הרכבת ממשיכה לפעול, אבל במתכונת מצומצמת: בניגוד לסגר בסוף מרץ, בסגר ההדוק יותר שאמור להתחיל ב-14:00 - גם אם הכנסת לא תספיק לאשר את התקנות - רכבת ישראל לא תשבות מפעילות, אבל הפעילות בקווים הפרבריים תצומצם במהלך השבוע ובסופי השבוע הרכבת לא תפעל כלל. גם פעילות האוטובוסים העירוניים והבינעירוניים תצומצם.
בהודעת משרד התחבורה נאמר כי במסגרת הדיונים הוחלט לצמצם את פעילות התחבורה הציבורית למינימום הנדרש, בדומה למתכונת שפעלה בתחילת הסגר הראשון, בסוף חודש מרץ השנה.
האוטובוסים העירוניים ימשיכו לפעול בתדירות נמוכה וברשת קווים בסיסית בלבד - תפעול בשיעור של 25 אחוזים. במהלך ימות השבוע יופעל השירות עד לשעה 20:00 בערב ויתחדש בכל בוקר עם תחילת השירות. מפת השירות תתבסס על זו שהופעלה בסגר אפריל, בתוספת קווי הזנה לרכבת שבשונה מהסגר הקודם תפעל כאמור בסגר שיתחיל היום.
פעילות האוטובוסים הבינעירוניים תופסק בסופי השבוע. בשירות הקווים העירוני תופעל בימי שישי ובמוצאי השבת רשת קווים מצומצמת. במוצאי השבת יפעל השירות העירוני עד לשעה 22:00.
שירות "באבל" בגוש דן ו"תיק-תק" בחיפה וירושלים, המאפשר נסיעה בהזמנה מראש באפליקציה, ימשיך לפעול לטובת עובדי המפעלים החיוניים בימים א' עד ה'. מספר הנוסעים בהם יוגבל בהתאם להנחיות. מוניות השירות ומוניות "ספיישל" ימשיכו אף הן לפעול, בהתאם להנחיות התו הסגול.
פעילות הרכבת הקלה בירושלים ורכבת ישראל תימשך, אך הפעילות בהן תצומצם במהלך השבוע. פעילות רכבת ישראל תיפסק בסופי השבוע. פעילות הרכבת תצומצם בקווים הפרבריים שלהם חלופות. הנסיעה ברכבת תתאפשר רק בהזמנת מקום, ומספר הנוסעים יוגבל ל-50%.
ברכבת שתפעל בהיקף מצומצם לא יופעל הקו הפרברי כרמיאל-חוף הכרמל, לא תופעל רכבת שנייה בשעות השיא בין בית שאן וחיפה, והקווים כפר סבא-הרצליה ולוד-ראשונים יופעלו ארבע פעמים ביום. הכרמלית בחיפה לא תופעל כלל.
ביום שישי ובערב יום הכיפורים תפעל התחבורה הציבורית העירונית בלבד, ללא תחבורה ציבורית בינעירונית. בצאת החג ובמוצאי שבת התחבורה הציבורית העירונית בלבד תשוב לפעול עד ל-22:00 בלילה. מידע מפורט על אודות פעילות קווי התחבורה הציבורית הזמינים ניתן לקבל במוקד הטלפוני של משרד התחבורה בטלפון 8787 ובאתר משרד התחבורה.
שרת התחבורה והבטיחות בדרכים מירי רגב פנתה לציבור הנוסעים בתחבורה הציבורית בבקשה "להקפיד לשמור על ההנחיות, הכוללות בין השאר עטיית מסיכה וריחוק חברתי, למען בריאות הנוסעים בתחבורה הציבורית".