כוחות צה"ל עצרו אחר הצהריים (שני) פלסטיני בכפר ביתא הסמוך לחווארה, אחרי שלפי הדיווחים כיתרו בית שבו ככל הנראה שהה. לאחר מעצרו, ייבדק הקשר שלו לפיגוע שבו נרצחו האב שי סיילאס-ניגרקר ובנו אביעד ניר ביום שבת האחרון.
בכפר פעלו מסתערבים. הכוחות ירו לעבר שני מפרי סדר פלסטינים במהלך הפעילות. מנגד, הפלסטינים טענו כי הבית שכותר היה ריק מאדם. מאוחר יותר נמסר מהסהר האדום כי שמונה בני אדם נפצעו מירי של הלוחמים בביתא, וציינו כי אחד מהם נפגע בראשו.
במהלך הפיגוע בשבת האחרונה, המחבל, שהיה חמוש באקדח, הגיע לעסק שטיפה שאליו שי ואביעד הכניסו את רכבם, לאחר שהגיעו לחווארה כדי לתקן את המזגן ברכב ולקנות לו אביזרים. המחבל זיהה אותם כיהודים וירה בהם מטווח אפס לפחות חמישה כדורים. לאחר מכן, ברח רגלית מהזירה.
הבעלים של מכון השטיפה נעצר לאחר הפיגוע על ידי צה"ל. מחקירת הפיגוע עלה כי הכוחות שפועלים באופן קבוע בחווארה לא שמעו או יצרו קשר עין עם המחבל בחסות הרעש של מכון שטיפת המכוניות שבו אירע הפיגוע.
כוחות גדולים של צה"ל הוקפצו לאזור ופתחו במרדף אחר המחבל. הכוחות חסמו צמתים מרכזיים באזור, ופירקו מצלמות אבטחה מהכביש, שנוטה להיות עמוס בשעות הצהריים של יום שבת. לפי דיווחים פלסטיניים, בחיפוש אחר המחבל וסייענים שאולי היו, כוחות נכנסו גם לכפר עוריף דרומית לשכם, וגם לכפרים הסמוכים עוורתא וביתא - שבו נעצר הערב החשוד הפלסטיני.