החברות המפעילות את התחבורה הציבורית בישראל, שמקבלות מהמדינה סבסוד של מיליארדי שקלים מדי שנה, דורשות מבג"ץ לקבוע שמבקר המדינה אינו מוסמך לבדוק אותן. בעתירה שהגישו "אגד", "דן", "מטרופולין", "נתיב אקספרס", "סופרבוס", "קווים", "חברת הנסיעות והתיירות נצרת" ו"שירותי האוטובוסים המאוחדים נצרת" נטען שהן בפועל חברות פרטיות שמפעילות אוטובוסים בהתאם לרישיונות שניתנים להם במכרזים על ידי המדינה.
בינתיים, בהחלטה שמשמעותה היא מעין "כרטיס צהוב" למבקר, הוציא לפני כמה ימים בג"ץ צו על תנאי שמשמעותו היא שעל משרד מבקר המדינה להסביר ולנמק למה הוא חושב שביקורת חברות התחבורה הציבורית נמצאת בסמכותו.
לפי החוק סמכותו של מבקר המדינה חלה על כל גוף שנתמך על ידי הממשלה, אך החברות טוענות שמיליארדי השקלים שמועברים אליהן מדי שנה לא מהווים תמיכה תקציבית, אלא תמורה לעלות הנסיעות שהמדינה מסבסדת בנוסף לעלות לסכום שמשלם הנוסע.
מתגובת המבקר לעתירה: "המחסור בהיצע התחבורה הציבורית הביא, בין השאר, להגדלת השימוש בכלי רכב פרטיים וחייב השקעה גדולה של המשק בתשתיות של כבישים"
עד תחילת שנות האלפיים כמעט כל התחבורה הציבורית התבססה על פעילותן של אגד ודן, אך מאז החלה הממשלה בהעברה של חלק מהפעילות שלהן לחברות תחבורה ציבורית פרטיות. ב-2004 עמד היקף הסובסידיה שהעבירה להן הממשלה על 1.5 מיליארד שקל, ומאז הוא צמח בהדרגה עד ל-6.8 מיליארד שקל ב-2019.
בתגובה לעתירה טען מבקר המדינה כי "על אף סכומי העתק שמשקיעה המדינה בסבסוד התחבורה הציבורית, הרי שרמת השירות הניתן לציבור נמצאת בירידה". על כן, משרד המבקר פרסם דו"חות שונים על המשבר בתחום, ולאחרונה גם על ההסכמים בין המדינה לבין חברת אגד.
הדו"ח המשמעותי ביותר פורסם ב-2019: נכתב בו כי רמת השירות בתחבורה הציבורית נמוכה; לא הוסדרה פעילותה ומעמדה של הרשות הארצית האמונה על התחבורה הציבורית; לא קודמה תוכנית ארצית; לא בוצעו נסיעות כמתחייב; היעדר בקרה ופיקוח מצד משרד התחבורה; היעדר תכונית לעידוד שימוש בתחבורה ציבורית וליקויים רבים ונוספים שלעמדת המבקר מוכיחים את הצורך בביקורתו.
"משרד התחבורה אמור להיות הרגולטור שמחובתו לבקר ולפקח על מפעילי התחבורה הציבורית ולוודא שהם עומדים במכרז. על המבקר לוודא שלא ייווצר מצב שהמפעילים נתונים תחת עודף ביקורת"
"מתקיימת בענייננו הצדקה מלאה להחיל את הביקורת על מפעילי התחבורה הציבורית", נכתב. "דומה כי זהו אחד המקרים המובהקים להפעלת ביקורת בהתאם לסמכות שניתנה למבקר על גוף פרטי המקבל תמיכה, מתוקצב ומסובסד על ידי המדינה במיליארדי שקלים. במקרה דנן עסקינן במשאב ציבורי ראשון במעלה, בנושא הנוגע לציבור רחב, ובפרט לאזרחים חסרי האמצעים התלויים בתחבורה הציבורית באופן יום יומי. זאת במיוחד כאשר ידוע למבקר כי קיימים בתחום זה כשלים הראויים לבחינה ולביקורת".
