בשנתיים האחרונות לא מכהן איש בתפקיד נשיא מועצת חכמי התורה של ש"ס, אך ייתכן שבקרוב המצב ישתנה. בימים אלה עמלים בהנהגת התנועה על מתווה של נשיאות משותפת של שלושה רבנים.
את התפקיד המיתולוגי של נשיא מועצת חכמי התורה מילא המנהיג הרוחני של ש"ס, הרב עובדיה יוסף, ולאחר פטירתו מילא את מקומו ראש ישיבת פורת יוסף, חכם שלום כהן, עד שגם הוא נפטר. מאז למועצת הרבנים של המפלגה החרדית-ספרדית אין נשיא. הרב שמעון בעדני כונה נשיא לתקופה קצרה, אך לא מונה רשמית – ונפטר גם הוא.
כעת במפלגה רוצים לחדש את התפקיד היוקרתי, מי שיהיה פניה הרוחניות של הסיעה ויפנה לציבור לא כפוליטיקאי, אלא בכובע הרבני.
המינוי המתבקש לתפקיד הוא הרב יצחק יוסף, בנו של הרב עובדיה, ומי שהשתתף בכתיבת ספריו והוצאת פסקי ההלכה שלו לציבור. עם הלבוש המסורתי ותואר "הראשון לציון" נראה כי הוא מי שיוכל למלא את הוואקום שנוצר לאחר פטירת אביו. הרב יצחק יוסף איננו חבר המועצה, שכן עד לאחרונה כיהן בתפקיד הרב הראשי שאינו אמור להיות מעורב בפוליטיקה, אך תועד מצביע לש"ס בבחירות לעיריית ירושלים. התמונה פורסמה במטרה לעודד מצביעים לבחור במפלגה. אחרי הפצתה יצאה הודעה מלשכתו, שבה ביקש "לכבד את פרטיותו ולהימנע מלהפיץ את התיעוד".
אך הרב יצחק יוסף הוא לא הטוען היחידי לכתר. באפריל 2023 צורף למועצה הרב אברהם סאלים, ראש ישיבת מאור התורה בירושלים ומי שמייצג במועצה את הישיבות הספרדיות והאברכים. רק לאחרונה פורסמו ב-ynet דבריו בשבח לומדי התורה. הוא אמר בין השאר כי הקרבתם של תלמידי הישיבות למען המדינה גדולה מזו של החיילים.
בדבריו שנשא בשיעור תורה, אמר הרב סאלים: "בואו נעשה חשבון, מתי אזרח ישראלי משרת את המדינה? שלוש שנים הולך לצבא, אחר כך כשיש מקרה חירום הוא הולך למילואים פעם או פעמיים, תלוי לפי המצב. עושה את החובה שלו למען המדינה שלו, אבל כל השנה מה עושה? אנחנו מגויסים כל השנה, אנחנו מאמינים שתורה מגינה ומצילה".
דמות נוספת הנחשבת מאוד בעיני הציבור החרדי-ספרדי וכן בעיני הקהל המסורתי שאליו המפלגה פונה הוא הרב משה מאיה, נשיא רשת החינוך של ש"ס, רב שכונת יד אליהו בתל אביב, ומי ששימש כמזכיר מועצת חכמי התורה בעבר ולימים אחד מחבריה. בעבר אף כיהן כח"כ מטעם המפלגה וכסגן שר החינוך.
הרב מאיה הוא זקן חברי המועצה ועל כן מינויו נשקל באופן טבעי. לאחרונה התבטא גם הוא בנושא הגיוס לצה"ל ואמר כי לחרדי אסור להתגייס, אולם בהמשך סייג את דבריו ואמר כי "אם יוקמו מסגרות צבאיות על דעת רבנים, שבוודאות ישמרו על כל חרדי, ונדע שזה יהיה בתוקף משפטי, הרי רק מי שלא לומד בכלל, שיגייסו אותו. זה לא התפקיד שלנו לגייס אנשים".
במפלגה בוחנים בשבועות האחרונים אפשרות של הנהגה משולשת, כאשר שלושת הרבנים יקבלו את תואר נשיא מועצת חכמי התורה. בין הנהלת הסיעה לבתי הרבנים התנהלו בשבועות האחרונים מספר שיחות בנושא, אך גורמים המעורים בפרטים אומרים כי ישנם מספר קשיים על הוצאת המהלך לפועל וכי הנושא נידון.
מש"ס נמסר בתגובה: "המידע אינו נכון".
אגב, בש"ס כבר נוסה בעבר רעיון ההנהגה המשולשת, בזירה הפוליטית, עם חזרתו של אריה דרעי למגרש הפוליטי בשנת 2012. בסיעה החל מתח באותה תקופה בין היו"ר שכיהן אז, אלי ישי, לדרעי. הרב עובדיה יוסף קבע כי לסיעה יהיו שלושה מנהיגים: דרעי, ישי ואריאל אטיאס. הרב יוסף הכריז כי "תנועת ש"ס לא נוצרה אלא כדי לקרב אנשים לתורה. השלישייה שלנו, כולם אהובים". אך עד מהרה שב המתח בין דרעי לישי, שבבחירות לאחר מכן התמודד בראשות מפלגה מתחרה.