לאחר השוויון בין הרב קלמן בר לרב מיכה הלוי, הסיבוב השני והמכריע בבחירות לרב הראשי האשכנזי צפויות להתקיים בעוד שלושה שבועות בדיוק, בתאריך 31 באוקטובר, כ"ט בתשרי.
ועדת הבחירות לבחירת רבנים ראשיים לישראל הודיעה כי בתום דיון שנערך הבוקר (יום ה') הוכרע כי לנוכח חוות דעת של היועצת המשפטית של המשרד לשירותי דת, על דעת המשנים ליועצת המשפטית לממשלה, לא ניתן להכשיר את הפתק של המועמד לרב ראשי אשכנזי שנמצא במעטפה של הבחירות לרב הראשי הספרדי ובקלפי של בחירות אלה, ולייחס אותו למעטפה הריקה שנמצאה בקלפי של הרב הראשי האשכנזי. לכן הוחלט על בחירות חוזרות שייערכו בין הרבנים קלמן בר ומיכה הלוי בבית הרבנות הראשית בירושלים.
מטה הרב מיכה הלוי מסר בתגובה: "קיבלנו לפני זמן קצר את הודעת ועדת הבחירות על קיומו של סיבוב שני לבחירות. על אף העובדה שעמדתנו גובתה על ידי המשנה ליועמ"ש לשעבר, עו"ד שרית דנה, כי יש להכשיר את הפתק ה-41 לרב הלוי המוכיח כי קיבל את מרב הקולות, לא נגרור את הרבנות וכבודה לבית המשפט. אנחנו בטוחים כי הרב מיכה הלוי יקבל גם בסיבוב השני את מרב הקולות, כמועמד הציוני שמביא איתו את הניסיון הגדול ביותר בעבודת רבנות וקהילה, מאחדת וממלכתית. גם חברי הגוף הבוחר מבינים כי הגיעה העת לראות רב ראשי ציוני לישראל שילדיו נלחמים בחזית, ושיודע להכיל את מגוון הצרכים ולהנגיש את הרבנות לעם בישראל, הזקוק לרבנות מאחדת ומחוברת, דווקא בימים אלו, שבהם מדינת ישראל נלחמת על קיומה".
המשנה ליועצת המשפטית לממשלה, עורכת הדין אביטל סומפולינסקי, קבעה השבוע כי יש לערוך סיבוב שני בבחירות לתפקיד הרב הראשי האשכנזי, בין שני המועמדים שהובילו עם 40 קולות כל אחד. המשנה ליועמ"שית קבעה כי לא ניתן להכשיר פתק לטובת הרב מיכה הלוי שנמצא בקלפי של הבחירות לתפקיד הרב הראשי הספרדי, ולייחס אותו למעטפה הריקה שנמצאה בקלפי של הבחירות לרב הראשי האשכנזי, כפי שטענו בסביבתו של הרב.
הסיבוב הראשון של הבחירות התקיים ב-29 בספטמבר. המועמדים שלא העפילו לסיבוב השני הם הרב מאיר כהנא שקיבל 31 קולות, הרב משה חיים לאו שקיבל 21 קולות והרב אליעזר איגרא שזכה ל-6 קולות בלבד. מעטפה אחת, כאמור, הייתה ריקה.
במכתב ששלחה ליועצת המשפטית של המשרד לשירותי דת, עורכת הדין גליה קליין, כתבה סומפולינסקי בין השאר כי "הסברה שניתן להכשיר את הפתק של הרב האשכנזי שנמצא בקלפי של הרב הספרדי, נשענת למעשה כל כולה על ההנחה שמדובר בטעות בתום לב שבה אדם הכניס למעטפה של הרב הספרדי בטעות גם את הפתק שביקש להצביע עבור הרב האשכנזי. כלומר, שרצון הבוחר במקרה זה הובהרה, וזאת בהתבסס על כך שנמצאה מעטפה ריקה בקלפי של הרב האשכנזי".
בחוות דעתה היא כתבה כי "עם כל הכבוד, אין די בהנחה זו כדי לאפשר מהלך מרחיק לכת של העברת פתק מקלפי אחת לאחרת. זאת, משום שהנחה זו היא בבחינת ספקולציה ולצידה ניתן אף להעלות על הדעת מקרה שבו מדובר בטעות של שני בוחרים נפרדים שהובילה לתוצאה הזו, או ייתכן שמדובר במעשה מכוון (למשל של אדם שהתכוון מלכתחילה להביא לפסילת ההצבעה). יתרה מכך, הצבעה בדרך זו אף פוגמת בחשאיות הבחירות, ואף בכך יש כדי להצדיק הקפדה לשם השמירה על עיקרון זה".
לתפקיד הרב הראשי הספרדי נבחר הרב דוד יוסף, שזכה ב-72 קולות. הוא נבחר לתפקיד שבו כיהנו בעבר אביו, הרב עובדיה יוסף המנוח, ואחיו, הרב יצחק יוסף שנפרד מהתפקיד רק השנה. הרב שמואל אליהו קיבל 44 קולות והרב מיכאל עמוס 21.