עוד צוין בתגובה לעתירה שהביקורת חשובה במיוחד משום שיעילותה של התחבורה הציבורית משפיעה ישירות על העומסים בכבישים: "המחסור בהיצע התחבורה הציבורית הביא, בין השאר, להגדלת השימוש בכלי רכב פרטיים וחייב השקעה גדולה של המשק בתשתיות של כבישים, שלא בהכרח תרמו להעלאת איכות החיים של תושבי המדינה".
בנוסף טען המבקר כי ברגע שחברה זוכה במכרז, היא מפעילה תחבורה ציבורית באזור מסוים ולמשך שנים, ולמעשה הציבור במקום הופך לקהל שבוי.
העתירה של חברות התחבורה הציבורית גוררת ביקורת מארגונים אזרחיים העוסקים בתחום. מנכ"לית ארגון "15 דקות" לארה פארן אמרה ל-ynet כי "העתירה מסגירה תחושת לחץ ורצון בהסתרה. ביקורת מהווה כלי חשוב לשיפור התחבורה הציבורית הסובלת מכשלים רבים כמו איחורים חוזרים ונשנים, אי-ביצוע נסיעות ועוד. אנחנו מקבלים מדי יום דיווחים על כשלים כאלו. כל ביקורת עניינית היא ברוכה. היא תסייע גם למפעילות להשתפר".
יו"ר ארגון "תחבורה בדרך שלנו", מקס מורוגובסקי, אמנם מסכים שעמדת מבקר המדינה הגיונית, אבל הוסיף: "לא ניתן להתעלם מהבעייתיות במצב שנוצר: משרד התחבורה אמור להיות הרגולטור שמחובתו לבקר ולפקח על מפעילי התחבורה הציבורית ולוודא שהם עומדים במכרז. על המבקר לראות את טובת הנוסעים ולוודא שלא ייווצר מצב שהמפעילים נתונים תחת עודף ביקורת".
ממשרד מבקר המדינה נמסר: "מבקר המדינה מתניהו אנגלמן רואה חשיבות גדולה בהמשך הביקורת על חברות 'אגד' ו'דן' ובהחלת הביקורת על יתר מפעילות התחבורה הציבורית. המדינה תומכת בהן ביותר משישה מיליארד שקל בשנה - שני שליש מתקציב חברות התחבורה הציבורית - ולפיכך מוטלת עליהם החובה לתת דין וחשבון לציבור.
"לאפשרות לבקר את חברות התחבורה הציבורית יש משמעות נוספת, חשובה לא פחות: בדרך זו נציבות תלונות הציבור תוכל להמשיך לטפל ישירות מול החברות בתלונות הנוסעים על השירות שהם מקבלים".
בפורום חברות התחבורה הציבורית הפרטיות אמרו כי "סמכות מבקר המדינה היא לבקר את הרשות המבצעת, הרשויות המקומיות וגופים ציבוריים. חברות התחבורה הציבורית הפרטיות אינן נמנות על גופים אלו, הן אינן מסובסדות על ידי המדינה, אלא מעניקות לה שירותים בתשלום מכוח זכייה במכרזי המדינה. ישנם גופים פרטיים רבים שזכו במכרזי מדינה להקמת תשתיות והענקת שירותים וביקורת מבקר המדינה לא חלה עליהם אלא על הגוף הממשלתי המזמין.
"חברות התחבורה הציבורית נתונות לביקורת קפדנית של משרד התחבורה והרשות הארצית לתחבורה ציבורית, הנתונים לביקורת מבקר המדינה ומתוקף כך הוא חשוף לכלל המידע הנדרש עבורו ואין כל ערך ציבורי בהחלת ביקורת נוספת. יתרה מכך, היועץ המשפטי לממשלה מתנגד לעמדת המבקר וכך גם משרד התחבורה, לכן נאלץ המבקר לשכור את שירותיו של משרד עו"ד פרטי שייצג אותו בהליך זה".