ישראל הביעה את מורת רוחה בפני בחריין וסודן בעקבות תמיכתן בהחלטת מועצת האו"ם לזכויות אדם להקים ועדת חקירה בינלאומית בעקבות מבצע שומר החומות והאירועים האלימים שליוו אותו ברחבי הארץ. ישראל הבהירה למדינות, שנירמלו לפני פחות משנה את יחסיהן עם ישראל, שהיה מצופה מהן להצביע אחרת - ושישראל אינה מרוצה מאופן הצבעתן, שלא תורם לקידום השלום באזור.
במקביל, משרד החוץ הישראלי זימן את שגרירי מקסיקו והפיליפינים לשיחות בירור עקב תמיכתן בהקמת ועדת החקירה. סמנכ"ל אמריקה הלטינית במשרד החוץ, מודי אפרים, הבהיר לשגריר מקסיקו בישראל פאבלו מאסדו כי ישראל מצפה ממדינה ידידותית לעמוד לצידה גם בשעות קשות. אפרים אמר כי הוא מצפה שהיחסים הבילטרליים הטובים בין המדינות ישתקפו גם בזירה הבינלאומית, ושמקסיקו תעמוד לצד ישראל כפי שישראל נהגה כלפיה בעבר.
אפרים הוסיף כי ישראל מצפה שמקסיקו תגלה הבנה לאתגרים הביטחוניים שאיתם היא מתמודדת, ותכיר בזכותה וחובתה להגן על אזרחיה. לדבריו, לא יעלה על הדעת שמקסיקו תתייצב לצד מדינות עוינות לישראל בהחלטה שאינה תורמת לשלום ומעניקה פרס לטרור החמאס.
סמנכ"ל אסיה והפסיפיק, גלעד כהן, הבהיר לשגריר הפיליפינים כי הצבעת מדינתו אינה מקובלת על ישראל ומהווה פרס לטרור. לדבריו, המועצה לזכויות אדם היא גוף מוטה ואנטי-ישראלי, וההחלטה שהתקבלה היא חד-צדדית באופן קיצוני, אינה מזכירה כלל את חמאס ומתעלמת מ-4,300 טילים שנורו על אזרחי ישראל.
כהן אמר: "בלתי מתקבל על הדעת שמדינה כמו הפיליפינים, שסובלת מטרור איסלאמי קיצוני ורצחני בדרום מדינתם, תתמוך בהצעת החלטה המתעלמת מפשעי המלחמה של ארגון הטרור חמאס. ישראל מצפה ממדינות ידידותיות כמו הפיליפינים שלא לתמוך בהצעות המחזקות את הטרור ולעמוד לצידנו בשעה זו".
בהחלטת מועצת האו"ם לזכויות אדם תמכו 24 מדינות. הן קראו להקמת ועדת חקירה קבועה למעקב ולדיווח על הפרת זכויות אדם בישראל, בעזה ובגדה המערבית. אם הדבר יקרה, זו הפעם הראשונה שניתן מנדט "מתמשך" לוועדת חקירה. תשע מדינות התנגדו להחלטה, 14 נמנעו.
החקירה אמורה לאסוף ראיות ועדויות על הפרות של זכויות אדם והחוק הבינלאומי שאירעו לכאורה באזור החל מ-13 באפריל השנה - אז פרצו המתיחויות במסגד אל-אקצא ובשכונת שייח ג'ראח במזרח ירושלים ולאחריהן מבצע "שומר החומות" וההתפרעויות בתוך ישראל. בעבר ישראל לא שיתפה פעולה עם ועדות מסוג זה.
ועדת החקירה תתבקש לחקור גם את שורשי הסיבות למתיחות החוזרת, חוסר יציבות והארכת סכסוכים, כולל אפליה שיטתית ודיכוי על בסיס זהות לאומית, אתנית, גזעית או דתית. במסגרת מנדט הוועדה לזהות את מי שאחראים לביצוע ההפרות.
לאחר שהתברר למחברי ההצעה כי היא צפויה לעבור, הם הוסיפו סעיף נוסף, יממה לפני ההצבעה: ההודעה שאושרה קוראת להימנע מ"העברת נשק" - לא מצוין למי - כשמזוהה "סכנה ברורה" שייתכן שייעשה שימוש בכלי הנשק להפרת זכויות אדם או להפרת החוק הבינלאומי. הדבר נראה כמכוון למדינות שמוכרות נשק לישראל.
ישראל קראה לבעלות בריתה לא להשתתף בכינוס בז'נבה, וארצות הברית - שלא חברה בגוף שבו 47 מדינות - לא לקחה בו חלק, גם לא כמדינה משקיפה. אחרי ההצבעה, הנציגות האמריקנית למועצה אמרה כי ארצות הברית "מצרה מאוד" על המהלך. "חברות במועצה בחרו לעסוק בהסחת דעת שלא תורמת דבר למאמצים הדיפלומטיים וההומניטריים באזור", אמרו האמריקנים.
מנגד, נציבת האו"ם לזכויות אדם מישל בצ'לט אמרה בנאומה כי ייתכן שישראל ביצעה פשעי מלחמה בעימות האחרון עם חמאס בעזה. עוד אמרה בצ'לט כי ירי הרקטות חסר ההבחנה של חמאס במהלך העימות מהווה הפרה ברורה של חוקי המלחמה. לדברי בצ'לט, "מתקפות אוויריות באזורים מאוכלסים בצפיפות הביאו לרמה גבוהה של הרוגים ונפגעים אזרחיים, כמו גם הרס נרחב של תשתית אזרחית. התקפות כאלה מעלות חשש חמור מהעמידה של ישראל בהבחנה ובמידתיות שנדרשות על פי המשפט ההומניטרי הבינלאומי".