בית המשפט המחוזי בתל אביב קיבל הערב (חמישי) את עמדת המדינה ודחה את רוב בקשות ההגנה בתיק כלי השייט והצוללות, ביחס לחומרי החקירה שהופקו באמצעות תוכנת "פגסוס" של חברת NSO ("סייפן", בכינויה המשטרתי). זאת לאחר שבנובמבר האחרון הפרקליטות הודתה כי המשטרה עשתה שימוש בתוכנת הריגול כלפי שלושה מהמעורבים בפרשה, ובמקרה אחד לפחות חרגה מהצו להאזנות סתר שניתן לה. ההגנה ביקשה לקבל לידיה את התוצרים שהופקו מהמערכת בטעות תוך חריגה מהצו.
במסגרת ההחלטה, השופטת טלי חיימוביץ' הפנתה להחלטות שכבר התקבלו בנושא זה בתיק 4000 ובפרשת טלגראס. חיימוביץ' אף ציטטה מההחלטה שניתנה בתיק הטלגראס, תוך כדי שהיא מציינת שציטוט זה משקף את התרשמותה מההתנהלות גם בפרשת הצוללות: "אנו מציינים כאמור, בזהירות המתבקשת, כי לא מצאנו כל אינדיקציה להתנהגות 'פסולה ושערורייתית', 'דפוס של התנהלות לא חוקית' או 'דפוס של מעקף', כנטען.
"אכן התברר שאירעו תקלות אגב שימוש במערכת, והדבר נבדק ותוחקר תוך הקפדה על מידור ועל כך שתוצרים שהושגו שלא כדין לא יגיעו לאיש, ואפילו המפיקים נחשפו אליהם רק ברמת הכותרות. לפי מה שנמסר לנו, המשטרה פירשה כל ספק משפטי לחומר והקפידה לפעול כדין".
במסגרת ההחלטה קיבל בית המשפט כאמור את עמדת המדינה, וקבע כי רוב המידע שההגנה ביקשה לקבל יישאר חסוי, לרבות תוצרי האזנות הסתר, בין היתר לאחר שהמדינה הבהירה כי שום תוצר מהאזנות הסתר לא הועבר לצוות החקירה.
עם זאת השופטת הורתה לקבל את בקשת ההגנה והורתה על "חשיפת כל הבקשות להאזנות סתר שהתבקשו בתיק זה, כולל פרוטוקולים החלטות שיפוטיות וצווים - ביחס לצווים שבוצעו בפועל". השופטת הוסיפה: "הנחיתי את המאשימה להעמיד לרשות ההגנה את כל הבקשות, הפרוטוקולים והצווים שניתנו בתיק זה, בהשחרות או הסרות מסויימות העלולות לחשוף שיטות ואמצעים, אותן אישרתי. היקף החיסיון שנותר תואם את ההחלטה בתיק נתניהו".
השופטת ציינה גם כי "תעודות החיסיון המקוריות חסו את עצם קיומם של בקשות וצווים להאזנת סתר לתקשורת בין מחשבים, כמו גם את תוצריהם, באופן שלא הייתה אינדיקציה גלויה ברשימת חומר החקירה ובחומר החקירה עצמו, לכך שנעשה שימוש בכלי זה בחקירת הפרשה".
בפרקליטות טענו כי המידע שחרג מהצו לא הועבר ליחידה החוקרת. מהמידע שעליו דיווחה הפרקליטות עלה כי המשטרה עקבה תוך שימוש ברוגלות אחר הנאשם המרכזי מיקי גנור, עליזה בר יוסף - אשתו של הנאשם אבריאל בר יוסף (שאינה חשודה בפרשה) ומפקד חיל הים לשעבר אלוף במיל' אליעזר מרום (צ'ייני), שהתיק נגדו נסגר.
בנוגע לגנור, שמואשם בין היתר בהצעות שוחד, מתן שוחד, הלבנת הון ועבירות מס, צוין כי הפרקליטות קיבלה ב-2017 כמה צווים להאזנות סתר משופט של בית משפט מחוזי, אך במסגרת מימושם ביצעה המערכת המשטרתית פעולות מסוימות שחורגות מהצווים - קבלת אנשי קשר, הודעות, פתקים וכמה פרטי מידע אגורים בטלפון הנייד שלו. במקרה של שני המעורבים האחרים, מעבר להאזנות הסתר נשאב גם מידע של אנשי קשר ופרטים נוספים, אך לגבי שניהם, לא נאמר על ידי הפרקליטות שהייתה חריגה מצו בית המשפט.
