כלי התקשורת הפלסטיניים פרסמו את תיעוד הירי של לוחמי הימ"מ במחבלי הג'יהאד האיסלאמי בג'נין, שהובילו בהמשך לחילופי אש שבהם נהרגו גם שני שוטרים פלסטינים. בתיעוד נראה הירי במחבל ג'מיל אל-עאמורי, שניסה להימלט מהכוחות, וגם הירי בשותפו שנפצע. המסתערבים גם מתועדים כשהם מפנים את הגופות מהמקום.
מתחקיר ראשוני שערכה מערכת הביטחון עלה כי אחרי שני המחבלים התנהל מצוד מודיעיני במשך כמה שבועות. השניים היו יעד עבור הימ"מ מאחר שתכננו להוציא לפועל כמה פיגועי ירי בתקופה הקרובה, לאחר שכבר ביצעו כמה פיגועים כאלה בחודשים האחרונים. המחבלים התנהלו כמבוקשים בתקופה זו, וסמוך ל-1:30 כוח ימ"מ כיתר את סביבתם כאשר שניהם היו בתוך מכונית. אחד מהם יצא מהרכב וניסה לברוח, והשני ניסה להימלט עם הרכב. המחבל שברח רגלית נורה ונפגע, וגם חברו נורה ונפצע לאחר שהחל לנסוע עם מכוניתו.
בעוד שאל-עאמורי מת במקום, חברו - ויסאם אבו זיד, גם הוא פעיל הג'יהאד האיסלאמי - נפצע ונלקח על-ידי הכוח. ברכב שבו נסעו השניים התגלה ציוד צבאי רב ובו אפודי וסט, תחמושת רבה וכלי נשק.
שני המבוקשים הסתתרו ליד מבנה השייך למודיעין הצבאי הפלסטיני, אחד מגופי המנגנונים הפלסטינים. בשל העובדה שכוח הימ"מ היה מסוערב, צה"ל לא עדכן מראש את המנגנונים על הכניסה. לפיכך ליד המבנה היו כוחות אבטחה פלסטינים, כפי שקורה בשגרה סביב מבנה ביטחוני.
מהתחקיר עלה שכאשר הכוח נערך לעזיבת המקום נפתחה אש נרחבת לעבר הכוח, שזיהה את מקור הירי: שלושה חמושים, שוטרים פלסטינים, שלא ידעו כנראה שמדובר בכוח ששייך לצה"ל. הכוח ירה בתגובה והרג שניים מהשוטרים הפלסטינים - אדהם עליווי (בן 23) ותייסיר עיסא (33).
מושל ג׳נין, אכרם רג׳וב אמר מנגד כי הכוחות הישראלים ירו לעבר אחד מהקצינים הפלסטינים, מה שהוביל לירי תגובה של הקצינים והתפתחות חילופי אש בין הצדדים. שני ההרוגים הם קצינים בדרגות המקבילות לסגן משנה ולסרן.
בצה"ל גיבו ושיבחו את תפקוד הלוחמים בשתי ההיתקלויות מול אירוע מורכב במהלך מבצע חשאי, והעריכו כי מדובר בסיכול מובהק של פיגוע ירי שהיה עלול להתרחש בימים הקרובים.
באחד הסרטונים שהופצו בג'נין נראה הצלם צועק שמדובר בכוח מיוחד ישראלי, וצועק למי שמסביבו שייזהר - אך ככל הנראה השוטרים הפלסטינים בכל זאת המשיכו לירות. שני המבוקשים שאחד מהם חוסל והשני נפצע היו ברכב, שככל הנראה בעזרתו ניסו להימלט. הרכב נפגע, וצה"ל גרר אותו מהמקום בתום הפעילות.