לפני שנתיים נכנס כוח צה"ל לפעילות מעצרים שגרתית בעיר שכם, ובמהלכה התפתחו חילופי אש בין הכוח לבין אנשי מנגנוני הביטחון הפלסטיניים, אחרי שאנשי המנגנונים זוהו בטעות כחמושים. תקרית זו הסתיימה עם פצוע אחד בקרב אנשי המנגנונים, אך עוררה זעם בצד הפלסטיני. בישראל נדרשו להשקיע לא מעט מאמצים כדי להרגיע את הרוחות בצד הפלסטיני ולהשיב את המצב לשגרה.
תקרית זו בשכם והתקרית הלילה בג'נין הן רק שתי דוגמאות ללא מעט חיכוכים שמתרחשים בשטח בין כוחות הביטחון הישראליים למנגנוני הביטחון הפלסטיניים. מערכת היחסים הרגישה בין שני הצדדים ידעה ברוב המקרים להתגבר על המתיחות שיוצרות תקריות מסוג זה.
בימי שגרה, התיאום הביטחוני כולל בין היתר חופש פעולה לכוחות צה"ל בעת מעצר מבוקשים בשטחים שבהם ישנה שליטה ביטחונית פלסטינית. מעצרי מבוקשים הכוללים כניסה של כוחות צה"ל לאזורים שבשליטה ביטחונית פלסטינית, שמתבצעים מדי לילה, נעשים אחרי שמיפקדת התיאום והקישור מקבלת התרעה מצה"ל על האזור שאליו נכנסים הכוחות ועל השעה. זמן קצר לפני כן מתפנים השוטרים הפלסטינים ושאר אנשי מנגנוני הביטחון שנמצאים באזור, כדי למנוע תקריות של ירי דו צדדים בינם לבין הכוחות - כמו זה שהיה הלילה בג'נין.
אז מדוע נוהל זה לא הופעל הפעם? משום שהוא בוצע על ידי יחידה מסוערבת. צה"ל ומשמר הגבול לא מספקים למנגנונים התראה כאשר נכנסות לאזורים אלו יחידות מסתערבים שמתניידות בצורה סמויה עם כלי רכב בעלי לוחית זיהוי פלסטינית ובלבוש אזרחי שמתמזג עם האוכלוסייה המקומית. חיכוכים נוצרים לעיתים בפעולות הללו אם הכוחות נעצרים לבדיקות שגרתיות ונחשפים, או אם מתפתחים חילופי אש עם מבוקשים והכוח מזוהה על ידי המנגנונים בטעות ככנופיה פלילית.
גורמי הביטחון בישראל האמונים על הקשר עם המנגנונים הפלסטינים משתדלים להשיב את היחסים למסלולם כמה שיותר מהר במקרים מעין אלו, בדרך כלל באמצעות קצינים בכירים במתפ"ש ובמינהל האזרחי, תוך הצגת תוצאות התחקיר שמבוצע באירועים מסוג זה לראשי המנגנונים. ניסיון העבר הוכיח שגם אם ישנן חריקות מקומיות אחר כך - התיאום הביטחוני חוזר לשגרה אחרי זמן לא רב.
אלא שלתזמון יש תמיד השפעה מכריעה, והתקרית הנוכחית מגיעה בזמן שבו המתיחות גבוהה והיציבות הביטחונית שברירית בשל השלכות העימותים בירושלים ומבצע שומר החומות. בחמאס כבר מיהרו להספיד את אנשי מנגנוני הביטחון הפלסטיניים שנהרגו ולשבח אותם על מה שהוגדר כגבורה שבה נהגו כשהשיבו אש אל כוחות הביטחון הישראליים ועמדו לצידם של המבוקשים. חמאס מנצל תקריות כאלו כדי לנסות ולהמריץ אנשי מנגנונים אחרים להפנות את נשקם כלפי כוחות ישראלים. הפעם במערכת הביטחון הישראלית נדרשים אפוא, גם לנסות ולדכא את האש שחמאס מנסה ללבות באמצעות מסריו לציבור הפלסטיני בגדה.
המשברים הכי משמעותיים בתיאום הביטחוני בין ישראל לרשות הפלסטינית התרחשו בשל אירועים בעלי השלכות גיאו-פוליטיות, כמו משבר המגנומטרים בהר הבית ותוכנית הסיפוח של הגדה המערבית (שלא יצאה אל הפועל). אמנם עד כה אירועים נקודתיים לא פגעו בצורה קשה בתיאום, אך הרגישות והמתח הגבוה בימים אלו, לא מאפשרים להסתמך רק על מה שלא קרה בעבר.