בחודש ינואר קיבלה ראש מינהלת תחבורה חכמה במשרד ראש הממשלה מכתב ממזכיר הממשלה, שבו הוא בישר לה בלשון יבשה על סגירת הגוף שבראשו היא עומדת. "התוכנית שהוקמה למשך עשור לא תחודש, ופעילותה תעבור למועצה הלאומית לכלכלה. אנחנו מודים לך על עבודתך", כתב צחי ברוורמן לד"ר ענת בונשטיין.
וכך נדמה היה שהגיעה לסוף דרכה מינהלת תחבורה חכמה, גוף שהוקם במטרה לקדם טכנולוגיות מתקדמות בתחום התחבורה ותקציבו עמד על כ-100 מיליון שקל מדי שנה. אלא שהקמת הממשלה החדשה שינתה את גורלה של המינהלת. בהסכם הקואליציוני שעליו חתמה מפלגת העבודה נקבע כי היא תעבור לאחריות משרד התחבורה, תחת יו"ר המפלגה - השרה מרב מיכאלי.
גורמים במשרדי הממשלה מעלים תהיות בנוגע למהלך, נוכח הקשר של מיכאלי למי שעומדת כיום בראש מינהלת תחבורה חכמה. מאז עזיבתה של ד"ר בונשטיין, מי שממלאת את מקומה היא דניאלה גרא מרגליות, סגנית ראש המינהלת. דניאלה גרא מרגליות היא בת הזוג של מיכל גרא מרגליות - שעבדה כעוזרת פרלמנטרית של מיכאלי במשך ארבע שנים, וכיום היא יו"ר שדולת הנשים. מיכל גרא מרגליות היא גם פעילה במפלגת העבודה, ובאתר המפלגה מופיע שמה כמועמדת לתפקיד דיינת במוסד לבירור עתירות של המפלגה.
אין חולק על כישוריה המקצועיים של דניאלה גרא מרגליות, אך התהיות נוגעות להתעקשות של מיכאלי להציל את המינהלת מסגירה נוכח הקשר לבת הזוג שלה. "העיתוי מעורר תמיהה", אמר אחד הגורמים. "כי אם זה היה קורה אצל מירי רגב היו טוענים שמדובר ב'מינויים', כשסמוך לסגירת המינהלת היא עוברת למשרד התחבורה".
להעברת מינהלת תחבורה חכמה יש גם נימוקים ענייניים. גורמים במשרד התחבורה דרשו מאז הקמתה להכפיף אותה למשרדם והסבירו כי לא ניתן להפריד בין ניהול התחבורה בישראל לפיתוח התחבורה החכמה, וכי צריכה להיות אינטגרציה בין בעלי התפקידים. גורמים במשרד סיפרו שבמקרים רבים נוצרו כפל תפקידים, סתירות במדיניות, הבטחות שניתנו לרשויות מקומיות על ידי המינהלת כשהמשרד כלל לא יכול היה לעמוד בהם, ועוד התנגשויות שנבעו מפעילותה העצמאית של המינהלת.
בסביבת שרת התחבורה מיכאלי הסבירו כי המגמה בכל ההסכמים הקואליציוניים היא להחזיר יחידות שונות אל מקומן הטבעי. לדבריהם פעילות המינהלת רלוונטית לתחום עיסוקו של משרד התחבורה. עם זאת במינהלת תחבורה חכמה התנגדו לאורך השנים לעבור תחת חסות משרד התחבורה בטענה שמדובר בגוף שצריך ליצור חיבורים ושיתופי פעולה בין-משרדיים.
בלשכת שרת התחבורה מיכאלי בחרו שלא להתייחס לקשר עם דניאלה גרא מרגליות ומסרו תגובה כללית בלשון זו: "העברת מינהלת התחבורה החכמה אל משרד התחבורה היא צעד מתבקש שיוביל סוף-סוף לשילוב של מאמצי הפיתוח וההטמעה של ההיי-טק התחבורתי בישראל במשרד האמון על כך. העובדה שהמינהלת ישבה מחוץ למשרד התחבורה הייתה ליקוי מבני וההזנחה של התחום כשהייתה במשרד ראש הממשלה הקודם מוכיחה זאת".