מאז האסון בהילולת ל"ג בעומר בהר מירון נשמעו קולות שלפיהם האחריות לאסון היא של בג"ץ. היו מי שטענו כי בג"ץ ביטל את החלטת המדינה להלאים את האזור, ובכך מנע את הסדרת תנאי הבטיחות בו. בין היתר שר הפנים אריה דרעי אמר היום בדיון בכנסת כי "היו בעיות משפטיות" שמנעו את הסדרת האתר. ואכן, בג"ץ הקפיא בשנה שעברה את הפקעת הקרקע בידי המדינה - אך זאת לבקשתן של המדינה עצמה ושל העותרים, שהגיעו להסכמות בהליך גישור.
שר האוצר יאיר לפיד חתם בדצמבר 2013 על צו המפקיע את ניהול אתר קבר רבי שמעון בר יוחאי במירון מידיים פרטיות ומעביר אותו לניהול המדינה. זאת במטרה לאפשר הסדרה ראויה של הפעילות באתר הקדוש. זאת בעקבות דו"חות מבקר המדינה מ-2008 ו-2011 שמתחו ביקורת על ההתנהלות באתר.
החלטת המדינה להפקיע את השטח ספגה התנגדות מצד הציבור החרדי וגררה כמה עתירות לבג"ץ בדרישה לבטל אותה. בין היתר דן בג"ץ בעתירה של עמותת "הקדוש רבי שמעון בר יוחאי זיע"א שליד הקדשות הספרדים בצפת ומירון" שמנהלת ישיבה בהר מירון.
המדינה התמהמה בתשובתה לעתירה המדוברת, ושופטי בג"ץ הביעו מורת רוח מהתנהלות גורמי הממשלה שנדרשו להשיב עליה. לבסוף הסכימו הצדדים להידברות וניגשו להליך גישור.
ב-27 בינואר 2020 התקיים בבג"ץ דיון שבסיומו הסכימו המדינה, העמותה ועותרים נוספים לקבל את הצעת המגשר ל"הסדר זמני" לשלוש שנים שבמסגרתו בוטלה ההפקעה. המדינה הבהירה כי היא שומרת לעצמה את הזכות לחדש את ההפקעה במהלך ההסדר הזמני. בג"ץ קיבל את ההבנות ולמעשה מחק את העתירות. להסדר ניתן תוקף של פסק דין.
הצדדים הגיעו להסכמות, ולכן בג"ץ נתן לבקשת המדינה והעמותות שעתרו נגד ההפקעה את האפשרות להגיע להסדר. לפיכך, קשה לבוא בביקורת כלפי שופטי בג"ץ, שכן אם היה כופה על הצדדים את ההפקעה בניגוד לדעתם, הדבר היה גורר ביקורת רבה.