בכיר במערכת אכיפת החוק אמר ל-ynet כי המשטרה לא עשתה שימוש בתוכנת פגסוס של NSO, שכן אין לה רישיון להשתמש בה. לדבריו, למשטרה יש תוכנה אחרת של NSO, שבה נעשה שימוש בכמה תיקי חקירה רגישים - שלטענתו הצדיקו את השימוש. לדבריו, "לא התבצע שום מעקב או האזנה לאזרחים תמימים".
במשטרה הכחישו היום תוקף שבוצע מעקב כלשהו אחר מפגינים ואזרחים. לטענת בכיר במשטרה, "בדקנו את האירועים שעלו בתחקיר כלכליסט, ורובם נמצאו לא נכונים כלל - כלומר לא בוצעו עם אישור, ובוודאי שלא בלי אישור". הבכיר גם טען שלמשטרה חסרים אמצעים טכנולוגיים: "אנחנו לא חיים ב-1948. החוק מיושן וקשה להתמודד עם הפשיעה ללא כלים מתאימים. הכלים שלנו מתמקדים במלחמה בפשיעה החמורה ולא באזרחים".
לפי תחקיר כלכליסט, שבו נכתב כי תוכנת הריגול הייתה פגסוס, המשטרה פרצה מרחוק לטלפונים של אזרחים ישראלים ללא צווי חיפוש או פיקוח, בהם ראשי ערים ופעילי מחאת בלפור. הממצאים בתחקיר עוררו זעם רב, וארגוני זכויות שיגרו בעקבותיו מכתב למשטרה וליועץ המשפטי לממשלה אביחי מנדלבליט, בדרישה להפסיק לאלתר את השימוש בתוכנת הריגול "פגסוס", בטענה שמדובר בפגיעה חמורה בזכויות הפרט.
מבקר המדינה מתניהו אנגלמן הודיע שפתח בבדיקת הפרשה - אחרי שבשבועות האחרונים המבקר כבר החל לבחון את נושא שימוש גורמי אכיפת החוק, ובפרט משטרת ישראל, באמצעים טכנולוגיים לצורכי אכיפה. לדברי אנגלמן, "ביקורת המדינה שמה דגש מיוחד על ההגנה על פרטיותם של אזרחי ישראל ותושביה. האמצעים הטכנולוגיים משמשים כראיות בהליך הפלילי ומעוררים שאלות של איזון בין התועלת שבהם אל מול פגיעה בזכות לפרטיות ובחירויות נוספות. האמצעים הללו גם מעלים סיכונים מפני זליגת מידע אישי ושימוש לרעה במאגרי מידע".
ראש הרשות להגנת הפרטיות שמשמש כרגולטור שאמון על הגנת המידע האישי בישראל, עו"ד גלעד סממה, פנה למפכ"ל המשטרה כדי לבחון את השלכות השימוש בתוכנה על פרטיות האזרחים - וביקש לקיים איתו פגישה דחופה. לדבריו, לכאורה נראה כי הייתה "פגיעה חמורה בפרטיות האזרחים שאחריהם בוצע מעקב".
גם היועץ המשפטי לממשלה אביחי מנדלבליט מצוי בקשר עם המשטרה במטרה לברר ממצאי התחקיר. במשרד המשפטים הבהירו שחדירה למחשב או טלפון סלולרי ללא צו בית משפט אינה חוקית ובמקרה שהייתה כזו היה צריך ליידע ואף לקבל אישור של היועץ המשפטי לממשלה. גם מחלקת הסייבר בפרקליטות, המפקחת על האזנות הסתר והחדירה למדיה דיגיטלית, לא אישרה שימוש כזה.