שעות לאחר התקרית בכפר הפלסטיני הסמוך, נורה פלסטיני שנחשד בניסיון לבצע פיגוע דקירה במחסום קלנדיה: החשוד נורה היום (שני) מעט לפני השעה 15:00, לאחר שהתקדם לעבר הכוחות המוצבים במקום, שחשדו כי הוא מתכוון לבצע פיגוע דקירה. החשוד פונה בהכרה לבית החולים הדסה הר הצופים, שם הוא מאושפז במצב בינוני-קשה, וכעת הוא מורדם ומונשם. בבדיקה שנערכה על גופו לא נמצא ברשותו נשק. המחסום נסגר.
ממג"ב נמסר כי החשוד הלך בנתיב המיועד לכלי רכב ולא נשמע להוראותיהם של המאבטחים האזרחיים העובדים במקום לעצור. הוא המשיך להתקדם - ואז החלו המאבטחים בנוהל מעצר חשוד שכלל ירי לעבר רגליו. מלבדו איש לא נפגע.
בהמשך עדכן בית החולים כי החשוד, ככל הנראה בשנות ה-30 לחייו, מאושפז במצב בינוני-קשה והוא מורדם ומונשם.
בין היתר הושלכו בלוקים ומכונות כביסה מגגות. לפי משרד הבריאות הפלסטיני נפצעו ארבעה פלסטינים מירי אש חיה בעימותים, בהם שלושה שמצבם קשה. הם פונו לבית חולים ברמאללה. בתיעוד מהמקום נראים הפלסטינים כשהם נושאים את אחד הפצועים לרכב בעודו מדמם.
הכוח, מיחידת מסתערבים, נכנס בשעה 8:20 הבוקר למחנה הפליטים למעצר של שלושה עבריינים, חברי כנופיית גנבי רכב. הכוח פעל באופן גלוי ולא מסוערב. בסביבות השעה 9:00 הלוחמים נקלעו להפרת סדר קשה וכמה מהם נפצעו. הם החלו לירות אש חיה וביקשו חילוץ מצה"ל.
כמה מלוחמי מג"ב שנפצעו טופלו במקום, ואחרים פונו לבית החולים לקבלת טיפול רפואי. כמה מהלוחמים איבדו את ההכרה, אך המצב של כולם הוגדר קל. בהודעת מג"ב נאמר כי הלוחמים שחשו סכנה לחייהם פתחו באש והשתמשו באמצעים לפיזור הפגנות.