התפרצות הקורונה בפיליפינים היא אחת הקשות באסיה: יותר מ-1.3 מיליון נדבקו בנגיף ויותר מ-23,000 מתו ממנו. אחרי דיווחים על שיעור מתחסנים נמוך בכמה מתחמים בבירה מנילה הזהיר דוטרטה את האזרחים: "אתם תבחרו – או שתתחסנו, או שאני אכלא אתכם. אל תבינו אותי לא נכון. יש משבר במדינה הזאת. אני פשוט כועס על הפיליפינים שלא מקשיבים לממשלה". הדברים סותרים את דבריהם של גורמים במערכת הבריאות שקראו לציבור להתחסן – אך אמרו שלא מדובר בחובה.
110 מיליון תושבים חיים בפיליפינים, והיעד שהציבה המדינה הוא לחסן 70 מיליון עד סוף 2021. כרגע היא רחוקה מהיעד הזה: נכון ל-20 ביוני מספר המחוסנים עומד על 2.1 מיליון בלבד.
דוטרטה ספג ביקורת רבה על המדיניות הנוקשה שלו במאבק בקורונה. בהצהרה ששודרה בטלוויזיה, שבה איים לכלוא את מי שלא יתחסן, הגן הנשיא על החלטתו שלא לפתוח את בתי הספר לעת עתה.
בנוסף תקף דוטרטה את בית הדין הפלילי הבינלאומי בהאג – אחרי שהתובעת בבית הדין ביקשה היתר לבצע חקירה מקיפה על המבצע של דוטרטה נגד סוחרי הסמים בארצו, שבמהלכו נהרגו אלפים. ארגוני זכויות אדם מאשימים את דוטרטה בפשעי מלחמה במהלך הפעילות נגד סוחרי הסמים.
דוטרטה, שביטל את חברותה של הפיליפינים בבית הדין הבינלאומי בעקבות בדיקת החשד לפשעי מלחמה, הדגיש פעם נוספת שלא ישתף פעולה עם החקירה וכינה את בית הדין "בולשיט". "אתם בטח משוגעים. למה שאני אגן על עצמי, או אעמוד לדין, מול אנשים לבנים?", אמר הנשיא הפיליפיני.