ועדת החקירה הממלכתית לפרשת הצוללות ציינה במכתב האזהרה ששלחה לראש הממשלה בנימין נתניהו כי "התנהלותו בנושאים הנחקרים על-ידי הוועדה הובילה לשיבוש עמוק ושיטתי בתהליכי עבודה ובניין הכוח, ולפגיעה במנגנוני קבלת החלטות בשורה של סוגיות רגישות". עוד צוין כי "בכך סיכן את ביטחון המדינה ופגע ביחסי החוץ ובאינטרסים כלכליים של מדינת ישראל".