ספר תורה לזכרו של לוחם המוסד אלי כהן, שהוצא להורג בתלייה בדמשק ב-1965, הוצב בארון הקודש בבית הכנסת החדש של המוסד שנחנך שלשום (יום ד'). ראש הממשלה נפתלי בנט וראש המוסד דדי ברנע כתבו את האותיות האחרונות בספר התורה לעילוי נשמתו.
הספר נתרם לאלמנתו של אלי כהן, נדיה, שביקשה להציב אותו בארון הקודש בבית הכנסת החדש של המוסד, "החזרתם את אלי בדלת הראשית של המוסד", אמרה.
באירוע בהשתתפות בני משפחתו של אלי כהן, ראש הממשלה בנט, שר המודיעין אלעזר שטרן, הרבנים ישראל מאיר לאו ודוד לאו, עובדי המוסד בראשותו של דדי ברנע ומכובדים נוספים, כתבו בנט וברנע את האותיות האחרונות בספר ובתום תהלוכה חגיגית הוא הוכנס לבית הכנסת.
"נדיה, כשהייתי נער, כל הדור שלי גדל על גבורתו של אלי כהן ז"ל – גיבור ישראל, שמסר את כל מאודו ואת כל נפשו למען קיום מדינה יהודית בארץ ישראל", אמר ראש הממשלה בנט בטקס. "אנשי המוסד היום חיים לאור המורשת של בעלך, אלי כהן ז"ל. אני רוצה לומר לך תודה בשם ממשלת ישראל ובשם עם ישראל. אנחנו נמשיך ללכת לאורו".
ראש המוסד ברנע הדגיש אף הוא כי מורשתו של אלי כהן שזורה בעשייה של המוסד כל העת: "אנו רואים בהחזרת עצמותיו של אלי כהן לקבר ישראל כצו מוסרי וערכי". ספר התורה אינו ההנצחה הראשונה של אלי כהן במוסד. גם המדרשה של המוסד קרויה על שמו.
