בין הפורשים - ראש אגף צומת שאחראי על הפעלת סוכנים, ראש האגף הטכנולוגי, ראש אגף פח"ע המופקד על המלחמה בטרור, וראש מערכה שאחראי על טיפול בנושא אסטרטגי רגיש. שניים מראשי האגפים כבר עזבו את המוסד ועוד שניים נמצאים בתהליך עזיבה. גורמים שמעורים בפרטים ציינו כי חלק מהפורשים היו "בדרך למעלה", וכינו אותם "מהטובים שבארגון".
ברנע סבר שחלק מהאגפים בארגון לא רלוונטיים למציאות כיום, וכי יש צורך בשינוי אסטרטגי. אלא שהצעד שנקט לא התקבל בעין יפה בקרב בכירים בארגון, שהחליטו להודיע על פרישה או על כוונה לפרוש. שניים מראשי האגפים שפרשו היו מועמדים להתמנות לסגניו של ברנע - כך שעזיבתם התקבלה בארגון בתדהמה.
ההחלטה של ברנע עדיין שנויה במחלוקת בקרב עובדי המוסד. יש הסבורים שמדובר בצעדים בעייתיים מאוד מצדו של ראש המוסד - וכי הפרישה של אותם בכירים תפגע ביכולות הארגון, וכבר גרמה לפגיעה מורלית קשה. בארגון אף טענו כי ברנע ניסה להניא חלק מהפורשים מכוונתם לעזוב. מאידך, יש הסבורים שהצעד שנקט ברנע מתבקש, וכי הוא עושה סדר בארגון אחרי הרבה שנים ומוביל שינוי דרמטי שכלל סגירה של אגפים ומחלקות שכבר לא היה בהם צורך לצד חיזוק אגפים אחרים ואיגום משאבים. אותם גורמים טענו כי בכל מקרה לא תהיה פגיעה ביכולות הארגון ש"נמצא בשיא של פעילות מבצעית ומודיעינית".
פרשננו רון בן ישי מוסיף כי תהליך הדומה למה שביצע ברנע עשה גם ראש השב"כ הקודם, נדב ארגמן, לפני שפרש לאחרונה מתפקידו. תכלית הארגון מחדש הוא ייעול של הקצאת המשאבים, הגדלת ההתמקצעות וההתמחות בסוגי הפעילות השונים ובזירות השונות שהמוסד פעיל בהן. גם סוגי הפעילות וגם הזירות התרבו ומחייבים ניהול ופיקוח הדוקים יותר מבעבר, והמטרה היא לקצר את זמני התגובה ולהרחיב את הכיסוי המודיעיני לתחומים חדשים. מה שברור הוא שצמרת המוסד עוברת טלטלה תפקודית ורגשית, אולם הנסיון מלמד שטלטלה כזו שהיא תוצאה של תהליך ארגון מחדש עשויה לשפר את תפקודו של הארגון אחרי תקופת הסתגלות.
המוסד בחר שלא להגיב לידיעה.