בצה"ל ובמערכת הביטחון קיים חשש כי נעשו ניסיונות לשנות תמלולים ופרוטוקולים של דיוני קבינט ואף שיחות טלפון של עדכונים ביטחוניים עם מקבלי החלטות ובראשם ראש הממשלה בנימין נתניהו. המזכיר הצבאי הקודם של ראש הממשלה, האלוף אבי גיל, פנה לפני כמה חודשים במכתב ליועצת המשפטית לממשלה בנושא. בכירים המעורים בנושא אמרו כי המכתב התקבל אצל היועמ"שית, גלי בהרב-מיארה, ללא העתקים. גורמים במערכת הביטחון טוענים כי מראשית המלחמה איתרו פערים בין חלק מהתמלולים ובין הדיונים והשיחות כפי שהתרחשו בפועל. כעת מתברר שאישים במשרד ראש הממשלה פנו באופן פרטי למזכיר הצבאי לראש הממשלה גיל, והזהירו כי נעשה ניסיון מצד גורמים בלשכת נתניהו במהלך המלחמה לשנות, או כלשונם "להתעסק", עם חלק מהפרוטוקולים או התמלולים בדיעבד לאחר כמה ישיבות.