ראש הממשלה בנימין נתניהו התייחס לראשונה הבוקר (ראשון), שעות אחרי הודעת דובר צה"ל - ובהצהרה שהוקלטה מראש - לאיתור והשבת גופותיהם של ששת החטופים, הרש גולדברג-פולין, אורי דנינו, עדן ירושלמי, אלכס לובנוב, אלמוג סרוסי וכרמל גת. "אנחנו ביום קשה. לב העם כולו נקרע. יחד עם כל אזרחי ישראל, הזדעזעתי עד עמקי נשמתי מהרצח הנורא בדם קר של שישה מחטופינו. יחד עם העם כולו, רעייתי ואני משתתפים ביגון הכבד של המשפחות. כולנו מתאבלים יחד עימן", מסר נתניהו.
הוא הוסיף: "אני מבקש להביע הערכה עמוקה לכוחותינו, לחיילי צה"ל ולוחמי השב"כ האמיצים, שמסכנים את חייהם למען השבת בנינו ובנותינו. אני אומר למחבלי החמאס שרצחו את חטופינו ואני אומר למנהיגיהם - דמכם בראשכם. לא ננוח ולא נשקוט. אנחנו נרדוף אתכם, אנחנו נשיג אתכם ואנחנו נבוא איתכם חשבון.
"אזרחי ישראל, אנחנו נלחמים בכל החזיתות באויב אכזר שרוצה לרצוח את כולנו. רק הבוקר הוא רצח שלושה שוטרים בחברון. רעייתי ואני שולחים תנחומים מעומק ליבנו למשפחותיהם. ראינו את האכזריות הבלתי-נתפסת של רוצחי החמאס ב-7 באוקטובר, וראינו אותה שוב במנהרות מתחת לרפיח. העובדה שחמאס ממשיך לבצע זוועות כמו אלה שביצע ב-7 באוקטובר, מחייבת אותנו לעשות הכול כדי שהוא לא יוכל לבצע את הזוועות הללו שוב.
"אזרחי ישראל, המאמצים שלנו לשחרר את חטופינו נמשכים כל העת", הוסיף נתניהו. "מאז חודש דצמבר חמאס מסרב לנהל משא-ומתן אמיתי. לפני שלושה חודשים, ב-27 במאי, ישראל הסכימה לעסקת שחרור חטופים בגיבוי מלא של ארצות הברית. החמאס סירב. גם אחרי שארצות הברית עדכנה את מתווה העסקה ב-16 באוגוסט - אנחנו הסכמנו, והחמאס שוב סירב. בימים אלה, בשעה שישראל מנהלת משא ומתן אינטנסיבי מול המתווכות במאמץ עליון להגיע לעסקה, החמאס ממשיך לסרב בתוקף לכל הצעה. חמור מכך, באותו זמן ממש הוא רצח שישה מחטופינו. מי שרוצח חטופים - לא רוצה עסקה".
הוא הדגיש: "אנחנו מצידנו לא נרפה. ממשלת ישראל מחויבת, ואני מחויב באופן אישי, להמשיך לחתור לעסקה שתחזיר את כל חטופינו ותבטיח את ביטחוננו ואת קיומנו". ההצהרה של נתניהו הייתה כאמור מוקלטת - הפעם האחרונה שבה הוא קיים מסיבת עיתונאים והשיב לשאלות הייתה ב-13 ביולי.
מטה משפחות החטופים מסר בתגובה להצהרת נתניהו: "די להאשים את כולם. קח אחריות על מחדליך. קח אחריות על הטרפוד. קח אחריות על ההפקרה - קח אחריות על החטופים שנרצחו בשבי". לדברי המטה, "אתה ראש הממשלה, האחריות להחזיר את החטופים היא שלך. הספינים על פילדלפי הם שלך. ההחלטה להתעלם מעמדת מערכת הביטחון כולה: צה"ל, שב"כ ומוסד - היא שלך.
"טול קורה מבין עיניך, חמאס הוא לא האחראי היחיד לטרפוד העסקה. אנחנו לא מצפים מהטרוריסט סינוואר לרצות להשיב את החטופים, אנחנו מצפים מראש ממשלת ישראל לעשות הכול על מנת להשיב את החטופים והחטופות הביתה", נמסר מהמטה.
