הסאגה ב"ניו יורק טיימס" סביב תחקיר האלימות המינית של חמאס ב-7 באוקטובר נמשכת: לאחר שהעורך הראשי של העיתון, ג'ו קאהן, זימן לבירור קרוב ל-20 עיתונאים ואנשי מערכת בעקבות ההדלפות על התנגדות הפנימית לתחקיר, איגוד עובדי העיתון הגיש תלונה רשמית נגד ההנהלה, בטענה שהיא מכוונת במיוחד נגד קבוצה של עובדים ממוצא ערבי. ה"טיימס" אמר כי ההאשמות האלה שקריות.
זמן קצר אחרי פרסום התחקיר המטלטל בסוף שנה שעברה, חלק מעובדי העיתון הטילו ספק בפומבי בדיווח על התקיפות המיניות של חמאס וטענו כי "הסבל של העזתים אינו זוכה לאותה תשומת לב בעיתון". קאהן אמר ל"וול סטריט ג'ורנל" כי "הרעיון שמישהו צולל לתוך התהליך הזה באמצע, ומוצא משהו שלדעתו עשוי להיות מעניין או מזיק לסיפור, ואז מספק את זה לאנשים מבחוץ - הרגיש לי ולעמיתיי כמו התמוטטות בסוג של אמון ושיתוף פעולה הנחוצים בתהליך העריכה. לא ראיתי את זה קורה בעבר".
הכתבת הכלכלית ונציגת איגוד עובדי העיתון, סטייסי קאולי, שנכחה בכמה מאותם בירורים שקיימה ההנהלה, אמרה שה"טיימס" מכוון ספציפית לעובדים שנאבקו כדי לגרום לחברה להקשיב לדאגותיהם לגבי סיקור הקשור למלחמה, אבל "במקום לקחת אותם ברצינות, החברה מפעילה בריונות כדי להשתיק אותם". האיגוד הגיש כאמור תלונה רשמית להנהלה בטענה שהחברה מכוונת במיוחד לקבוצה של עובדים ממוצא ערבי ומזרח תיכוני. ה"טיימס" מחויב על פי החוק האמריקני להתייחס לתלונה.
מאז תחילת המלחמה, הפך העיתון למטרה קבועה למתקפה משני צידי הסכסוך. בעוד בצד הישראלי מאשימים אותו בהטיה מובנית ואף אנטישמית - בייחוד נוכח הגב שנתן לצלם שהתלווה למחבלי החמאס ביום הטבח - מפגינים פרו-פלסטינים צובאים על לובי בניין המערכת בטיימס סקוור במחאה על התמיכה שלו "ברצח עם" בעזה. האקלים הנוכחי הוביל להאשמות בתוך המערכת על הטיה ורשלנות עיתונאית בקרב כתבים ועורכים, ואילץ את ההנהלה להתערב בסכסוכים פנימיים. העורך קאהן קרא לאנשי המערכת "להעמיד את המחויבות שלהם לעיתונאות לפני השקפותיהם האישיות". לדבריו, "בדיוק כמו הקוראים שלנו בזמן זה", גם במערכת העיתון "יש רגשות ממש עזים לגבי הנושא הזה, בלי הרבה נכונות לחקור באמת את נקודות המבט של אנשים שנמצאים בצד השני".
התגובות לתחקיר העיתון על התקיפות המיניות של החמאס חשפו בגלוי את הסערה הפנימית במערכת. התחקיר חשף פרטים קשים אודות תקיפות מיניות במהלך 7 באוקטובר, וגילה כי התקיפות המיניות לא היו אירוע מבודד - אלא דפוס נרחב של אלימות על בסיס מיני שאירעה באותה שבת. התחקיר התבסס על סרטונים, תמונות, נתוני GPS וראיונות עם יותר מ-150 איש, כולל עדי ראייה, אנשי צוות רפואי, חיילים ויועצות לנפגעי תקיפה מינית. בתחקיר זוהו שבעה מקומות שונים שבהם נשים ונערות נאנסו או הותקפו מינית.
בסוף החודש שעבר העיתון עצמו דיווח שאחת העדויות המרכזיות עליו התבסס התחקיר התבררה כשקרית. עדות של פרמדיק צה"ל מיחידת קומנדו שתיאר גופות של שתי נערות בלבוש חלקי עם סימנים של אלימות מינית בתוך בית בקיבוץ בארי, חזרה על עצמה גם בתחקירים של ה"וושינגטון פוסט", CNN ו-AP, ושימשה גם חומר לדוח המיוחד של האו"ם שפורסם אחריו. הספק עלה אחרי סרטון שהופץ והראה גופות מאותה זירה בלבוש מלא וללא סימנים של אלימות מינית. חברי הקיבוץ טענו כי העדות של הפרמדיק שקרית, והוא עצמו סירב להגיב אם הוא עדיין עומד מאחורי הדברים ורק אמר שהוא רוצה "לשים את ההתקפות מאחוריו". דובר צה"ל התערב מאוחר יותר ואמר כי הפרמדיק כן דבק בעדותו "אך ייתכן שזכר לא נכון את המקום שבו ראה את הנערות", וכי הוא "פעל בכמה מוקדים באותו סוף שבוע ואולי ראה את הנערות בקיבוץ אחר".
במקביל, כפי שדווח לראשונה ב-ynet, העיתון הפסיק את העסקתה של הכתבת הישראלית שחתומה על התחקיר, לאחר שעשתה לייק על שורה של פוסטים פרו-ישראלים, בהם "להפוך את עזה למשחטה" ב-7 באוקטובר. ענת שוורץ הפרה לדברי כלי התקשורת את מדיניות החברה כשעשתה לייק לציוץ שפורסם ביום המתקפה, שקרא בין היתר ל"תגובה לא מידתית" כנגד מעשי מחבלי חמאס "אם לא מחזירים במיידי את כל השבויים". בעקבות כך המשך העסקתה עבר "בירור". ובמערכת העיתון הסבירו כי למרות שהרבה מהלייקים נעשו בטרם הועסקה שוורץ על ידי המערכת, ועל אף שמדובר ב"כתבת מעולה", ההתנהלות שלה ברשתות הייתה עקבית - ולא נותרה ברירה אלא לאכוף את מדיניות החברה לגבי כתבים. מדיניות "הניו יורק טיימס" לגבי התנהלות עובדיה במדיה החברתית מזהירה כי אסור שפוסט או לייק "יביע דעות מפלגתיות, יקדם דעות פוליטיות, יתמוך במועמדים, יעיר הערות פוגעניות או יעשה כל דבר אחר שמערער את המוניטין העיתונאי של ה'טיימס'".