ב-7 בפברואר 2016 הביטו בכירים במשרד הביטחון בתדהמה במסמך שהתקבל ב"פקס האדום" המוצפן - תוכנית הצטיידות ענקית במיליארדי שקלים לחיל הים, שהכתיב המל"ל. בין השאר כללה התוכנית רכישה של שלוש צוללות "דולפין" נוספות בניגוד מוחלט לעמדת מערכת הביטחון, ושתי ספינות חדשות ללחימה בצוללות שבצה"ל בכלל לא רצו. והנה, פתאום הגיח המסמך הזה מהאמצעי הכי סודי, מוכן לאישור.
אחד מראשי מערכת הביטחון באותה תקופה סיפר על כך בתצהיר שהגיש לבית המשפט העליון. "כאשר קיבלתי לידי את המסמך באמצעות 'הפקס האדום', עיינתי בו וחשכו עיניי. תוכנו היה דומה לתוכנית הצטיידות נרחבת ורב-שנתית לחיל הים, מחברת טיסנקרופ, בעלויות של מיליארדים, כאשר הכוונה של השולח הייתה שאני אשיב למל"ל האם אני מאשר את התוכנית", כתב בתצהיר.
"יצרתי מיד קשר עם מנכ"ל משרד הביטחון, מר דן הראל, ועדכנתי אותו. מר הראל ביקש שאגיע בדחיפות למשרדו, וכאשר נחשף למסמך התרשמתי שהוא מאוד נסער. שנינו סרנו ללשכת שר הביטחון, מר משה יעלון, שהופתע וזועזע מאוד הן מתוכן המסמך והן מכך שנשלח אליי. נאלצתי להסביר לשניהם, חד-משמעית, כי לא התקיים כל קשר קודם ביני לבין המועצה לביטחון לאומי. במסמך זה דובר, בין היתר, על רכישת שלוש צוללות נוספות".
הרמטכ"ל באותה תקופה, גדי איזנקוט, שלח מייד מכתב בחתימתו לכל הנוגעים בדבר, שבו כתב כי הצבא מתנגד לעסקה וכי אין הוא זקוק כלל לרוב הפריטים המנויים במסמך. "שוחחתי עם הרמטכ"ל איזנקוט, וגם הוא לא הבין איך הגיעו סוגיות רכש אלו למסמך", כתב בכיר מערכת הביטחון בתצהיר.
מאז חשיפת פרשת הצוללות הקפידו בסביבת ראש הממשלה להדגיש שוב ושוב שכל הרכישות מטיסנקרופ היו בהתאם לדרישת צה"ל. אלא שבמסגרת עתירה של התנועה לאיכות השלטון שדרשה להקים ועדת חקירה בפרשת הצוללות, כתבו עשרות בכירים במערכת הביטחון תצהירים על מה שהם ראו ושמעו שם.
מהעדויות החסויות של גורמים מקצועיים אלו, שנחשפו לראשונה ביולי האחרון בכתבת תחקיר רחבת היקף במוסף "7 ימים" של "ידיעות אחרונות", עולה כי המעורבות של ראש הממשלה ואנשיו הרבה יותר עמוקה ממה שהיה ידוע עד כה - ולמרות שמערכת הביטחון התנגדה, הם דחפו לקנות מהתאגיד הגרמני עוד צוללות וספינות במיליארדים.
עו"ד אליעד שרגא, יו"ר התנועה לאיכות השלטון, עתר לבית המשפט בדרישה לפתוח מחדש את החקירה בפרשה. חמש עתירות דומות כבר הוגשו בעבר, אך כולן נדחו. אלא שהפעם העתירה כוללת חומר נפץ משפטי - עשרות תצהירים מפורטים של בכירים בצמרת מערכת הביטחון והממשל, בעבר ובהווה. לכל אחד מהאישים הללו הייתה נגיעה כלשהי לעסקות הענק עם טיסנקרופ, וכולם הסכימו לספר בתצהיר משפטי בחתימת ידם - עניין השקול לעדות תחת שבועה בבית המשפט - על מה שהם ראו ושמעו.
