ההתפרעויות ברחבי הארץ, בעיקר בערים המעורבות אך לא רק, הובילו לנזקים כבדים לעשרות אוטובוסים שמשמשים את שירותי התחבורה הציבורית. מלבד זאת, גם נהגי אוטובוסים יהודים וערבים הותקפו בימים האחרונים באבנים ובמכות.
על-פי נתוני משרד התחבורה, מאז תחילת האירועים נפגעו יותר מ-160 אוטובוסים כתוצאה מפעולות ונדליזם והתפרעויות ברחבי הארץ. בחברת אגד, כך לדוגמה, דיווחו על הצתת שלושה אוטובוסים בחניון בשפרעם. בחברה ציינו כי אירועים רבים נרשמו באזור הפזורה הבדואית, באר שבע, ערד, דימונה ובכביש 40 בדרום.
בארגון כוח לעובדים, שמייצג את הנהגים בחלק מחברות התחבורה הציבורית ציינו כי גם נהגים ערבים הותקפו בימים האחרונים: בבית שמש נזרקו אבנים על נהג ונופץ חלון באוטובוס, בעוד בצומת חמד שבדרך לירושלים רדפו נערים אחרי נהג ממוצא ערבי.
גם בנתניה הופעלה אלימות כלפי נהג אוטובוס בידי נערים שחשבו שהוא ערבי. בטבריה נאלצו נהגים ערבים להסתגר ביום רביעי האחרון בתחנה המרכזית בעיר – והם חולצו על-ידי חבריהם היהודים. "יידו אבנים על אוטובוסים כדי לתקוף בכוונה נהגים ערבים. אחד מהם חבש כיפה", סיפר יצחק אלקובי, נהג חברת סופרבוס בטבריה. "חילצנו את הנהגים הערבים לצמתים מחוץ לעיר ברכבים של החברה".
לצד הנזק שנגרם לאוטובוסים, גם תשתיות תחבורה רבות בשווי עשרות מיליוני שקלים נפגעו. מדובר בין היתר ברמזורים שנעקרו, עמודי חשמל ותאורה, תחנות אוטובוס שהוצתו וגם פגיעות בתשתיות הרכבת באזור התחנה בעכו. באזור לוד, שם נרשמו עימותים חריפים בימים האחרונים, נפגעה תשתית החשמול בקו הרכבת בין לוד לתל אביב. בנוסף, נפגעו גם כמה גדרות של הרכבת הקלה בשדרות ירושלים ביפו ובבת ים, לצד ניסיון הצתת חומרי בנייה בשטח.
באיגוד ועדי התחבורה בכוח לעובדים מסרו כי "אנו קוראים לציבור הנוסעים לא לתת לאווירה המתוחה להשפיע על היחס לנהגים הערבים, שמהווים חלק ניכר מציבור הנהגים. הארגון קורא לכל הנהגים שחשים סכנה לסיים את יום העבודה וללכת הביתה. ביטחונכם קודם לכל".
הירי מעזה: נזקים ושינויים בפעילות
לירי הרקטות מעזה בימים האחרונים היה גם כן חלק בפגיעה בתשתיות התחבורה הציבורית בישראל. בחולון נפגע ביום שלישי שעבר אוטובוס מרקטה והוא נשרף כליל, בעוד הלילה ניזוקה מסילת הרכבת הקלה בבת ים מפגיעת רסיס של מיירט. כתוצאה מכך, נתלש גם רמזור שהותקן במקום.
אמש הודיע משרד התחבורה על שינויים בהפעלת התחבורה הציבורית בעקבות הנזק לתשתיות והמצב הביטחוני. במקרים של הפרות סדר מופסקים לפרקים שירותי האוטובוסים העירוניים והבינעירוניים במוקדי ההתפרעויות, או שהם מוסטים למסלולים חלופיים בשל חסימות הכבישים.
בנוסף, נרשמו שינויים בפעילות התחבורה הציבורית בדרום הארץ בשל חסימת כבישים רבים בעוטף עזה, כתוצאה מירי טילים. מדובר בין היתר בכביש 4 מצומת זיקים דרומה, כביש 34 מצומת יד מרדכי עד צומת שדרות לשני הכיוונים וכביש 232 מצומת מפלסים עד צומת כרם שלום, לשני הכיוונים.
עקב השחתת תחנת הרכבת הקלה בשועפט בירושלים, הרכבת הקלה פעלה באופן מצומצם וחלו שינויים גם בהפעלת המטרונית בחיפה. לצד זאת, לאור הנחיות פיקוד העורף שבהן נקבעו הגבלות שונות על התקהלויות עד צאת חג שבועות, הנחה משרד התחבורה את מפעילי התחבורה הציבורית לצמצם בכ-30% את השירותים ביישובי עוטף עזה, מערב הנגב, לכיש, מרכז הנגב, דרום השפלה, השפלה, דן, ירקון והשרון.