הוקם במאי 2009, נסגר במרץ 2024: הממשלה אישרה היום (ראשון) פה אחד את ביטול משרד המודיעין והעברת סמכויותיו למשרד ראש הממשלה, ובמקביל את מינויה של השרה גילה גמליאל לתפקיד שרת המדע במקומו של אופיר אקוניס שמונה לקונסול הכללי של ישראל בניו יורק והתפטר באופן מיידי מהממשלה. ההחלטות בנושא נחשפו לראשונה ב-ynet.
השרה גמליאל אמרה לאחר סגירת משרד המודיעין ומינויה לתפקיד שרת המדע: "אני מודה לראש הממשלה על מינויי לשרת החדשנות, המדע והטכנולוגיה ועל האמון הרב שניתן לי לקדם תחום חשוב זה בעת הזו. בהחלטה משותפת עם ראש הממשלה נתניהו ולאור האתגרים המדיניים והתקציביים בעת הזו, החלטתי לוותר על תפקידי כשרת המודיעין, לסגור את המשרד ולפזר את סמכויותיו החשובות.
"כשרת החדשנות, המדע והטכנולוגיה, אפעל להמשיך לבסס את עוצמתה הטכנולוגית של ישראל בארץ ובעולם ולקדם את החדשנות והמדע בישראל, החיוניים לצמיחה הכלכלית והביטחונית של מדינת ישראל, לחוסנה הלאומי ולחיזוק מעמדה הבינלאומי".
הממשלה אישרה כאמור ללא התנגדות גם את מינויו של אקוניס לתפקיד הקונסול בניו יורק. "אני יוצא בקומה זקופה כיהודי, כציוני, כישראלי, זהו הסדר הנכון", אמר אקוניס. "לשרת את מדינת ישראל והעם היהודי היא השליחות החשובה ביותר שאדם יכול לבקש. ביתר השאת, בעת הזאת, בעיתוי זה שאין אולי מאתגר ממנו בקנה מדינה היסטורי".
מנכ"ל הפדרציה היהודית של ניו יורק אריק גולדשטיין אמר: "אנחנו מברכים את השר אופיר אקוניס לרגל מינויו לתפקיד הקונסול הכללי בניו יורק. בתקופה מאתגרת זו, היחסים המיוחדים בין ישראל לניו יורק חשובים יותר מתמיד. אנחנו מצפים לעבוד בשיתוף פעולה הדוק עם הקונסול הכללי החדש".
בסוף 2023 קראו חברי כנסת מהליכוד, בהם גלית דיסטל-אטבריאן ואלי דלל, לסגור משרדי ממשלה מיותרים על רקע המלחמה ברצועת עזה. דיסטל אמרה: "אני מבקשת לשקול לסגור משרדים שאין להם נחיצות, או לפחות תקצו את הכספים של המשרדים למען שיקום עוטף ישראל. האזרחים זקוקים לכל שקל". דלל אמר אז: "היה מצופה משרים להתפטר ולהסיט את הכספים למאמץ המלחמתי, משלא עשו את זה היה מצופה מראש הממשלה לפטר אותם".
בחודש נובמבר האחרון החליטה גמליאל להפנות תקציב ממשרדה בסך 35 מיליון שקלים לחיזוק היכולות של שב"כ בתחומים הנוגעים להמשך המלחמה נגד חמאס, ובניין הכוח והיכולות של הארגון. מדובר במחצית מתקציב משרד המודיעין לשנת 2023, שעמד על 70 מיליון שקלים.
