בששת ימי מבצע "שומר החומות" ביצע חיל הים כ-100 תקיפות נגד חמאס בעזה, בהם גם צוללות נפץ אוטונומיות. התקיפות בוצעו מספינות טילים ומכלי שיט נוספים ונעשה במסגרתן שימוש בחימוש שבצה"ל מגדירים "יוקרתי". בצהריים (יום א') הפיץ דובר צה"ל תיעוד של שיגורים מכלי שיט של חיל הים לעבר משגרי רקטות ומחסני ציוד של הקומנדו הימי של חמאס.
בחיל הים מעריכים כי במהלך המבצע הושמד רוב המערך הימי של חמאס, שהתעצם באופן דרמטי בשנים האחרונות בחסות הניסיונות להסדרה, וכדי לשקם יידרשו כשנתיים. בין התשתיות שנפגעו היו כל 17 המוצבים הימיים של הארגון, כולל תקיפה נרחבת שהביאה לקטיעת המזח של עזה ששימש גם את חמאס.
למרות ההצלחות, בזרוע הים מעריכים כי ייתכן שלחמאס יש ציוד ימי נוסף, גם אם לא רב, שבו הוא עלול לעשות שימוש בניסיון לחדור לישראל. ככל שצה"ל ממשיך להשמיד את מערכת ה"מטרו" התת-קרקעית בעזה, וכשהמנהרות ההתקפיות נתקלות בחומת המכשול שנחפר מתחת לגבול עם הרצועה, הזירה הימית הפכה לשסתום לחץ שדרכו רוצה הארגון להוציא לפועל פשיטה לתוך ישראל. בימים האחרונים צה"ל תקף והשמיד צוללות קטנות ואוטונומיות שהכילו חומר נפץ במשקל של 30 ק"ג שמסוגלות לנווט למטרה בעזרת GPS.
כבר בשלבים המוקדמים ללחימה ביצע חמאס ניסיונות חדירה מהים, אולם אלה סוכלו תוך תקיפות רציפות של חוף הים בעזה, גם באמצעות תותחים ימיים. בצה"ל סבורים שראש הקומנדו הימי של חמאס נעלם ומתקשה לפקד על כוחותיו, וששלושה בכירים במערך הימי חוסלו. פעילים בכירים נוספים נפצעו בניסיונות הסיכול, לרבות מחוליית החוד של הקומנדו הימי, המונה שמונה לוחמים.
במקביל תקף חיל הים "סקוטרים" (כלים ממונעים לצלילה ותנועה בים) וערכות צלילה מתקדמות המשמשים את אנשי יחידת העילית של חמאס, הנוחבא, שבמהלך מבצע צוק איתן הצליחו לחדור מהים לחוף זיקים.
בשבוע האחרון שיגר חמאס מטחים של עשרות רקטות לעבר אסדת הגז שמול אשקלון (שכובתה ליתר ביטחון), אך ללא הצלחה. כך או כך, בסמוך לה הוצבה ספינת טילים שעליה סוללת כיפת ברזל. חמאס גם שיגר כלי טיס בלתי מאויש ומחומש לעבר האסדה, אך זה יורט על ידי 16-F של חיל האוויר. כגיבוי נדרכה מערכת ברק 1 על הסטי"ל שליד האסדה, כשכבת הגנה נוספת.
מפקד זרוע הים, אלוף אלי שרביט, אמר היום: "הדבר המשמעותי ביותר הוא שלילת יכולות. לכן תקפנו מוצבים, כלי שיט, מחסני אמל"ח, תשתיות ופעילים. בשילוב עם כלל יחידות צה"ל פעלנו לייצר קושי משמעותי לצד השני לממש פשיטה ימית".