משייטת 13 ועד לספינות הטילים, חיל הים תוקף ברצועה גם יעדים בקצה השני – ליד גדר הגבול במזרח עזה. מבצע "שומר החומות" מביא לראשונה לידי ביטוי בעוצמות חסרות תקדים את השילוב בין כלל כוחות צה"ל, ששודרג בתוכנית הרב-שנתית "תנופה" של הרמטכ"ל אביב כוכבי.
דוגמה לכך היא פעילות הכוחות הקרקעיים המיוחדים מול גבול הרצועה בימים האחרונים. עם זיהוי מטרה "חמה" או חוליה, ביקשו הכוחות טיל או פצצה כדי להשמידה. לרוב היה זה הכוח עצמו שבאמצעות חימוש מדויק וקרקעי תקף והשמיד את היעד, אבל במקרים אחרים, שבהם כלי טיס לא היו פנויים – היו אלה לוחמי חיל הים שקיבלו את הקריאה, מצדה השני של הרצועה.
בתוך דקות ספורות שיגרו הלוחמים לבקשת הכוחות טיל מונחה, שחצה את רוחב רצועת עזה – והשמיד את המטרה. הודות לפעילות הזו, בתיאום עם המודיעין של פיקוד דרום ואוגדת עזה, נהרגו עשרות רבות של מחבלים והושמדו אמצעי לחימה רבים של חמאס. אבל בכך לא מסתיים חלקה של זרוע הים במבצע, שכן היא לא היססה לשלב במערכה לראשונה בהיקפים גדולים שייטות שפועלות בדרך כלל במשימות חשאיות, אסטרטגיות ורחוקות.
כך למשל, פועלות זה כמה ימים ספינות הטילים של צה"ל מול עזה, עם שיגורי טילים מדויקים ופגזים מהתותחים, עם פיקוד ושליטה מהים של מבצעים רגישים נגד חמאס ועם טכנולוגיה לאיסוף מודיעין ששמורה בדרך כלל לשימוש נגד זירות גדולות בהרבה, כמו לבנון.
לצד ספינות הביטחון השוטף מסוג דבורה של פלגה 916 מאשדוד ופעילויות חשאיות גם של לוחמי הקומנדו משייטת 13, תקפו לוחמי זרוע הים יותר מ-100 מטרות ברצועה, בחוף ובעומקה, מתחת ומעל לפני האדמה.
מלבד זאת, אל פעילות הזרוע הימית הצטרף גם הסטי"ל שעל גביו הוצבה כיפת ברזל הימית, ותפקידו להגן על אסדת הגז שמול חופי אשקלון. בחמאס ניסו לירות לעבר האסדה בעבר וכך גם השבוע, אולם כיפת ברזל הימית לא הופעלה מאחר שהירי לא היה קרוב מספיק לאסדה. ליתר ביטחון, וכדי למנוע נזק חריג, כובתה האסדה השבוע באופן זמני.
"לוקחים את הקומנדו של חמאס שנים אחורה"
לאורך ימי המבצע, תקפו לוחמי חיל הים גם יעדים רבים של המערך הימי של חמאס. אחד היעדים היה מנהרה, שככל הנראה נועדה לאפשר חצייה שקטה של לוחמי הקומנדו הימי של חמאס אל הים – דרך רחבת בית מלון ברצועת החוף של עזה.
בשבוע האחרון, כך מסתבר, ניסה חמאס להחדיר מחבלים צוללים לישראל דרך הים, אך בחיל הים זיהו זאת וסיכלו את הניסיון עוד בשלב מוקדם, הודות לרשת סנסורים שנפרסה בשנים האחרונות בקרקעית החוף בין עזה לישראל ותפקידה לזהות ניסיונות חצייה של צוללים.
"אנו תוקפים עם התותחים על הספינות כל זיהוי הכי קטן של ניסיון התקרבות דרך החוף ולא נותנים להם הזדמנות לעלות להתקפה", הסביר ל-ynet ראש מחלקת מבצעים בחיל הים, אלוף-משנה א'. "יצרנו אצלם תחושת נרדפות. אנחנו מבינים שהים הוא מנהרה אחת גדולה ולכן אנו מאתרים את המחבלים בכל הממדים. סיכלנו השבוע לא מעט ניסיונות לחדור דרך הים".
לצד שימור הסגר הימי המלא על חופי הרצועה, משלבים בחיל הים לאורך המבצע גם פעולות לוחמה אלקטרונית לשיבוש וסיכול פעולות של חמאס. אל"מ א' סיפר כי עד כה לא נרשמו ניסיונות של חוליות מחבלים לירות טילי נ"ט לעבר הספינות. "אנחנו לוקחים את קומנדו חמאס שנים אחורה, אבל כל יום שעובר הוא רוצה יותר", הוא הסביר. "חיה פצועה היא חיה מסוכנת, ולכן אנו משלבים נגדו את כל היכולות שלנו".