שר הבינוי והשיכון יעקב ליצמן הודיע בצהריים (יום א') לראש הממשלה בנימין נתניהו על התפטרותו מהממשלה על רקע התנגדותו לסגר בחגי תשרי.
במכתב ששיגר לנתניהו כתב השר ליצמן: "מזה כחודש ימים, בעוד אנו מתמודדים עם נתוני התחלואה בישראל, אני שב ומתריע נוכח הכוונה שסומנה מראש בידי פרויקטור הקורונה פרופ' רוני גמזו, להטיל סגר מלא בחגי ראש השנה ויום הכיפורים הקרובים, מה שימנע ממאות אלפי יהודים, מכל האוכלוסיות והמגזרים, להתפלל בבתי הכנסת". את הדברים הוא כתב אף שהמתווה שעליו דובר דווקא החריג בתי כנסת על פני מסחר למשל.
"מדובר בהחלטה קשה שתדלל ותקטין משמעותית את כמות הבאים לבתי הכנסת בראש השנה ויום כיפור, בייחוד רבבות אלפי יהודים, ממגוון אוכלוסיות שונות, חלקם כאלה שזו בשבילם פעם יחידה בשנה שהם נוהגים להגיע לתפילה בבית כנסת. חזרתי על התרעתי זו והתנגדתי להטלת סגר מלא דווקא בחגים בתקיפות בכל פורום שהוא, בקבינט הקורונה, בדיוני הממשלה, בשיחות עמך ועם חברים נוספים בקבינט, וגם בכלי התקשורת. הדגשתי ואמרתי שאם אכן יש צורך בסגר מלא, אין להמתין עם עליית נתוני התחלואה בקצב הזה, וכי יש להחליט עליו אז, מלפני חודש, מלפני שבועיים ולא בחגים.
עוד כתב ליצמן כי "פרויקטור הקרונה פרופ' רוני גמזו הכחיש כל הזמן והסביר לי שזו לא הכוונה. לצערי, הוכח שצדקתי בדבריי וכי ההחלטה לסגר מלא בחגים סומנה מראש תוך סיכון מיותר וגרימת עליית התחלואה במשך הזמן. בנוסף התברר כי גם סיכום שהיה על בתי הכנסת הופר וכי ההחלטה להטלת סגר מלא לא תאפשר הפעלת בתי הכנסת בחגים לפי מתווה נומה, זאת בניגוד למסוכם בפירוש בינינו. לפיכך לא אוכל להמשיך בתפקידי כשר, וכי החלטתי להתפטר מהממשלה ואחזור לכהן כחבר הכנסת לפי החוק הנורבגי".
ראש הממשלה אמר בתגובה כי "הצטערתי מאוד על החלטתו של השר ליצמן לפרוש מהממשלה. אני מאוד מעריך את יעקב ליצמן ואני גם מכבד את ההחלטה שלו. אנחנו חייבים להתקדם, לקבל את ההחלטות הנדרשות למדינת ישראל בתקופת הקורונה וכך נעשה בישיבה הזאת".
שר הבריאות אדלשטיין מסר בתגובה "צר לי על התפטרותו של ידידי שר הבינוי והשיכון יעקב ליצמן. על כולנו לזכור שאין כאן איש נגד היהדות. כולנו בעד מאבק בנגיף. כל פעולות משרד הבריאות וממונה הקורונה פרופ' רוני גמזו נועדו לתכלית הזאת בלבד".
זו לא הפעם הראשונה שליצמן מתפטר מהממשלה. לפני קצת פחות משלוש שנים החליט ליצמן לוותר על תפקיד שר הבריאות בעקבות עבודות הרכבת בשבת בלחץ האדמו"ר מגור. "בכל הדורות ידענו שהשבת שומרת עלינו", אמר אז ליצמן. "לצערי רכבת ישראל עשתה לאחרונה את יום השבת יום השיפוץ הלאומי. כל השיפוצים שלהם ברכבות הם עושים בשבת, שלא לצורך".
ברקע התפטרותו של ליצמן עומד חוסר נוחות מתמשך של פטרונו הרוחני, האדמו"ר מגור, מעצם חברותו בממשלה - המטילה עליו אחריות לכל החלטותיה - דבר שהחרדים נמנעו ממנו באופן סמלי במשך עשרות שנים.
לאחר ההתפטרות אושר חוק עוקף בג"ץ שאפשר לו להמשיך ולכהן במשרד הבריאות כסגן שר במעמד שר, אך מאוחר יותר קיבל ליצמן אישור מחדש מרבו לחזור לתפקיד (תחילה במשרד הבריאות ולאחר מכן במשרד השיכון - ק"נ) בשל הגשת כתב האישום של נתניהו, שהחזיק בתיקים עד כה. כעת, למעשה, נקלע ליצמן לסיטואציה פוליטית ומשפטית שלא מאפשרת לו להמשיך ולשלוט במשרדו - לא כשר ולא כסגן.
בכירים במפלגתו של ליצמן יצאו נגד איומיו ואמרו כי הוא לא התייעץ עם אף אחד על המהלך. "כשהטילו סגר על הציבור החרדי הוא לא התפטר. בקושי צייץ", אמרו הבכירים. "למה דווקא עכשיו? מה קרה? לא מתפטרים בגלל סגר כללי לפני ההכרעה על חוק הגיוס והסדרת תקציבי הישיבות".
כמו כן, הפרקליטות צפויה להכריז בקרוב על החלטתה אם להגיש כתב אישום נגד ליצמן שנחשד בהצעת שוחד לאנשי מנהל המזון שביקשו לסגור בית עסק בתחום המזון שבעליו מקורב לשר, אחרי שנמצא קשר בין שלושה חולים שאושפזו למזון שנמכר במקום. בחקירת המשטרה עלה כי ליצמן שאל את המפקחים כיצד אפשר להימנע מסגירת העסק ואמר: "אני אוכל במקום הזה". כשניסו להסביר לו שהמקום מסוכן לבריאות, ליצמן התעניין כיצד אפשר "לבוא לקראתם" בתנאי העסקתם.
השר חשוד גם בעבירות מרמה, הפרת אמונים והדחת עד בחקירה בפרשת ההסגרה של מלכה לייפר. במשטרה סבורים כי בכמה הזדמנויות שונות, ויותר מפעם אחת, פנה ליצמן לפסיכיאטרים מחוזיים שהעידו מטעם התביעה בניגוד לחוק, והעביר להם את המסר לגבי חוות הדעת הרצויה בארבע עיניים אף שהם כפופים למרותו. בנוסף, הבטיח לכאורה קידום לפסיכיאטרים תמורת חוות הדעת.
לפני ישיבת הממשלה התפוצץ דיון בין מנכ"ל משרד הבריאות חזי לוי לבין מנכ"לית האוצר קרן טרנר בשל דרישת משרד הבריאות לסגר מלא והתנגדות האוצר לסגר בנימוק שייגרם נזק של 20 מיליארד שקל למשק. האוצר טוען שצריך לאפשר למשק לפעול כמו בגל הראשון ומשרד הבריאות דורש החמרה של הסגר ללא התחשבות בנזק הכלכלי.