בזכות עולם התורה".