יו"ר המחנה הממלכתי בני גנץ קרא לראש הממשלה בנימין נתניהו, על רקע התכנסותה הערב (יום ה') של הפסגה בקטאר, להפסיק "להתעסק בגורל הממשלה", ו"פעם אחת, תהיה אמיץ" - וגרר קרב גרסאות בין השניים על הפרוטוקולים במלחמה. בליכוד טענו בתגובה כי יוכח שגנץ "התנגד להחלטות קריטיות", והוא מצידו התייחס לחשיפת ynet, על חשש שבמשרד רה"מ נעשו ניסיונות לשנות פרוטוקולים במלחמה: "הוא יודע היטב למה הוא מנסה לשפץ אותם".
בהודעת המחנה הממלכתי, גנץ פנה לנתניהו על רקע השיחות להסכם: "בהתחלה חששת לתמרן, אחר כך חששת להעביר את המאמץ צפונה, ולאורך חודשים חששת לחתור למתווה חטופים מחשש לגורל הקואליציה. הגיע הזמן שתפסיק להתעסק בגורלה של הממשלה, ותעסוק רק בגורלה של המדינה. פעם אחת, תהיה אמיץ".
בליכוד לא נותרו חייבים, ובתגובה טענו כי הפרוטוקולים "יוכיחו שגנץ הוא זה שהתנגד להחלטות קריטיות לביטחון ישראל, כולל החלטות על פעולות צבאיות דרמטיות". עוד נכתב: "חיסולי ראשי חמאס וחיזבאללה מאז עזיבת גנץ מעידים יותר מכל על שינוי המציאות. מצער שגנץ בחר לעזוב את הקבינט בעיצומה של המלחמה בשביל להגיע להופעות של 'זהו זה'. מוטב שמי שלא מועיל למאמץ לניצחון ולהשבת החטופים - לפחות שלא יזיק".
במחנה הממלכתי השיבו לטענות, והתייחסו לחשיפה של נדב איל בחודש שעבר, כי בצה"ל ובמערכת הביטחון קיים חשש כי נעשו ניסיונות לשינויים בפרוטוקולים מצד משרדו של ראש הממשלה: "נתניהו יודע היטב למה הוא מנסה 'לשפץ' פרוטוקולים ומסרב להקים ועדת חקירה ממלכתית שתחשוף את האמת: מי פחד לתמרן קרקעית, מי עיכב את הכניסה לחאן יונס, ומי לא רצה להיכנס לציר פילדלפי תחילה. כרגיל אצל נתניהו - פחדנותו אומנותו".
נזכיר כי בצה"ל ומערכת הביטחון עלה חשש כי נעשו ניסיונות לשנות תמלולים ופרוטוקולים של דיוני קבינט ואף שיחות טלפון של עדכונים ביטחוניים עם מקבלי החלטות, ובראשם ראש הממשלה בנימין נתניהו. עוד נחשף כי המזכיר הצבאי הקודם של ראש הממשלה, האלוף אבי גיל, פנה לפני מספר חודשים במכתב ליועצת המשפטית לממשלה בנושא. בכירים המעורים בנושא אמרו כי המכתב התקבל אצל היועצת המשפטית לממשלה, גלי בהרב-מיארה, ללא העתקים.
גורמים במערכת הביטחון טענו כי מראשית המלחמה איתרו פערים בין חלק מהתמלולים ובין הדיונים והשיחות כפי שהתרחשו בפועל.
בחודש שעבר התברר שאישים במשרד ראש הממשלה פנו באופן פרטי למזכיר הצבאי לראש הממשלה גיל, והזהירו כי נעשה ניסיון מצד גורמים בלשכת נתניהו במהלך המלחמה לשנות, או כלשונם "להתעסק", עם חלק מהפרוטוקולים או התמלולים בדיעבד לאחר כמה ישיבות. אחד מהדיונים המסווגים הללו עסק בהיערכות רגישה לקראת אירוע מדיני משמעותי.
הניסיון של לשכת נתניהו התבצע לכאורה ישירות מול עובדי משרד ראש הממשלה שעוסקים בפרוטוקולים. בכירים במערכת הפוליטית הוסיפו שחלק מישיבות הקבינט המצומצם, שהתקיימו בראשית המלחמה ב"בור" בקריה, הועברו למשרד רה"מ; הם אמרו כי בעוד שבבור כל דיון מוקלט, בלשכות משרד ראש הממשלה (בקריה או בירושלים) אין להם כל ודאות כזו. גורמים בכירים במערכת הביטחון עודכנו בעניין בחודשים האחרונים.
כמה שבועות אחרי תחילת המלחמה, נזכיר, הוציאה היועצת המשפטית לממשלה הנחיה לראש המל"ל, צחי הנגבי, לאסוף מסמכים מסווגים שנמסרו ללשכת ראש הממשלה ועסקו בחודשים שלפני המלחמה. המסמכים נאספו לכאורה לקראת חקירה אפשרית בסיבות ובמחדלים שהובילו למלחמה. בין היתר, פרסם בשעתו גידי וייץ ב'הארץ' כי ראש הסגל צחי ברוורמן ביקש מקצרניות במשרד ראש הממשלה את הפרוטוקולים המלאים של הישיבות.