התמונה העולה מהתצהירים קשה, וגם היועץ המשפטי לממשלה, אביחי מנדלבליט, אשר הודיע לאחרונה לבית המשפט העליון כי החליט לא לחקור את הפרשה מסיבות שונות, הודה בהחלטתו כי יש "שאלות כבדות משקל שעולות מהעדויות ומהתצהירים, ואשר נותרו לעת הזו ללא מענה".
מדובר בתצהירים המתארים אירועים בלתי סבירים ומשוללי היגיון, תוך פריצת תהליכי קבלת החלטות, בנושאים הביטחוניים הרגישים ביותר בישראל, שנוגעים לסכומי עתק מהכסף הציבורי. היא כוללת גם הרבה מאוד פרטים חדשים אודות גודל ועוצמת המעורבות של סביבת ראש הממשלה, ולעיתים שלו עצמו, בעסקאות הענק הללו.
חלק גדול מהתצהירים עוסק גם במתן האישור למכור צוללות למצרים. "שירתי בצה"ל במשך 30 שנה", כתב בתצהיר אחד מבכירי מערכת הביטחון. "העובדה שניתן אישור לגרמנים למכור צוללות תקיפה למצרים בלי שמפקד חיל הים, הרמטכ"ל, שר הביטחון וגורמי המודיעין לרבות המוסד היו מודעים לכך, חייבת להיבדק ולהיחקר על ידי הרשויות המוסמכות".
אותו בכיר הפנה אצבע מאשימה לראש הממשלה בנימין נתניהו. "עבדתי תחת שלושה ראשי ממשלה. השתתפתי בעשרות, אולי מאות, דיוני ממשלה, קבינט, ‘מטבחון’, פגישות אחד על אחד עם ראש הממשלה, וכן בפגישות מסווגות ביותר. אינני מכיר בזמן אמת או בדיעבד שום מקרה שבו מערכת הביטחון (שר ביטחון, רמטכ"ל, מפקד זרוע רלוונטית וראש אמ"ן) מודרה במתכוון מתהליך ביטחוני רגיש".
"הטיעונים כפי שנשמעו מפי ראש הממשלה בעניין אישור מכירת הצוללות למצרים אינם הגיוניים בעליל", טען.
כאמור, היועמ"ש הודיע לבית המשפט כי הוא מתנגד לדרישת העותרים וכי נושא רכישת הצוללות מטיסנקרופ נחקר כבר בידי המשטרה ואין עילה לפתוח בחקירה שוב. מטעמו של ראש הממשלה נתניהו נמסר בשעתו כי מדובר ב"כתבה ממוחזרת ומגמתית, שכולה העלאת גירה של מידע ישן שנסרק במסרקות ברזל על ידי כל גורמי אכיפת החוק ופרקליט המדינה לשעבר, שקבעו שאין בו דבר".
לטענת נתניהו, מגישי העתירה לבג"ץ עושים זאת מטעמים פוליטיים. "באופן לא מפתיע מגישי הבג''ץ, שמזוהים עם ארגוני השמאל הקיצוני, לקחו תצהירים דווקא מבוגי יעלון שטענותיו נבדקו והוגדרו כרכילות, ומיריבים פוליטיים אחרים של ראש הממשלה, שחלקם פועלים בגלוי להפלתו ולהחלפתו. הם לא גבו תצהירים מבכירים אחרים במערכת הביטחון, דוגמת ראשי המל''ל לשעבר פרופ' יעקב נגל ויעקב עמידרור, שליוו את הנושא באופן צמוד ויודעים את האמת, ושעמדתם המקצועית דוחה לחלוטין את התצהירים הפוליטיים של יעלון ושותפיו".