"זה לא מספיק להגיד לחמאס שדמם בראשם - יותר חשוב להציל את דם האחים שלנו ולהחזיר אותם הביתה. את דם מחבלי החמאס הרוצחים נגבה ותגיע גם העת לפעולות תגמול. אם ויתרת על 101 חטופים וחטופות, תפעל כמו מנהיג אמיתי ואמיץ ותודיע שוויתרת עליהם. תפסיק להתחבא מאחורי ספינים והאשמות של ארגון טרור. אנחנו המשפחות שלהם. אנחנו האחים שלהם. אנחנו עם ישראל - אנחנו לא נשאיר אף אחד מאחור", הוסיפו.
ראש האופוזיציה יאיר לפיד האשים את "נתניהו וקבינט המוות" בכך ש"החליטו לא להציל את החטופים". לדבריו, "הם היו בחיים. נתניהו וקבינט המוות החליטו לא להציל אותם. עדיין יש שם חטופים חיים, עדיין אפשר לעשות עסקה. נתניהו לא עושה אותה מסיבות פוליטיות. הוא מעדיף לשמור את הקואליציה עם סמוטריץ' ובן גביר - מאשר לשמור על חיי הילדים שלנו. הדם הזה על ראשם. אני קורא לכל אזרח שליבו נשבר הבוקר לבוא בשבע לבגין להפגין איתנו.
"אני קורא להסתדרות ולמעסיקים ולרשויות המקומיות להשבית את המשק. המדינה מתרסקת, אי-אפשר להמשיך ככה", הוסיף לפיד.
דבריו של נתניהו הגיעו לאחר שמטה משפחות החטופים דרש ממנו הבוקר "להתייצב בהופעה פומבית אל מול האומה - ולשאת באחריות ישירה להפקרת החטופים". לדברי המטה, "מציאת הגופות אתמול היא תוצאה ישירה של טרפוד העסקאות על ידי נתניהו, התבצרות בציר פילדלפי והגברת הלחץ הצבאי שהביא למותם של חטופים רבים. לאורך החודשים האחרונים חולצו שמונה חטופים חיים בפעולות צבאיות - לעומת 105 חטופים ששוחררו בעסקה".
עוד הוסיף מטה משפחות החטופים הבוקר, בפנייה ישירה אל נתניהו: "אל תסתתר מאחורי דובר צה"ל, תן לציבור דין וחשבון על ההפקרות הבלתי נגמרת". גורם ישראלי שבקיא בפרטי המשא ומתן התייחס הבוקר למציאת גופותיהם של ששת החטופים ואמר: "שלושה מהם היו ברשימה שחמאס הסכים להשיב, ולמעשה אפשר היה לאשר ב-2 ביולי. על הרש הייתה הסכמה בגלל שהיה פצוע, גם על כרמל ועדן".
הבוקר נערכו הפגנות בכמה מוקדים ברחבי הארץ, בהם רחובות, רעננה, צומת פרדסיה וחיפה. יהודה כהן, אביו של החטוף נמרוד, זעק במחאה בצומת מכון ויצמן למדע ברחובות כי "שישה חטופים שהיו חיים עד אתמול בערב נרצחו באכזריות - בגלל פעולות נתניהו. החטופים נרצחים יום-יום".
הוא קרא לכל תושבי רחובות להגיע להפגנה, והוסיף: "דובר צה"ל מאשר שהם נרצחו באכזריות זמן קצר לפני שהכוחות הגיעו אליהם. מה שהיה אתמול זה ספין על ספין, אחרי הספין של נתניהו בשישי לפנות בוקר, עם ההצבעה החפוזה על הישארות בפילדלפי - שבה ניסה לעקוף את העתירה לבג"ץ. נתניהו רוצח את החטופים". עוד אמר, בשיחה עם ynet: "אני פוחד שבני נמרוד יירצח במנהרות חמאס".
כוחות צה"ל איתרו את גופות ששת החטופים במנהרה ברפיח שנמצאת במרחק של קילומטר מזו שבה נמצא החטוף פרחאן קאדי ששוחרר. צה"ל לא ידע במדויק על מיקום השישה בחודשים האחרונים אך ידע שיש חטופים במרחב, ולכן הפעולה ברפיח הייתה מדורגת ואיטית מאז החלה שם הלחימה הקרקעית. לפי ההערכות, החטופים נרצחו שלשום.