צה"ל והמשטרה פרסמו אחר הצהריים (יום רביעי) תיעודים מחילופי האש שהתרחשו הבוקר בג'נין, שבהם חוסלו המבוקשים עבד חאזם ואחמד עלאוונה. במהלך הקרב, שתועד הן על-ידי מצלמות הקסדה של הלוחמים והן על ידי רוכב שמיים של חיל התותחנים, השתמשו המחבלים במטעני חבלה נגד הכוחות - וניסו להימלט. בתום חילופי אש כבדים יצאו כוחות הביטחון ללא פגע, ובסך הכול ארבעה מחבלים נהרגו. הרמטכ"ל קיים אחר הצהריים הערכת מצב מיוחדת בפיקוד המרכז בירושלים, בעקבות אירועים אלה והפרות הסדר שהחלו בשעות אחר הצהריים.
לפי המשטרה, "שני המבוקשים שחוסלו היו מעורבים במספר פיגועי ירי בתקופה האחרונה, בהם פיגוע הירי לעבר טרקטור של משרד הביטחון סמוך לכפר ג'למה ב-13 בספטמבר והייתה בכוונתם לבצע פיגועים נוספים. במהלך הפעילות וביציאת הכוחות מספר מחבלים במרחב פתחו באש חיה לעבר כוחות משמר הגבול וצה"ל שהגיבו בירי וזוהו מספר פגיעות במחבלים נוספים".
הסרטון שפרסמה המשטרה מתוך הקרב צולם על-ידי מצלמת הקסדה של רפ"ק א', מפקד הפלגה שהיה אחד המפקדים שהובילו את הפעילות בשטח. הוא סיפר כי המבוקשים הוגדרו פצצה מתקתקת, היו חמושים וניסו להימלט בחסות מטעני החבלה שהפעילו נגד הכוחות.
רפ"ק א' סיפר כי לאחר כיתור המבנה, "המבוקשים הפעילו מטענים רבי עוצמה לעבר הכוחות, וניסו להימלט מהמבנה כאשר הם חמושים. לוחמי היחידה זיהו את הניסיון לברוח, סיכלו את הבריחה והרגו את שני החמושים".
לדברי רב-סרן נתנאל בריח, מפל"ג בסיירת נח"ל, "פעלנו לטובת מעצר של כמה מחבלים שביצעו פיגועים לעבר מטרות ישראליות על הגדר, ואף תכננו לבצע פיגועים בהמשך. במהלך הפעילות נזרקו מטענים ונורתה אש לעבר הכוח. הלוחמים פעלו תוך חתירה למגע והשיבו באש, ונצפו פגיעות רבות".
אחר הצהריים החלו הפרות סדר באזור אפרים, שכם, רמאללה וחברון, כשבכל אחד מהמוקדים התאספו כמה עשרות צעירים. במעצרים קודמים הפרות הסדר היו ממוקדות יותר, וריבוי המוקדים עלול להצביע על תופעה שייתכן ותתפשט בתקופה הקרובה.
האירוע כאמור הסתיים ללא נפגעים בקרב כוחות הביטחון, ובצה"ל שבחו את תפקודם: "הם פעלו בחדות, בדיוק ובמקצועיות". בפעילות חוסלו עבד חאזם - אחיו של רעד חאזם, המחבל מהפיגוע בדיזנגוף באפריל האחרון - וכן איש מנגנוני הביטחון הפלסטיניים שהשתתף בעצמו בחילופי האש. לטענת גדודי חללי אל אקצא, שמאיימים בתגובת נקם, המבוקשים היו פעילים בגדודים, ובחילופי האש חוסלו גם מוחמד בראהמה ומוחמד אבו נאעסה.
הרמטכ"ל כינס הערכת מצב בפיקוד המרכז על רקע האירועים ביהודה ושומרון, ואמר: "גם הבוקר ביצענו מבצע מורכב במחנה הפליטים ג'נין, שבוצע בנחישות ובמקצועיות, וכי תכליתו הייתה סיכול איום קונקרטי".
חאזם ועלאוונה, כך לפי צה"ל, היו מעורבים במספר פיגועי ירי בעת האחרונה, בהם כאמור פיגוע הירי לעבר טרקטור של משרד הביטחון סמוך לכפר ג'למה מוקדם יותר החודש. בהודעת דובר צה"ל נטען כי המבוקשים "עסקו בהוצאת פיגועים משמעותיים נוספים בתקופה הקרובה".
על אחד מהם נתפס הבוקר נשק מסוג M-16. בנוסף, במהלך הלילה נעצרו על ידי כוחות צה"ל שלושה מבוקשים נוספים. בכיר הרשות הפלסטינית חוסיין א-שייח, יורשו המיועד של אבו מאזן, אמר כי "הכיבוש ביצע פשע גדול בעיר ג'נין, וממשלת ישראל נושאת באחריות לפשעים אלו ולהשלכותיהם. אנו קוראים לקהילה הבינלאומית לקחת על עצמה את האחריות להגן על העם הפלסטיני".
הפלסטינים דיווחו תחילה כי המצוד נוהל דווקא אחר אביו של המחבל, פתחי חאזם, פעיל מרכזי בפתח ובעבר קצין במנגנוני הביטחון הפלסטיניים. האב, שבעצמו מבוקש כבר מספר חודשים, הגיב על חיסול בנו השני היום ופנה לפלגים להתאחד. "מחנה הפליטים הוא באחריותכם, אחדות מחנה הפליטים היא באחריותכם ואחדות הפלגים החמושים גם כן. אוי לכם אם תאבדו את האחדות, אוי לכם אם לא תשמרו על אחדות הפלגים וההתנגדות העממית. תמשיכו להיות יד אחת ואיש אחד", אמר בסרטון שפרסם.
ב-7 באפריל השנה רצח ביריות המחבל הפלסטיני ממחנה הפליטים ג'נין את איתם מגיני, תומר מורד וברק לופן ברחוב דיזנגוף. בפיגוע נפצעו עוד 14 בני אדם, בהם שלושה שמצבם הוגדר קשה. חאזם עצמו חוסל למחרת ליד מסגד ביפו.