כמה שבועות לפני התחלת הפיילוט לפתיחת מעבר אלנבי המיועד למעבר פלסטינים לירדן לאורך כל שעות היממה, שבעה ימים בשבוע, יו"ר רשות שדות התעופה (רש"ת) האלוף במיל' יצחק (ג'רי) גרשון הורה שלא ליישם את הפיילוט שאמור להתחיל ב-24 באוקטובר. במכתב ששלח לשרת התחבורה מרב מיכאלי ב-2 באוקטובר, ציין גרשון כי "ההנחיה לפתוח את מעבר אלנבי 24/7 בתקופת בחירות אינה קבילה, גם אם מדובר בפיילוט. רש"ת לא תהפוך לשחקנית במגרש הפוליטי בעל כורחה".
החלטתו של יו"ר רשות שדות התעופה, הגוף שמנהל את מעבר אלנבי, עלולה להוביל למשבר ביחסי ישראל וארצות הברית, היות וההחלטה על הרחבת שעות הפעילות של המעבר התקבלה עקב הסכמות עם הבית הלבן בתום ביקורו בישראל של הנשיא האמריקני ג'ו ביידן בחודש יולי.
בהודעה שיצאה מטעם הבית הלבן לאחר הביקור של ביידן, נאמר כי הוסכם שמעבר אלנבי, שנחשב עורק היציאה הראשי של הפלסטינים מיהודה ושומרון לחו"ל, ייפתח באופן מלא החל מה-30 בספטמבר. עם זאת, ישראל הסתייגה והודיעה שפתיחת המעבר תתבצע בכפוף לשיקולים לוגיסטיים ושיקולי כוח אדם של רשות שדות התעופה.
לבסוף, לאחר לחצים רבים מצד ארה"ב, מיכאלי הנחתה את רש"ת להיערך לפיילוט של כמה ימים. המהלך, שהוחלט בתיאום עם ראש הממשלה יאיר לפיד ושר הביטחון בני גנץ, נועד כדי להבין כמה אנשים עוברים במעבר ובאילו שעות, במטרה לקבל החלטה מושכלת יותר בנוגע להיקף הפתיחה הנדרש של המעבר.
בסוף ספטמבר, שגריר ארה"ב בישראל טום ניידס אף הודיע רשמית על הפיילוט והודה לגורמים המעורבים במהלך, כולל לרשות שדות התעופה. בציוץ בטוויטר, כתב ניידס על הפיילוט: "זה שווה את ההשקעה כדי להגיע לנגישות 24/7. זה יעשה הבדל אמיתי בחייהם של אנשים". אם כן, דחיית הפיילוט עלולה לעורר מבוכה אמיתית לבית הלבן.
גורמים בסביבת מיכאלי אמרו כי מלבד הפגיעה ביחסים עם ארה"ב, לדחיית הפיילוט יש גם השלכות על היחסים עם השותפים האזוריים. זאת לאור העובדה שמהלך להרחבת שעות הפתיחה של מעבר נעשה בשיתוף מדינות האזור, בהן ירדן ומרוקו. "יש כאן התחייבות לאמריקנים, אסור לשבור את המילה של ביידן", אמרו הגורמים. "רשות שדות התעופה לא אמורה להחליט על מדיניות אלא ליישם מדיניות, וכאן יש חשש לפגיעה באינטרסים מדיניים מובהקים של ישראל".
בלשכת שרת התחבורה הופתעו מאוד מדבריו של גרשון, שמונה לתפקידו על ידי שרת התחבורה הקודמת ח"כ מירי רגב, היות והפיילוט אמור לשרת בעיקר פלסטינים שלא מצביעים בבחירות בישראל. מיכאלי אף שיגרה מכתב תגובה לגרשון, שבו דרשה ממנו שלא לעצור את הפיילוט והדגישה כי "העיסוק בנושא הרחבת שעות פעילות מעבר אלנבי החל לפני חודשים רבים, עוד בטרם החלה תקופת הבחירות".
מיכאלי הוסיפה כי "רק לאחרונה הודיעו לנו נציגי רשות שדות התעופה כי הושלמה ההיערכות לביצוע פיילוט קצר בן ימים ספורים, בתאריכים ובמתכונות שהוצעו על ידם. על פי המידע שנמסר לנו, הסיבה היחידה לקיום הפיילוט רק בסוף חודש אוקטובר הייתה מגבלות כוח האדם של רש"ת ושיקולים לוגיסטיים נוספים שלא אפשרו את עריכתו במועד מוקדם יותר".
במכתבו, גרשון כתב למיכאלי על הפיילוט כי "הנושא לא עבר את אישורה של מועצת הרשות ולא התקבלה החלטת ממשלה בנושא ככל שידוע לי. עבודתך הישירה מול מנכ"ל רש"ת הינה פגיעה חמורה בסדרי ממשל תאגידי". על כך, מיכאלי השיבה לו: "אם מבחינת סדרי העבודה הפנימיים ברש"ת נדרשות החלטות נוספות, אני מצפה להבאת הנושא לפני הגורמים המוסמכים ברשות כדי להשלים את ביצוע הפיילוט במתכונת המצומצמת שהוצעה על ידה".
שרת התחבורה סיכמה את מכתבה לגרשון בקריאה ברורה לא לבטל את הפיילוט: "אני סמוכה ובטוחה כי אין בכוונתך לעכב ולפגוע בהשלמת התחייבויות לאומיות שלהן עשויות להיות השלכות על יחסי ישראל וארה"ב. צריך לשים לב להיבטים המדיניים המשמעותיים הכרוכים בעניין ולקידום האינטרסים האסטרטגיים של ישראל שיושפעו מהמהלך".
שגריר ארה"ב בישראל, טום ניידס, אמר ל-ynet בעקבות דבריו של יו"ר רשות שדות התעופה כי "אני לא מתערב בפוליטיקה. ניתנה התחייבות על ידי ראש ממשלת ישראל, שר הביטחון ושרת התחבורה בפני נשיא ארה"ב לבצע פיילוט של שבועיים ב-24 באוקטובר, ואנו מצפים שהפיילוט יחל במועד שהובטח".
השר לשיתוף פעולה אזורי עיסאווי פריג' אמר כי "יו"ר רשות שדות התעופה עף על עצמו הרבה מעבר לסמכותו ומבקש לעשות סיכול פוליטי למדיניות הממשלה וליחסי החוץ שלה ולטרפד יישום החלטה שהתקבלה כבר לפני כשלושה חודשים. הנחיתי את המחלקה המשפטית של המשרד לשיתוף פעולה אזורי לפנות ליועמ"שית כדי שתורה ליו"ר רש"ת ליישם את מדיניות הממשלה או להתפטר".