בשב"כ ובצה"ל הזהירו ממעבר בשער שכם בשל המצב המתוח, במשטרה רצו לקיים את האירוע המסורתי במתווה שנקבע מראש - אולם בסופו של דבר הוחלט לשנות את המסלול הנפיץ: המשטרה הודיעה אחר הצהריים (יום ב') כי בהתאם להחלטת הדרג המדיני ובהמלצת גורמי הביטחון, מצעד הדגלים המסורתי ליום ירושלים לא יכלול מעבר בשער שכם. ההחלטה על שינוי נתיב המצעד התקבלה על ידי ראש הממשלה בנימין נתניהו בעקבות המלצת השב"כ וצה"ל, ובניגוד לדעת השר לביטחון הפנים אמיר אוחנה ומפכ"ל המשטרה רב-ניצב קובי שבתאי. ישיבת הקבינט הביטחוני נקבעה ל-17:30.
המצעד יוצא לדרך ברקע המהומות הקשות הבוקר ובימים האחרונים במתחם הר הבית. אחרי שמשתתפי מצעד הדגלים התכנסו, תצא התהלוכה תחת אבטחה כבדה של אלפי שוטרים מרחוב קינג ג'ורג', בחלוקה לבנים ולבנות, מבלי לכלול את שער שכם הסמוך למזרח ירושלים. הצועדים יגיעו לכותל המערבי, שם תיערך עצרת הסיום.
עם זאת, עמותת "עם כלביא", שאחראית לארגון מצעד הדגלים, הודיעה כי היא מסירה את אחריותה לקיום האירוע. בהודעת העמותה נאמר: "במשך 30 שנה מתקיים הריקודגלים ודגלי ישראל מונפים בכל רחבי ירושלים המאוחדת. בזמן כל ממשלות ישראל. גם בזמנים קשים של האינתיפאדה הראשונה והשנייה לא הורד דגל ישראל מהעיר העתיקה. לכן: המצעד של ריקודגלים מבוטל. לא נרקוד רק בשטחי ירושלים המחולקת. האירוע בכותל המערבי יתקיים כרגיל.
מהמשטרה נמסר כי המפכ"ל יעקב שבתאי נמצא ברחבת הכותל עם מפקד המחוז ניצב דורון תורג'מן.
בשעות אחר הצהריים נרגעו הרוחות בשער שכם, רוב הצעירים הפלסטינים התפזרו והעימותים נפסקו. ערוץ התקשורת של הג'יהאד האיסלאמי עקץ: "ניצחון גדול של אנשי ירושלים. בפעם הראשונה בהיסטוריה ישראל החליטה שלא לאפשר למתנחלים לעבור בתהלוכה דרך שער שכם בשל המצב הביטחוני בירושלים".
במקביל, דובר הזרוע הצבאית של חמאס אבו עוביידה, הציב אולטימטום לישראל שלפיו עליה לפנות עד השעה 18:00 בערב את כל כוחות ביטחון ממסגד אל-אקצא ומשכונת שייח ג'ראח, וכן לשחרר את כל העצורים מהימים האחרונים.
ההתנגדות הנחרצת בשב"כ ובצה"ל
מוקדם יותר נחשף ב-ynet כי שירות הביטחון הכללי וצה"ל הביעו זמן קצר לפני תחילת האירוע את התנגדותם לקיום מצעד הדגלים המסורתי ליום ירושלים במתווה המתוכנן, כפי שאישרה המשטרה.
אחרי שאתמול כבר הביעו התנגדות, גורמי ביטחון רמי דרג הבהירו היום והדגישו כי מעבר של המצעד בשער שכם של העיר העתיקה עלול לגרום להתקלחות נוספת ומיותרת בנוסף לכל המהומות סביב הר הבית ושייח ג'ראח. הגורמים הבהירו כי אינם מתנגדים לעצם קיום המצעד, אולם המעבר בשער שכם, מיותר ומסוכן בעת הזאת.
לקראת המצעד, אמרו המארגנים כי לא קיבלו הנחיות מיוחדות ומבחינתם הכול מתנהל כמתוכנן. "השנה הכול כרגיל, מלבד עניין אחד והוא כמות האנשים בכותל, זה כלקח ממירון. כרגע הדיונים על הכמויות נעים בין 8,000 ל-15 אלף איש שיוכלו להיות בכותל. מלבד זה אין שום דבר מיוחד, ההכנות בעיצומן", אמר בועז יעקובי, אחד המארגנים.
יעקובי התייחס למתיחות בירושלים. "מהות האירוע היא איחוד ירושלים תחת מדינת ישראל ודגל ישראל, זו עמדה מאוד ברורה. אנחנו לא צועדים כדי להתנגח במישהו, אלא כדי לבטא את הריבונות שלנו בירושלים בחלק המשוחרר ובמרכז העיר".
לדבריו, "אם אומרים שאי אפשר לצעוד עם דגל ישראל במזרח ירושלים אז היא מחולקת דה-פקטו. יום ירושלים נקבע על פי חוק, אי אפשר להזיז אותו על לוח השנה. בחמש השנים האחרונות אנחנו נופלים על הרמדאן. עברנו את זה והכול היה בסדר".
בשעות הבוקר פרצה המשטרה להר הבית לאחר יידוי אבנים ממסגד אל-אקצא. כמה שעות לאחר מכן התחדשו המהומות, ובשידור החי מהמקום נראו העימותים, יידוי האבנים הבלתי-פוסק - ורימוני ההלם שירתה המשטרה.
21 שוטרים נפצעו ושלושה מהם פונו לבית החולים. לפי הסהר האדום, שבעה מתפרעים נפצעו באורח קשה. ראש הממשלה בנימין נתניהו הנחה לכנס הערב את הקבינט המדיני-ביטחוני על רקע האירועים בירושלים ובדרום.
משרד החוץ הצרפתי מסר: "צרפת מביעה שוב את דאגתה העמוקה מהעימותים האלימים המתרחשים זה כמה ימים בירושלים, וכבר הותירו כמה מאות פצועים וכעת הם מהווים סיכון להסלמה רחבת היקף. צרפת מגנה בתוקף את מתקפות הרקטות מרצועת עזה שנורו אמש לשטח ישראל בניגוד לחוק הבינלאומי. צרפת קוראת לכל הצדדים לגלות איפוק מוחלט ולהימנע מכל פרובוקציה כדי לאפשר חזרה לרגיעה בהקדם האפשרי. כל הפעולות המובילות להסלמה בשטח חייבות להיפסק".