פחות משלושה שבועות לאחר התפטרות חברי הוועדה, יש לוועדת הצוללות יו"ר חדש: מבקר המדינה לשעבר יוסף שפירא, שכיהן בעבר גם כשופט מחוזי בבית המשפט ירושלים, הביע את הסכמתו להצעתו של שר הביטחון והמשפטים בני גנץ לכהן כיו"ר ועדת הצוללות.
הסכמתו של שפירא הגיעה על רקע התפטרותו של שופט בית המשפט המחוזי בדימוס אמנון סטרשנוב, שטען שההגבלות שהטיל עליו היועץ המשפטי לממשלה אביחי מנדלבליט "לא יאפשרו להגעה לחקר האמת".
סטרשנוב היה זה שמונה תחילה ביחד עם האלוף במיל' אברהם בן שושן ועם ישראלה פרידמן לבדוק את הליכי רכש ספינות המגן סער 6 והצוללות. "נוכח ההליכים הפליליים המתנהלים במקביל בנושאי הבדיקה, בדעתו של היועץ המשפטי להטיל מגבלות של ממש על עבודת הוועדה, בהינתן שלהליך הפלילי יש עדיפות על פני עבודת הוועדה", כתב סטרשנוב לגנץ בחודש שעבר והודיע לו על החלטת חברי הוועדה להתפטר מתפקדים. "במצב דברים זה, חוששני כי הוועדה נותרה עם סמכויות מוגבלות ביותר, שלא יאפשרו לה למצות את הבדיקה".
ועדת הצוללות שהוקמה לפני כחודשיים אינה ועדת חקירה, אלא מוגדרת ועדת בדיקה ממשלתית. אין לה סמכויות כפייה של זימון עדים ואין לה גם סמכויות לחייבם להעיד, בניגוד לוועדת חקירה ממלכתית.
לפי ההודעה שפרסם גנץ כשהודיע על הקמת הוועדה, הוא קיים התייעצויות רבות עם בכירים לשעבר במערכת המשפטית והביטחונית. לאור התייעצויות אלו ו"המידע העדכני שאליו נחשף", הגיע גנץ למסקנה כי "ועדת בדיקה של משרד הביטחון תוכל לשפוך אור על חלק מהתהליכים שהביאו לרכש הצוללות וכלי השיט, לבחון את הנהלים ואופן ביצוע ההתקשרויות".